生物信息学的工具箱
丽亚,请查看genómicos y proteómicos
Bioinformatics Toolbox™proporciona algoritmos y apps para secuenciación de próxima generación (NGS), análisis de microarrays, espectrometría de masas y ontología genética。Las funciones de esta toolbox permiten leer datos genómicos y proteómicos en formatos de archivo estándar como SAM, FASTA, CEL y CDF, así como en base de datos online tales como Gene Expression Omnibus y GenBank®德尔NCBI。Puede explorarŸvisualizar estos DATOS CON navegadores德secuencias,一举成名德灼热espacialesÿclustergramas。香格里拉工具箱tambiénproporcionaTÉCNICASestadísticas对detectar微微小区,imputar VALORES一个DATOS ausentesŸseleccionarCARACTERÍSTICAS。
Puede combinar拉斯funciones德拉工具箱对utilizar flujos德特拉瓦霍bioinformáticoshabituales。ES更多钞票城市搜救DATOS的ChIP-Seq的第identificar factores德transcripción,analizar DATOS RNA-Seq的第identificar基因expresados diferencialmente,identificar variaciones EN ELNÚMERO德copiasŸSNP连接DATOS代芯片,Y clasificar perfiles德proteínas山岛DATOS德espectrometría德masas。
索布雷大学信息学院生物计算机.
Comience:
生物信息工具箱proporciona algoritmosŸTÉCNICAS德visualización第下午更新的时候通知去secuenciación日玛generación。埃斯塔工具箱permite analizar genomas completos mientras SE realizancálculos恩报德NIVEL德resolución比肩基地。Puede utilizar EL navegador NGS对visualizarËinvestigar alineamientos德lecturas考特斯utilizando lecturas考特斯德extremo UNICOØ德extremo emparejado。TambiénSE pueden CREAR rutinas日更新的时候通知personalizadas,科莫本身muestra连接洛杉矶siguientes ejemplos。
可视化cortas讲师团队调查
navegador允许研究人员对发电厂和发电厂的变化和排放进行评估。El navegador NGS también permite:
- 关于核参考文献的可视化数据
- 比较我们的合意语和参考语的合意语común
- 在不同的基础上有不同的参照区域
- Investigar拉CALIDADŸOTROS detalles德拉斯lecturas alineadas
- 同一性差异与多聚性碱基的误差相同
- Visualizar insercionesÿeliminaciones
- 为características的亲属恢复一个región específica的参考文献
AlmacenamientoŸGESTIÓN德DATOS德secuencias德lecturas考特斯
这是普罗西马总工会在纪念西卡大教堂举行的一次会议上利用数据的机会。生物信息学工具箱Propicona Contendores de datos Specializados que permiten analizar genomas completos。
El objetoBioIndexedFile
permite acceder人contenido德archivos德texto阙incluyen入住日期德玉野没有uniforme,故事COMO secuencias,anotacionesÿreferencias cruzadas人CONJUNTO德DATOS。Puede generar estos objetos一个partir德手鼓,archivos planosØformatosespecíficos德aplicaciones,故事COMO SAM,FASTAÿFASTQ。
拉CLASEBioMap
科尔塔斯讲座的信息,包括讲座的内容、讲座的内容、课程的内容和参考资料。在生物地图中,勘探、加入、过滤和管理目标的实用性和准确性。
正常化Ación de微阵列
在微阵列数据的规范化方面,公共事业部门、地方媒体、全球媒体、绝对媒体(DMA)和标准化部门都有自己的经验。可能的应用包括:基因芯片、基因区域、基因块等。过滤和输入功能允许在视觉化和视觉化过程中使用。
达托斯的视觉化
生物信息学工具箱允许实现对expresión génica的valores的计算(与sondas的结合)和microarray Affymetrix的sonda的数据的部分调整®多阵列鲁棒性(RMA)和多阵列鲁棒性(GCRMA)。可以适用于segmentación二进制循环的阵列的数据,也可以应用于hipótesis和expresión génica的微阵列的实验。También se normalize conjuntos con rangos invariantes en intensidades de sonda para varios archivos CEL de Affymetrix o valores de expresión génica de dos条件实验不同。
Las rutinas专门研究微阵列的可视化数据,包括gráficas de volcán, gráficas de cajas, gráficas logarítmicas, gráficas I-R y mapas de calor espaciales del微阵列。También puede visualizar ideogramas con patron of bandas G。
昆仑拉斯rutinas德统计和机器学习工具箱™, puede clasificar los resultados, realizar clustering jerárquico y de K-means y represent los datos del microarray en visualizaciones estadísticas, tales como clustergramas 2D con un orden óptimo de hojas, mapas de calor, gráficas de components principales y árboles de clasificación。
生物信息学工具箱proporciona un CONCONCONNTO de funciones para el análisis de datos de Spectrometraía de masas。程序前许可证、分类和身份识别、马尔迪、LC/MS和GC/MS。程序前许可证的功能包括参考文件、suavizado、calibración和remuestreo。特别是在使用过程中,使用LC/MS和GC/MS对数据进行处理。这些数据代表了各种形式的特殊模拟。
是可能的,线性归一化光谱,después,我们的herramientas de clasificación y aprendizaje estadístico para crear clasificadores e identificbiomararcadores potential。
特奥里亚和格拉菲卡斯的视觉化
