主要内容gydF4y2Ba

affyreadgydF4y2Ba

读的微阵列数据gydF4y2BaAffymetrixgydF4y2BaGeneChipgydF4y2Ba文件gydF4y2Ba

所有的页面崩溃gydF4y2Ba

语法gydF4y2Ba

AffyStructgydF4y2Ba= affyread (gydF4y2Ba文件gydF4y2Ba)gydF4y2Ba
AffyStructgydF4y2Ba= affyread (gydF4y2Ba文件gydF4y2Ba,gydF4y2BaLibraryPathgydF4y2Ba)gydF4y2Ba

描述gydF4y2Ba

AffyStructgydF4y2Ba= affyread (gydF4y2Ba文件gydF4y2Ba)gydF4y2Ba读取一个AffymetrixgydF4y2Ba®gydF4y2Ba文件并创建一个MATLABgydF4y2Ba®gydF4y2Ba结构。的gydF4y2BaaffyreadgydF4y2Ba函数可以读取Affymetrix EXP, DAT,玻璃纸,CLF,边界网关协议,提供和杜松子酒文件与Affymetrix GeneChipgydF4y2Ba®gydF4y2Ba数组的表达,基因分型(SNP),或重测序分析。它可以读取Affymetrix CHP文件与Affymetrix GeneChip阵列仅供表达分析。gydF4y2Ba

AffyStructgydF4y2Ba= affyread (gydF4y2Ba文件gydF4y2Ba,gydF4y2BaLibraryPathgydF4y2Ba)gydF4y2Ba指定的路径和文件夹提供或杜松子酒库文件。gydF4y2Ba

阅读许多玻璃纸文件和/或一个大型的玻璃纸文件可以从操作系统需要扩展的内存。如果你收到任何错误相关的内存或无法读取玻璃纸文件,试试以下:gydF4y2Ba

输入参数gydF4y2Ba

文件gydF4y2Ba

特征向量或字符串指定一个文件名或路径和文件名的Affymetrix文件类型与Affymetrix GeneChip数组表达,基因分型(SNP),或重测序分析。然而,如果CHP的文件名文件,它必须与一个Affymetrix GeneChip阵列分析表达式。gydF4y2Ba

  • 经验值gydF4y2Ba——数据文件包含实验条件和协议的信息。gydF4y2Ba

  • DATgydF4y2Ba包含原始图像数据-数据文件(像素强度值)。gydF4y2Ba

  • 厘米/秒gydF4y2Ba——数据文件包含单个探测器的强度值的信息。gydF4y2Ba

  • 共和人民党gydF4y2Ba-数据文件包含摘要信息的探针集,包括强度值。gydF4y2Ba

  • CLFgydF4y2Ba——细胞布局文件调查id映射到一个位置(gydF4y2Bax -gydF4y2Ba和gydF4y2BaygydF4y2Ba坐标)玻璃纸文件。gydF4y2Ba

  • 边界网关协议gydF4y2Ba——背景调查文件,列出了探针用于背景校正。gydF4y2Ba

  • 提供gydF4y2Ba——库文件包含信息探测所属的探针集。gydF4y2Ba

  • 杜松子酒gydF4y2Ba——库文件包含的信息调查集,如与调查相关的基因名称集。gydF4y2Ba

如果你仅指定一个文件名,将MATLAB搜索路径上的文件或在当前文件夹。如果只指定一个文件名的运作或杜松子酒库文件,您可以指定的路径和文件夹gydF4y2BaLibraryPathgydF4y2Ba输入参数。gydF4y2Ba

LibraryPathgydF4y2Ba

特征向量或字符串指定的路径和文件夹:gydF4y2Ba

  • 提供相关的库文件gydF4y2Ba文件gydF4y2Ba当gydF4y2Ba文件gydF4y2Ba是一个共和人民党文件gydF4y2Ba

  • CDF库文件当gydF4y2Ba文件gydF4y2Ba是一个提供文件gydF4y2Ba

  • 杜松子酒库文件时gydF4y2Ba文件gydF4y2Ba是一个杜松子文件gydF4y2Ba

请注意gydF4y2Ba

如果你不指定gydF4y2BaLibraryPathgydF4y2Ba当阅读CHP文件时,gydF4y2BaaffyreadgydF4y2Ba看起来在当前文件夹提供文件。如果没有找到提供文件,它仍然读取共和人民党(CHP)文件。然而,它省略了探针组名称和类型的返回值,gydF4y2BaAffyStructgydF4y2Ba。gydF4y2Ba

