数据导入和管理
从Affymetrix进口数据和注释®GeneChip®,Illumina公司®,安捷伦®、基因表达综合(GEO) ImaGene®现货,GenePix®探地雷达和加;管理实验数据和样本每MIAME元数据标准
功能
affyread |
读的微阵列数据AffymetrixGeneChip文件 |
affysnpannotread |
读Affymetrix从csv格式注释文件映射DNA阵列数据 |
affyprobeseqread |
读取数据文件包含探针序列信息AffymetrixGeneChip数组 |
celintensityread |
读探针强度Affymetrix移动电话的文件 |
getgeodata |
检索基因表达综合(GEO)格式的数据 |
geoseriesread |
读基因表达综合(GEO)系列(GSE)格式的数据 |
geosoftread |
读基因表达综合(GEO)软格式化数据 |
galread |
读的微阵列数据GenePix数组列表文件 |
gprread |
读的微阵列数据GenePix结果(GPR)文件 |
agferead |
读安捷伦科技公司特征提取软件文件 |
ilmnbsread |
读取基因表达数据导出Illumina公司BeadStudio软件 |
imageneread |
读的微阵列数据ImaGene结果文件 |
sptread |
从点读取数据文件 |
goannotread |
从基因本体论注释文件读取注释 |
cytobandread |
阅读细胞遗传学分班信息 |
类
bioma.ExpressionSet |
包含来自基因表达微阵列实验的数据 |
bioma.data.ExptData |
包含数据值从微阵列实验 |
bioma.data.MetaData |
从微阵列实验包含元数据 |
bioma.data.MIAME |
从微阵列基因表达实验包含实验信息 |
主题
- 在对象管理基因表达数据
微阵列基因表达数据对象的概述
- 代表在DataMatrix表达数据值对象
构建DataMatrix对象,获取和设置属性和访问数据。
- 代表在ExptData表达数据值对象
构造ExptData对象,使用属性和方法,和访问数据。
- 元数据,元数据对象代表样本和特征
构建元数据对象,使用属性和方法,和访问数据。
- 代表MIAME实验信息对象
构造MIAME对象,使用属性和方法,和访问数据。
- 代表所有ExpressionSet对象中的数据
构造ExpressionSet对象,使用属性和方法,和访问数据。
- 生物信息学数据交换Excel和MATLAB之间
使用电子表格的示例链接™软件查看科学数据。
- 微阵列数据存储
生物信息学工具箱™包括函数、对象和方法用于创建、存储和访问微阵列数据。
- 数据格式和数据库
使用各种MATLAB访问在线数据库和存储库®为进一步的分析功能和数据导入到工作区。
