预处理
准备原始微阵列数据分析使用背景调整,正常化,和表达式过滤;广泛的Affymetrix预处理®和Illumina公司®数据。从库文件检索调查注释
功能
affyrma |
执行有力Multi-array平均(RMA)过程Affymetrix微阵列probe-level数据 |
affygcrma |
执行GC健壮Multi-array平均(GCRMA)过程Affymetrix微阵列probe-level数据 |
affyinvarsetnorm |
执行等级不变集标准化从多个探针强度Affymetrix玻璃纸或DAT文件 |
affyprobeaffinities |
计算Affymetrix从他们的序列和毫米探针强度探针亲和力 |
affysnpintensitysplit |
分裂AffymetrixSNP等位基因A和B的探针强度信息 |
affysnpquartets |
创建表的SNP探测四方的结果Affymetrix探针集 |
probesetvalues |
创建表Affymetrix探头设置强度值 |
probesetlookup |
查找信息Affymetrix探针集 |
probesetplot |
情节Affymetrix探头设置强度值 |
probelibraryinfo |
创建表的探测设置图书馆信息 |
rmabackadj |
执行背景调整Affymetrix微阵列使用健壮的Multi-array probe-level数据平均(RMA)过程 |
rmasummary |
计算基因表达值Affymetrix微阵列使用健壮的Multi-array probe-level数据平均(RMA)过程 |
gcrma |
执行GC健壮Multi-array平均(GCRMA)背景调整,分位数正常化,median-polish总结Affymetrix微阵列probe-level数据 |
gcrmabackadj |
执行GC健壮Multi-array平均(GCRMA)背景调整Affymetrix微阵列probe-level数据使用序列信息 |
zonebackadj |
执行背景调整Affymetrix微阵列使用基于zone probe-level数据的方法 |
manorm |
正常化微阵列数据 |
quantilenorm |
分位数正常化多个数组 |
mainvarsetnorm |
对基因表达值执行等级不变集标准化两个实验条件或表型 |
malowess |
光滑的微阵列数据使用洛斯的方法 |
exprprofrange |
计算范围的基因表达谱 |
exprprofvar |
计算基因表达谱的差异 |
geneentropyfilter |
消除基因低熵表达式的值 |
genelowvalfilter |
删除绝对值较低的基因资料 |
generangefilter |
消除基因档案与小谱范围 |
genevarfilter |
筛选基因资料方差小 |
maimage |
微阵列数据的空间形象 |
microplateplot |
微量滴定板的可视化显示 |
ilmnbslookup |
查找Illumina公司BeadStudio目标(探针)序列和注释信息 |
magetfield |
从微阵列结构中提取数据 |
