JNIfTI工具箱——快速、便携NIfTI-1/2读者和NIfTI-to-JNIfTI转换器
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版本:0.5(主权)
URL:http://github.com/fangq/jnifti

[更新10/11/2019]JNIfTI现在可用在Fedora / NeuroFedora,安装使用
sudo dnf安装octave-jnifti

= = = =概述
这是一个功能齐全的NIfTI-1/2阅读器/写入器,同时支持MATLAB和GNU Octave和能够读/写都未压金宝app缩和压缩NIfTI文件(。nii .nii.gz)以及两部分Analyze7.5 (.hdr / / NIfTI文件。img和.hdr.gz / .img.gz)。

更重要的是,这是一个工具箱,NIfTI数据转换为基于json替换,JNIfTI (。jnii基于文本和基于二进制.bnii), JNIfTI规范定义的(http://github.com/fangq/jnifti)。JNIfTI是一个更加灵活的、人类可读和可扩展的文件格式相比,更多的刚性和不透明NIfTI格式,使数据更容易操作和共享。

= = = =安装
JNIfTI工具箱包括一个独立的NIfTI-1/2解析器工作在MATLAB和GNU Octave无需额外的组件。阅读和写作的un-compressed NIfTI和Analyze7.5文件(。nii, .hdr / img),一个只需要运行目录(/路径/ / jnifti)。MATLAB, JNIfTI工具箱利用memmapfile-based磁盘读取,使它非常快。八度,memmapfile目前没有实现,所以,一个完整的阅读是必需的。

JNIfTI工具箱也能够读/写gzip压缩NIfTI和Analyze7.5文件(.nii。广州,.hdr。广州.img.gz)。此功能支持在MATLAB直接不需金宝app要另一个工具箱(MATLAB必须在JVM-enabled模式)。

处理gzip压缩NIfTI /分析文件与-nojvm八度和MATLAB,需要安装一个开源JSONLab ZMat工具箱,支持MATLAB和八度。金宝app他们可以在下载

JSONLab:http://github.com/fangq/jsonlab
ZMat:http://github.com/fangq/zmat

拯救NIfTI-1/2数据作为JNIfTI文件,需要安装JSONLab。JNIfTI数据格式支持内部压缩(反对外部压缩金宝app如*。gz文件)。创建或读取压缩JNIfTI文件在八度,一个人必须安装ZMat工具箱,上面列出。

= = = =使用

= = = nii2jnii - NIfTI-1/2文件转换为JNIfTI文件或数据结构= = =
例子:

savenifti(兰德(10、10、10),“test.nii”);
nii = nii2jnii(测试。nii, nii);%读.nii文件作为nii结构
gzip (“test.nii”);
nii = nii2jnii (“test.nii.gz”);%读.nii。gz文件作为jnii结构
nii2jnii (“test.nii。广州”、“newdata.jnii”); %读.nii。gz文件并转换为一个text-JNIfTI文件
nii2jnii (“test.nii。广州”、“newdata.bnii”、“压缩”、“zlib”);%读.nii。gz文件并转换为一个binary-JNIfTI文件与压缩

= = = loadnifti - NIfTI-1/2(阅读。nii或.nii.gz)文件(别名nii2jnii) = = =
#的例子:

nii = loadnifti (“test.nii.gz”);%读.nii。gz文件作为jnii结构
nii = loadnifti(测试。nii, nii);%读.nii文件作为nii结构

= = = savenifti -写一NIfTI-1/2(的形象。= = = nii或.nii.gz)文件
例子:

savenifti (img test.nii.gz);%保存数组img nifti压缩文件
savenifti (img的测试。nii”、“nifti2”);%保存数组img nifti-2文件文件
savenifti (img的测试。nii’,头);%保存数组img与现有的头

= = = loadjnifti - JNIfTI(阅读。= = = jnii或.bnii)文件
#的例子:

jnii = nii2jnii (“test.nii.gz”);
savejnifti (jnii“magic10.bnii”、“压缩”,gzip);
newjnii = loadjnifti (“magic10.bnii”);

= = = savejnifti - JNIfTI结构写入一个文件(。jnii或.bnii) = = =
#的例子:

jnii = jnifticreate (uint8(魔法(10)),“名字”,“10 x10魔法阵”);
savejnifti (jnii magic10.jnii);
savejnifti (jnii“magic10_debug.bnii”、“压缩”,gzip);