输出参数gydF4y2Ba

AffyStructgydF4y2Ba

MATLAB结构包含信息从一个Affymetrix数据或库文件,为表达,基因分型(SNP),或重测序分析类型。gydF4y2Ba

下面的表描述字段gydF4y2BaAffyStructgydF4y2Ba为不同的Affymetrix文件类型。gydF4y2Ba

EXP DAT,玻璃纸,CHP CLF,边界网关协议,提供和杜松子酒文件gydF4y2Ba

场gydF4y2Ba 描述gydF4y2Ba
的名字gydF4y2Ba

文件名。gydF4y2Ba
DataPath公司gydF4y2Ba

文件的路径和文件夹。gydF4y2Ba
LibPathgydF4y2Ba

提供和杜松子酒库文件的路径和文件夹与文件相关阅读。gydF4y2Ba
FullPathNamegydF4y2Ba

文件的路径和文件夹。gydF4y2Ba
ChipTypegydF4y2Ba

的名字Affymetrix GeneChip数组(例如,DrosGenome1或HG-Focus)。gydF4y2Ba
日期gydF4y2Ba或gydF4y2BaCreateDategydF4y2Ba

文件创建日期。gydF4y2Ba

EXP文件gydF4y2Ba

场gydF4y2Ba 描述gydF4y2Ba
ChipLotgydF4y2Ba
操作符gydF4y2Ba
SampleTypegydF4y2Ba
SampleDescgydF4y2Ba
项目gydF4y2Ba
评论gydF4y2Ba
试剂gydF4y2Ba
ReagentLotgydF4y2Ba
协议gydF4y2Ba
站gydF4y2Ba
模块gydF4y2Ba
HybridizeDategydF4y2Ba
ScanPixelSizegydF4y2Ba
ScanFiltergydF4y2Ba
ScanDategydF4y2Ba
ScannerIDgydF4y2Ba
NumberOfScansgydF4y2Ba
ScannerTypegydF4y2Ba
NumProtocolStepsgydF4y2Ba
ProtocolStepsgydF4y2Ba

实验条件和协议的信息被Affymetrix软件。gydF4y2Ba

DAT文件gydF4y2Ba

场gydF4y2Ba 描述gydF4y2Ba
NumPixelsPerRowgydF4y2Ba 图像的像素每一行从GeneChip创建数组(列数)。gydF4y2Ba
NumRowsgydF4y2Ba 在图像的行数从GeneChip创建数组。gydF4y2Ba
MinDatagydF4y2Ba 最小强度值在图像从GeneChip创建数组。gydF4y2Ba
MaxDatagydF4y2Ba 最大强度值在图像从GeneChip创建数组。gydF4y2Ba
PixelSizegydF4y2Ba 图像中的一个像素的大小从GeneChip创建数组。gydF4y2Ba
CellMargingydF4y2Ba 细胞之间的缝隙大小图像从GeneChip创建数组。gydF4y2Ba
ScanSpeedgydF4y2Ba 扫描仪用于创建图像的速度。gydF4y2Ba
ScanDategydF4y2Ba 扫描执行日期。gydF4y2Ba
ScannerIDgydF4y2Ba 扫描装置使用的名称。gydF4y2Ba
UpperLeftXgydF4y2Ba
UpperLeftYgydF4y2Ba
UpperRightXgydF4y2Ba
UpperRightYgydF4y2Ba
LowerLeftXgydF4y2Ba
LowerLeftYgydF4y2Ba
LowerRightXgydF4y2Ba
LowerRightYgydF4y2Ba		 扫描图像的像素坐标。gydF4y2Ba
ServerNamegydF4y2Ba 不习惯。gydF4y2Ba
图像gydF4y2Ba 一个gydF4y2BaNumRowsgydF4y2Ba——- - - - - -gydF4y2BaNumPixelsPerRowgydF4y2Ba图像的扫描GeneChip数组。gydF4y2Ba

玻璃纸文件gydF4y2Ba

场gydF4y2Ba 描述gydF4y2Ba
FileVersiongydF4y2Ba 版本的玻璃纸文件格式。gydF4y2Ba
算法gydF4y2Ba 算法中使用的图像处理步骤,从DAT格式转换为厘米/秒的格式。gydF4y2Ba
AlgParamsgydF4y2Ba 所使用的特征向量包含参数算法在图像处理步骤。gydF4y2Ba
NumAlgParamsgydF4y2Ba 的参数数量gydF4y2BaAlgParamsgydF4y2Ba。gydF4y2Ba
CellMargingydF4y2Ba 细胞之间的缝隙大小图像从GeneChip创建数组,用于计算细胞的强度值。gydF4y2Ba
行gydF4y2Ba 的行数的调查。gydF4y2Ba
关口gydF4y2Ba 列数的调查。gydF4y2Ba
NumMaskedgydF4y2Ba 戴面具的探测器,不用于后续处理。gydF4y2Ba
NumOutliersgydF4y2Ba 细胞的数量确定为离群值(极高或极低强度)的图像处理步骤。gydF4y2Ba
NumProbesgydF4y2Ba 探测器的数量(gydF4y2Ba行gydF4y2Ba*gydF4y2Ba关口gydF4y2Ba)GeneChip数组。gydF4y2Ba
UpperLeftXgydF4y2Ba
UpperLeftYgydF4y2Ba
UpperRightXgydF4y2Ba
UpperRightYgydF4y2Ba
LowerLeftXgydF4y2Ba
LowerLeftYgydF4y2Ba
LowerRightXgydF4y2Ba
LowerRightYgydF4y2Ba		 扫描图像的像素坐标。gydF4y2Ba
ProbeColumnNamesgydF4y2Ba