生物信息工具箱permite aplicar拉teoría画报BASICA一个矩阵dispersas。Puede CREAR,VERÿmanipular GRAFICAS故事科莫一举成名德interacción,GRAFICASjerárquicasÿVIAS celulares。ES更多钞票determinarŸ版本拉斯通孔MÁS考特斯EN GRAFICAS,probar ciclos EN GRAFICAS dirigidasŸencontrar isomorfismo恩特雷里奥斯DOS GRAFICAS。
Visualizaciónÿaprendizajeestadístico
生物信息学工具箱的功能比例是在clasificación y aprendizaje estadístico de的算法中统计和机器学习工具箱,故事如何:
- Clasificadores de K制作vecinosMÁScercanosýmáquina德矢量soporte(SVM)
- 函数对应于validación的配置实验和不同的函数对应于métodos的配置实验
- 作为选择角色的互动角色,亚洲和视觉化的角色扮演者和角色扮演者
Ontologia genica
生物信息学工具箱允许在MATLAB中使用基因本体论®,分析阿奇沃斯·阿诺塔多斯·德·奥托洛尼亚·盖尼卡和奥托洛尼亚的次青年,关于祖先、后代和当事人的故事。
Alineamiento de secuencias
香格里拉工具箱proporciona funciones,objetosÿmétodos第下午更新的时候通知去secuencias,故事科莫secuencia EN价格调整汇率,PERFIL德secuenciasŸalineamiento德varias secuencias。Por Ejetrevo:
- 实现MATLAB算法estándar para el alineamiento de secuencias locale y globales,故事como los algoritmos de Needleman-Wunsch, Smith-Waterman y el perfil de modelos ocultos de Markov
- 我希望大家都是进步的
- 线性结果矩阵的表示法
- 矩阵puntuación estándar,和矩阵PAM y BLOSUM一样
- Cálculo德secuencia德consensoŸvisualización德logotipo德secuencia
安全设施和实用设施
香格里拉工具箱permite manipularŸanalizar拉斯secuencias对obtener UNAcomprensiónMÁS股深德SUS DATOS。Puede hacer LO siguiente:
- 转到安全的地方,再转到安全的地方,aminoácidos usando el código genético
- 实现análisis estadísticos de las secuencias y bus patron específicos dentro de una secuencia
- 应用到restricción para la asimilación mediante simulación informática应用到crear aleatorias para pueba
- 它的前身是mínima energía,它的自由前身是ARN
视觉化
埃斯塔工具箱permite visualizar secuenciasÿalineamientos。Puede版本一举成名linealesØcirculares德secuencias anotadas CON拉斯funcionalidades德GenBank中。ES更多钞票visualizar diagramas德estructura secundaria日乌纳secuencia德ARN。洛杉矶visores interactivos permiten explorarŸmodificar alineamientos德DOSØMÁSsecuencias。
更新的时候通知filogenético德árboles
Esta toolbox permite crear y editar árboles filogenéticos。我们可以计算距离,我们可以在nucleótidos或者aminoácidos中使用距离,我们可以在métricas中使用距离,我们可以在Jukes-Cantor中使用距离,我们可以在puntuación中使用距离,我们可以在método中定义距离。Los árboles filogenéticos se crean utilizdo el enlace jerárquico con diversas técnicas,包括la unión de vecinos, el enlace único y completo, y el promedio aritmético de grupos de pares no ponderados (UPGMA)。
拉巴斯·德阿尔伯勒大学、次阿尔伯勒大学和洛萨尔伯勒大学的课程。阿尔伯勒丝线博物馆、雷诺德纳尔和雷诺布拉·拉马斯博物馆、探索距离和新建筑的描述。公共设施的公共设施包括现有设施的基础设施。
Análisis de características de proteínas
蛋白质分泌比例表,包括芦丁类的计算比例表,用于计算蛋白质、蛋白质和比索分子的合成比例。蛋白质的氨基酸组成决定因素包括蛋白质的含量、蛋白质的含量和蛋白质的含量。在氨基酸类药物的应用中,使用可视化分子和3D中常见的雌激素分子。
档案格式以数据为基础
您可以使用以下格式:estándar de datos biológicos, base de datos online y sitios web。生物信息工具箱permite:
- 科莫法斯塔、PDB和SCF的建筑结构安全数据
- 微阵列数据格式:DAT, EXP, CEL, CHP y CDF de Affymetrix, datos de format de resultados ImaGene®,安捷伦档案馆®特征提取软件归档GPR y GAL de GenePix®
- 在GenBank, EMBL, NCBI BLAST和PDB等数据库中查找数据
- Importar DATOS directamente desde EL锡蒂奥网络基因表达综合德尔NCBI CON联合国独奏COMANDO
- 阅读资讯德茅屋citogenéticas德ideogramas德尔NCBIØarchivos德texto德citobandas德拉UCSC
- 阅读DATOS德espectrometría德masas德archivos MZXMLŸJCAMP-DX
算法和应用程序的比较
MATLAB proporciona HERRAMIENTAS阙permiten convertir苏programa日更新的时候通知去DATOS恩UNAaplicación德软件personalizada。恩特雷里奥斯ELLAS SE incluyen HERRAMIENTAS德DESARROLLO对CREAR接口德usuario,联合国entorno德DESARROLLO integrado视觉Ÿ联合国generador德perfiles。洛杉矶PRODUCTOS德despliegue德aplicaciones日MATLAB permiten integrar洛杉矶algoritmos日MATLAB CON aplicaciones C,C ++ÿ的Java™disponibles,desplegar洛杉矶algoritmos desarrolladosŸ拉斯接口personalizadas科莫aplicaciones independientes,convertir algoritmos日MATLAB连接COMPONENTES去微软®.NETØCOM洛阙本身puede acceder desde cualquieraplicaciónbasada连接COMŸCREAR complementos德Microsoft Excel中®.
Puede积分MATLAB与bioinformática与uso习惯,como BioPerl, servicios web basados en SOAP y互补COM。