主要内容

部署一个SimBiology模型

这个例子展示了如何部署一个图形应用程序,模拟SimBiology®模型。示例模型描述的生态反应系统Gillespie[1],这可以解释为一个简单的捕食模型。

这个例子需要MATLAB编译器™。

概述

您可以使用MATLAB编译器创建独立的SimBiology应用程序和SimBiology导出模型。让你的应用程序兼容MATLAB编译器,执行以下操作:

  • 创建一个导出的模型,使用该模型的出口方法。

  • 加速模型(可选)。

  • 保存模型垫文件。

  • 确保您的应用程序从垫文件加载模型。

  • 添加% #函数编译指示应用程序的高级功能。

  • 调用世纪挑战集团函数显式地添加垫文件并导出模型的相关文件给应用程序。

负荷模型

sbioloadproject洛特卡m1

创建导出的模型

exportedModel =出口(m1);

加速模型

加速度需要正确配置墨西哥人编译器(参见文档墨西哥人设置)。

加速(exportedModel);

保存导出的模型

取消下一行在exportedLotka.mat保存模型

%保存exportedLotka exportedModel

调用世纪挑战集团

顶级功能为应用程序,simulateLotkaGUI.m已经被更新使用导出的模型垫文件。它还包含以下% #函数编译指示,告诉MATLAB编译器,应用程序使用一个SimBiology导出模型:% #函数SimBiology.export.Model

现在,确定文件的列表来显式地添加到应用程序。这个列表包含导出的模型,包括垫文件中列出的任何文件DependentFiles导出的模型的属性。注意,这个垫子文件之前必须加载到工作区世纪挑战集团叫,所以导出的模型可用于部署的文件。

%加快编译,我们使用选项| - n - p simbio |,通知% | mcc |已部署的应用程序不依赖于任何额外的%工具箱。对于本示例中,我们以编程方式%构造| mcc |命令。mccCommand = [mcc - m simulateLotkaGUI。m - n - p simbio——exportedLotka。垫的sprintf (“——% s”,exportedModel.DependentFiles {:}));%取消注释以下行执行| mcc |命令。这可能需要%几分钟。%% eval (mccCommand)

引用

[1]Gillespie D.T.“耦合化学反应,完全随机模拟”(1977)《物理化学》杂志上81 (25),2340 - 2361。