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fitVirusCOVID19

版本5.2.1(8.04 MB)由 米兰巴蒂斯塔
基于SIR模型的冠状病毒COVID-19疫情评估

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更新2020年5月12日

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fitVirusCV19函数实现了去除易感感染(SIR)的流行病模型,用于流行病评估的估计。假设该模型是对单阶段流行病的合理描述。具体来说,该模型假设人口不变,人口混合均匀,感染者被清除的可能性相同。这个模型是数据驱动的,所以它的预测和数据一样好。预测随着新的或变化的数据而变化。官方宣布的疫情爆发和节目报道的疫情爆发没有任何关系。程序指示开始日期,当数据足以计算初始近似。

对于那些不熟悉流行病模型的人,我们建议阅读以下文章:https://en.wikipedia.org/wiki/Compartmental_models_in_epidemiolog
http://www.maths.usyd.edu.au/u/marym/populations/hethcote.pdf,https://web.stanford.edu/~jhj1/teachingdocs/Jones-on-R0.pdf

模型的参数是通过最小化目标函数得到的,目标函数是值的残差平方和和值的差残差平方和。总和的权重是自动选择的。利用优化工具箱函数fminsearch计算未知模型参数的最优值。如果计算失败,则只绘制数据。

这些贡献包含阿根廷、奥地利、比利时、巴西、加拿大、克罗地亚、中国、捷克共和国、丹麦、德国、匈牙利、法国、冰岛、印度、印度尼西亚、伊朗、意大利、日本、荷兰、挪威、波兰、葡萄牙、罗马尼亚、俄罗斯、斯洛伐克、塞尔维亚、斯洛文尼亚、韩国、西班牙、瑞士、土耳其、英国、美国与世界(至2020年4月28日)

在流行病评估图中,区域颜色将流行病阶段分开(这些阶段不是标准的,而是为了方便而任意选择的):
红-快增长阶段
黄色-过渡到稳态阶段
绿色结束阶段(高原阶段)

在总案例图上,边际为+/-3*RMSE;在每日新案例图中,利润率为+/dRMSE。

在日常病例生长因子图上,仅出于方向原因,显示了两行1%(绿色)和5%(红色)。

结果保存在structure res中(请参见函数fiVirusCV19标题)。可选地,结果可以通过以下方式打印:

fitVirusCV19 (@getDataXXX,“打印”,“上”)

其中XXX代表国家名称。当回归失败时,只绘制数据。人口规模限制在1200万。您可以通过名称/值对更改上限:

fitVirusCV19(@getDataXXX,'nmax',nmax)

如果最终预测过高或超过该国人口,则使用此选项。

将增长率从图中排除(def值为3)

fitVirusCV19 (@getDataXXX nsp, 2)

功能分析CV绘制了接触人数(sigma)、Cend(流行病规模)、N(初始易感人群规模)的评估图。分析XXX国家从流行10天起的数据

analyseCV19(@getDataXXX,10)

免责声明:软件和数据是用于教育,而不是用于医疗或商业用途。模型在某些情况下可能会失败。特别是,模型可能是不充分的;模型可能在初始阶段以及遇到其他流行病阶段或爆发(SIR模型没有描述)时失败。你可以自行决定使用它。
这些数据仅用于演示fitVirusCV19的操作。FitVirus和展示的演示数据仅用于教育和学术目的,不应用于医疗目的和商业。它们是按原样提供的,任何明示或默示保证,包括但不限于适销性和适用于特定目的的默示保证均不予承认。

数据来源
https://ourworldindata.org/coronavirus-source-data
https://www.worldometers.info/coronavirus/coronavirus-cases/#case-托特中国
https://en.wikipedia.org/wiki/2019%E2%80%9320_coronavirus_pandemic_by_country_and_territory
实际数据来源是在相应的getData函数中报告的每个国家的数据。

新增:importTotalCases函数从数据文件读取和生成数据(由Igor Podlubny提供)

有关更详细的说明,请参阅
https://www.researchgate.net/publication/339311383_Estimation_of_the_final_size_of_the_coronavirus_epidemic_by_the_SIR_model
例子可以在
https://www.researchgate.net/publication/339912313_Forecasting_of_final_COVID-19_epidemic_size_200318

引用作为

米兰·巴蒂斯塔(2021年)。fitVirusCOVID19(//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/74658-fitviruscovid19), MATLAB中央文件交换。检索

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