SimBiology的模型调试器是一个MATLAB应用程序,允许您在模型仿真期间分析模型响应、模型结构和表达式。
开始:
要安装SimBiology的模型调试器,只需双击mltbx文件。您可以通过单击MATLAB工具条中的add-ons按钮来管理已安装的附加组件。
启动SimBiology的模型调试器类型为“startSimBiologyDebugger(Model)”,其中Model是一个SimBiology模型。
关于如何应用剂量和变体类型的更多信息类型“帮助startSimBiologyDebugger”在MATLAB命令行窗口。
参见gettingstart .mlx。
例子:
%负荷模型
模型= sbmlimport(“洛特卡”);
%配置仿真模型
configset = getconfigset(模型);
configset.SolverOptions.AbsoluteTolerance = 1 e-6;
configset.SolverOptions.RelativeTolerance = 1 e-6;
%定义剂量
dose = sbiodose('dose for y1', 'TargetName', 'y1', 'Amount', 50);
%启动SimBiology模型和剂量的模型调试器
startSimBiologyDebugger(模型、剂量);
系统需求:
MATLAB版本R2019b或更高版本和SimBiology™工具箱需要运行SimBiology的模型调试器。
MATLAB版本R2020a或更高版本金宝app支持单位转换。
特点:
断点来指定暂停模型模拟的条件。您可以检测物种值是负的还是模型组件的值是NaN、Inf或复杂的。触发的断点用黄色突出显示。从位于应用程序窗口顶部的控制栏的下拉菜单中选择要调查的事件。您可以停用预定义的断点以继续模拟。
为了调试,您可以可视化模型组件的值是如何计算的依赖关系图。您还可以绘制模型响应的时间进程,并以图形方式探索表达式。表达式树中的节点表示组成表达式的术语。节点的颜色表示NaN(红色)、infinite(橙色)、complex(黄色)或实值(绿色)。
在设置面板中自定义模型模拟和表达式视图的首选项。
引用作为
Florian奥古斯汀(2021)。模型调试器SimBiologyGitHub (https://github.com/MathWorks-SimBiology/ModelDebugger/releases/tag/1.0.2)。检索.