主要内容

可观测的

对象,该对象包含模拟后计算的表达式

描述

可观察对象是一个数学表达式,允许您执行模拟后计算。例如,您可以定义一个可观察的表达式来计算每个时间步与受体结合的配体的比例,或者计算一些统计数据,例如药物浓度剖面的曲线下面积(AUC)。您还可以在模拟、数据拟合和全局灵敏度分析中使用可观察对象作为响应。

SimBiology中每个可观察对象的名称®模型必须是唯一的,这意味着任何可观察对象都不能与模型中的其他可观察对象、物种、隔间、参数、反应、变体或剂量具有相同的名称。可观察对象可以引用任何已记录的模型量StatesToLog).它还可以引用其他活动的可观察对象,前提是表达式不包含代数循环。对象表达式可以使用该变量引用模拟时间时间.遵循建议的指导方针用于表达式求值。例如,如果一个数量名称不是有效的MATLAB®变量名,将名称括在括号内[]当在表达式中引用它时。

SimBiology使用任何引用状态或可观察对象的整个时间过程来计算对象表达式。可观察表达式的结果必须是数值标量或向量。如果它是一个向量,它必须与模拟时间向量的长度相同。结果存储在返回的SimData对象。具体地说,如果可观察表达式是标量值,则结果存储在SimData。ScalarObservables财产。否则,它被存储在SimData。VectorObservables

请注意

  • 确保正确地向量化表达式。例如,使用一个。/ (一个+B而不是一个/ (一个+B如果一个而且B矩阵。

  • 避免硬编码期望任何特定数量的点或时间的表达式。例如,而不是使用时间(1:1000),使用时间(1:min(1000年,元素个数(时间)))

创建

使用创建一个可观察对象addobservable

属性

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可观察对象的数学表达式,指定为字符向量。

例子:“x ^ 2》。

数据类型:字符

可观察表达式结果的单位,指定为字符向量。

例子:“克”

数据类型:字符

标志,指示是否在模型模拟后计算可观察表达式,指定为真正的

例子:

数据类型:逻辑

对象名称,指定为字符向量。

例子:“AUC”

数据类型:字符

此属性是只读的。

可观察对象的父对象,指定为模型对象。

对象的描述,指定为字符向量。

例子:“药物AUC”

数据类型:字符

对象标签,指定为字符向量。

例子:“曲线下面积”

数据类型:字符

此属性是只读的。

对象类型,指定为“可见”

数据类型:字符

与对象关联的数据,指定为任何支持的MATLAB数据类型。金宝app

对象的功能

copyobj 复制SimBiology对象及其子对象
findUsages 找出如何在SimBiology模型中使用可观察对象
得到 获取SimBiology对象属性
设置SimBiology对象属性
删除 删除SimBiology对象
显示 显示SimBiology对象的摘要
重命名 重命名对象并更新表达式

例子

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加载靶介导药物处置(TMDD)模型

sbioloadprojecttmdd_with_TO.sbproj

设定目标入住率()作为回应。

Cs = getconfigset(m1);cs.RuntimeOptions.StatesToLog =”到“

获取给药信息。

D = getdose(m1,“每天”);

扫描不同剂量使用SimBiology。场景对象。为此,首先参数化剂量的性质。方法更改相应的参数值场景对象。

amountParam = addparameter(m1,“AmountParam”“单位”, d.AmountUnits);d.Amount =“AmountParam”;d.Active = 1;doseSamples = SimBiology。场景(“AmountParam”linspace(0300、31));

创建一个SimFunction模拟模型。集作为仿真输出。

%抑制模拟过程中发出的信息警告。警告(“关闭”“SimBiology: SimFunction: DOSES_NOT_EMPTY”);f = createSimFunction(m1,doseSamples,”到“d)
f = SimFunction参数:值类型单位名称  _______________ _____ _____________ ____________ {' AmountParam '} 1{“参数”}{‘nanomole}可见:单位名称类型  ______ _____________ _________________ {' “}{“参数”}{的无量纲}给:TargetName TargetDimension数量AmountValue AmountUnits  _______________ ___________________________________ _______________ ___________ ____________ {' 等离子体。药物“}{”数量(例如,摩尔或分子)“}{”AmountParam“}1{”纳摩尔“}时间单位:天
警告(“上”“SimBiology: SimFunction: DOSES_NOT_EMPTY”);

