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fitVirusCOVID19

version 5.2.1 (8.04 MB) by 米兰巴蒂斯塔
由SIR模型冠状COVID-19疫情评估的估计

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更新2020年5月12日

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该功能fitVirusCV19实现了容易感染,去除(SIR)的流行为epidemy评价的估计模型。据推测,该模型是一个阶段流行的一个合理的说明。特别是,该模型假定人的恒定人口,搅拌均匀,并同样可能removalof感染。该模型是数据驱动的,所以它的预测是一样好数据。预测变化与新的或更改的数据。疫情的正式宣布爆发和它报告的程序疫情爆发无关彼此。该程序指示当数据足以计算初始近似值的开始日期。

对于那些谁不熟悉的流行款式,我们建议下面的文章:https://en.wikipedia.org/wiki/Compartmental_models_in_epidemiolog
http://www.maths.usyd.edu.au/u/marym/populations/hethcote.pdf,https://web.stanford.edu/~jhj1/teachingdocs/Jones-on-R0.pdf

该模型的参数由目标函数,其是正方形的对值的残差之和为的值的差异的残差的平方和的最小化而获得。被加数的权重被自动选择。优化工具箱功能fminsearch来的未知模型参数计算最佳值。如果计算失败,那么唯一的数据绘制。

的贡献包含冠状阿根廷,奥地利,比利时,巴西,加拿大,克罗地亚,中国,捷克共和国,丹麦,德国,匈牙利,法国,冰岛,印度,印度尼西亚,伊朗,意大利,日本,荷兰,挪威,波兰的数据,葡萄牙,罗马尼亚,俄罗斯,斯洛伐克,塞尔维亚,斯洛文尼亚,韩国,西班牙,瑞士,土耳其,英国,美国和世界(最多28.April.2020)

在流行病评估图中,区域颜色将流行病阶段分开(这些阶段不是标准的,而是为了方便而任意选择的):
红-快增长阶段
黄色 - 过渡到稳态阶段
绿色结束阶段(高原阶段)

上的总曲线图的情况下,边缘是+/- 3 * RMSE;每日新发病例图形,利润+ / dRMSE。

在每日案例增长因子图中,只有两条线1%(绿色)和5%(红色)是出于方向性原因而显示的。

结果保存在结构res中(参见函数fiVirusCV19头)。可选的结果可以打印

fitVirusCV19 (@getDataXXX,“打印”,“上”)

其中XXX代表国家名称。当回归失败时,只绘制数据。人口规模限制在12 Mio。可以通过名称/值对修改上限:

fitVirusCV19 (@getDataXXX nmax, nmax)

如果最终预测过高或超过该国人口,则使用此选项。

从图上使用的图表排除增长率(DEF值为3)

fitVirusCV19(@ getDataXXX, 'NSP',2)

函数分析secv绘制了一个评估联系人数(sigma)、Cend(疫情规模)、N(初始易感人群规模)的图表。分析XXX国疫情爆发后10天的数据

analyseCV19 (@getDataXXX, 10)

免责声明:软件和数据是用于教育,而不是用于医疗或商业用途。模型在某些情况下可能会失败。特别是,模型可能是不充分的;模型可能在初始阶段以及遇到其他流行病阶段或爆发(SIR模型没有描述)时失败。你可以自行决定使用它。
这些数据仅用于演示fitVirusCV19的操作。FitVirus和展示的演示数据仅用于教育和学术目的,不应用于医疗目的和商业。它们是按原样提供的,任何明示或默示保证,包括但不限于适销性和适用于特定目的的默示保证均不予承认。

数据来源
https://ourworldindata.org/coronavirus-source-data
https://www.worldometers.info/coronavirus/coronavirus-cases/#case-tot-outchina
https://en.wikipedia.org/wiki/2019%E2%80%9320_coronavirus_pandemic_by_country_and_territory
对应于getData函数中报告的每个国家的实际数据源。

NEW: importTotalCases函数从数据文件读取并生成数据(由Igor Podlubny)

更详细的描述可以在
https://www.researchgate.net/publication/339311383_Estimation_of_the_final_size_of_the_coronavirus_epidemic_by_the_SIR_model
例子可以在
https://www.researchgate.net/publication/339912313_Forecasting_of_final_COVID-19_epidemic_size_200318

引用作为

米兰巴蒂斯塔(2021)。fitVirusCOVID19(//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/74658-fitviruscovid19),MATLAB中央文件交换。检索到

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