fitVirusCV19函数实现了去除易感感染(SIR)的流行病模型,用于流行病评估的估计。假设该模型是对单阶段流行病的合理描述。具体来说,该模型假设人口不变,人口混合均匀,感染者被清除的可能性相同。这个模型是数据驱动的,所以它的预测和数据一样好。预测随着新的或变化的数据而变化。官方宣布的疫情爆发和节目报道的疫情爆发没有任何关系。程序指示开始日期,当数据足以计算初始近似。
对于那些不熟悉流行病模型的人,我们建议阅读以下文章:https://en.wikipedia.org/wiki/compartmental_models_in_epidemiolog.,
http://www.maths.usyd.edu.au/u/marym/populations/hethcote.pdf,https://web.stanford.edu/~jhj1/teachingdocs/Jones-on-R0.pdf.
模型的参数是通过最小化目标函数得到的,目标函数是值的残差平方和和值的差残差平方和。总和的权重是自动选择的。利用优化工具箱函数fminsearch计算未知模型参数的最优值。如果计算失败,则只绘制数据。
这些贡献包含阿根廷、奥地利、比利时、巴西、加拿大、克罗地亚、中国、捷克共和国、丹麦、德国、匈牙利、法国、冰岛、印度、印度尼西亚、伊朗、意大利、日本、荷兰、挪威、波兰、葡萄牙、罗马尼亚、俄罗斯、斯洛伐克、塞尔维亚、斯洛文尼亚、韩国、西班牙、瑞士、土耳其、英国、美国与世界(至2020年4月28日)
在流行病评估图中,区域颜色将流行病阶段分开(这些阶段不是标准的,而是为了方便而任意选择的):
红-快增长阶段
黄色-过渡到稳态阶段
绿色结束阶段(高原阶段)
在总案例图上,边际为+/-3*RMSE;在每日新案例图中,利润率为+/dRMSE。
在日情况下,生长因子图两条线1%(绿色)和5%(红色)仅以方向原因显示。
结果保存在结构RES中(请参阅功能fiviruscv19标题)。可选地,结果可以通过
fitVirusCV19 (@getDataXXX,“打印”,“上”)
XXX代表国家名称。当回归失败时,只有数据被绘制。人口规模仅限于12个MIO.您可以通过名称/值对更改上限:
fitviruscv19(@ getdataxxx,'nmax',nmax)
如果最终预测过高或超过该国人口,则使用此选项。
将增长率从图中排除(def值为3)
fitVirusCV19 (@getDataXXX nsp, 2)
功能analysecv绘制接触号(Sigma)的评估图,赋予(疫情大小),n(初始敏感群体大小)。从疫情的10天内分析国家XXX数据的数据
analysecv19(@ getDataxxx,10)
免责声明:软件和数据用于教育,而不是用于医疗或商业用途。模型可能在某些情况下失败。特别是,该模型可能不充分;该模型可能在初始阶段中失败,并且遇到额外的疫情阶段或爆发(SIR模型未描述)。用自己的自由裁量权使用它。
这些数据仅用于演示fitVirusCV19的操作。FitVirus和展示的演示数据仅用于教育和学术目的,不应用于医疗目的和商业。它们是按原样提供的,任何明示或默示保证,包括但不限于适销性和适用于特定目的的默示保证均不予承认。
数据来源
https://ourworldindata.org/coronavirus-source-data.
https://www.worldometers.info/coronavirus/coronavirus-cases/#case-tot-outchina.
https://en.wikipedia.org/wiki/2019%ee2%80%9320_coronavirus_pandement_by_country_and_territty.
实际数据源适用于相应GetData函数中报告的每个国家/地区。
new:importtotalcases函数读取和生成来自
可以找到更详细的描述
https://www.researchgate.net/publication/339311383_estimation_of_the_final_size_of_the_coronavirus_epidemic_by_the_sir_model.
例子可以在
https://www.researchgate.net/publication/339912313_forecasting_of_final_covid-19_epidemic_size_200318
米兰巴蒂斯塔(2021年)。fitVirusCOVID19(//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/74658-fitviruscovid19), MATLAB中央文件交换。检索.
启发:类Covid,FitViruscv19Varw(SIR模型的可变重量配件),FitViruscv19_state(美国Covid-19 SIR模型),fitVirusCV19v3 (COVID-19 SIR模型)