使用产生的剂量量来模拟模型场景对象。在这种情况下,物体产生31种不同的剂量;因此,该模型被模拟了31次,并生成了一个SimData数组中。

doseTable = getttable (d);sd = f(doseSamples,cs.StopTime,doseTable)
SimBiology模拟数据阵列:31 × 1模型名称:TMDD记录数据:物种:0隔间:0参数:1灵敏度:0可观察性:0

绘制模拟结果图。还添加两条参考线,表示的安全性和有效性阈值.在这个例子中,假设any高于0.85的值是不安全的,任何值低于0.15的值无效。

H = sbioplot(sd);时间= sd(1).时间;h.NextPlot =“添加”;safetyThreshold = plot(h,[min(time), max(time)],[0.85, 0.85],“DisplayName的”“安全阈值”);effacythreshold = plot(h,[min(time), max(time)],[0.15, 0.15],“DisplayName的”“功效阈值”);

图中包含一个轴对象。具有标题States vs . Time的axes对象包含33个类型为line的对象。这些对象代表运行1 - 2 -运行,运行3 -,4 -运行,运行5 - 6至运行,运行7 - 8 -运行,运行9 - 10 -运行,运行11 - 12 -运行,运行13到14 -运行,运行15 - 16 -运行,运行17 - 18 -运行,运行19 - 20到运行,运行21 - 22 -运行,23——运行,运行24 - 25到运行,运行26 - 27 -运行,运行28 - 29 -运行,运行30 - 31 -运行,安全阈值,阈值效果。

对仿真结果进行后处理。找出哪些剂量是有效的,对应于在安全性和有效性阈值范围内的反应。为此,向模拟数据中添加一个可观察表达式。

%抑制模拟过程中发出的信息警告。警告(“关闭”“SimBiology: sbservices: SB_DIMANALYSISNOTDONE_MATLABFCN_UCON”);newSD = addoobservable (sd,“stat1”'max(TO) < 0.85 & min(TO) > 0.15'“单位”无量纲的
SimBiology模拟数据阵列:31 × 1模型名称:TMDD记录数据:物种:0隔间:0参数:1灵敏度:0可观察性:1

addoobservable函数为每个对象计算新的可观察表达式SimDatasd并将计算结果作为new返回SimData数组,newSD,现在添加了可观察对象(stat1).

的两个不同属性中存储可观察到的结果SimData对象。如果结果是标量值,则将它们存储在SimData。ScalarObservables.否则,它们被存储在SimData。VectorObservables.在本例中,stat1可观察表达式是标量值。

提取标量可观测值,并绘制它们与剂量量的关系。

scalarObs = vertcat(newSD.ScalarObservables);doseamount = generate(doseSamples);图绘制(doseAmounts.AmountParam scalarObs.stat1,“o”“MarkerFaceColor”“b”

图中包含一个轴对象。axis对象包含一个line类型的对象。

该图显示了50到180纳摩尔的剂量在目标疗效和安全阈值范围内的反应。

你可以用不同的阈值来更新可观察表达式。该函数重新计算表达式并在newSimData对象数组。

newSD2 = updateobservable(newSD,“stat1”'max(TO) < 0.75 & min(TO) > 0.30');

重命名可观察表达式。该函数重命名可观察对象,更新任何引用重命名可观察对象的表达式(如果适用),并以newSimData对象数组。

newSD3 = renameobservable(newSD2,“stat1”“EffectiveDose”);

恢复警告设置。

警告(“上”“SimBiology: sbservices: SB_DIMANALYSISNOTDONE_MATLABFCN_UCON”);

版本历史

R2020a中引入