单元阵列包含八个列名gydF4y2Ba探针gydF4y2Ba字段:gydF4y2Ba

  • PosXgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaxgydF4y2Ba协调细胞的gydF4y2Ba

  • 诗句gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaygydF4y2Ba协调细胞的gydF4y2Ba

  • 强度gydF4y2Ba——细胞的强度值gydF4y2Ba

  • StdDevgydF4y2Ba-标准差的强度值gydF4y2Ba

  • 像素gydF4y2Ba——细胞的像素数量gydF4y2Ba

  • 离群值gydF4y2Ba——真/假标志指示如果细胞被标记为一个异类gydF4y2Ba

  • 戴面具的gydF4y2Ba——真/假标志指示如果细胞被掩盖了gydF4y2Ba

  • ProbeTypegydF4y2Ba——整数表明探测类型(例如,gydF4y2Ba1gydF4y2Ba=表达式)gydF4y2Ba
探针gydF4y2Ba NumProbesgydF4y2Ba8一系列个人信息调查,包括强度值。的gydF4y2BaProbeColumnNamesgydF4y2Ba字段包含这个数组的列名称。gydF4y2Ba

CHP文件gydF4y2Ba

场gydF4y2Ba 描述gydF4y2Ba
AssayTypegydF4y2Ba 试验与GeneChip关联数组类型(例如,表达,基因分型,或重新排序)。gydF4y2Ba
CellFilegydF4y2Ba 玻璃纸文件的文件名的共和人民党(CHP)文件被创建。gydF4y2Ba
算法gydF4y2Ba 算法用于从移动电话格式转换为CHP格式。gydF4y2Ba
AlgVersiongydF4y2Ba 版本的算法用于创建共和人民党(CHP)文件。gydF4y2Ba
NumAlgParamsgydF4y2Ba 的参数数量gydF4y2BaAlgParamsgydF4y2Ba。gydF4y2Ba
AlgParamsgydF4y2Ba 特征向量中使用包含参数所需的步骤创建共和人民党(CHP)文件(例如,背景校正)。gydF4y2Ba
NumChipSummarygydF4y2Ba 的条目数量gydF4y2BaChipSummarygydF4y2Ba。gydF4y2Ba
ChipSummarygydF4y2Ba GeneChip数组的汇总信息,包括背景平均值,标准差,马克斯,分钟。gydF4y2Ba
BackgroundZonesgydF4y2Ba 包含信息的结构中使用的区域背景调整步骤。gydF4y2Ba
行gydF4y2Ba 的行数的调查。gydF4y2Ba
关口gydF4y2Ba 列数的调查。gydF4y2Ba
NumProbeSetsgydF4y2Ba 数量上的探针集GeneChip数组。gydF4y2Ba
NumQCProbeSetsgydF4y2Ba

的QC探针集数量GeneChip数组。gydF4y2Ba

ProbeSetsgydF4y2Ba

(表达式GeneChip数组)gydF4y2Ba

NumProbeSetsgydF4y2Ba1结构数组中包含的信息为每个表达式探针组,包括以下字段:gydF4y2Ba

  • 的名字gydF4y2Ba——探针组的名称。gydF4y2Ba

  • ProbeSetTypegydF4y2Ba-类型的探测器。gydF4y2Ba

  • CompDataExistsgydF4y2Ba——真/假标志指示如果探头设置额外的计算信息。gydF4y2Ba

  • NumPairsgydF4y2Ba——探针的探针对集。gydF4y2Ba

  • NumPairsUsedgydF4y2Ba——的探针对探针用于计算探测器集合信号(不戴面具)。gydF4y2Ba

  • 信号gydF4y2Ba——总结探针强度值集。gydF4y2Ba

  • 检测gydF4y2Ba——指标的统计上的显著差异之间的强度值点探测器和MM探针的强度值在一个探针集(gydF4y2Ba现在gydF4y2Ba,gydF4y2Ba缺席gydF4y2Ba,或gydF4y2Ba边际gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba

  • DetectionPValuegydF4y2Ba——假定值的gydF4y2Ba检测gydF4y2Ba指标。gydF4y2Ba

  • CommonPairsgydF4y2Ba——当gydF4y2BaCompDataExistsgydF4y2Ba是gydF4y2Ba真正的gydF4y2Ba,包含共同对异常值的实验和去除后的基线,蒙面调查。gydF4y2Ba

  • SignalLogRatiogydF4y2Ba——当gydF4y2BaCompDataExistsgydF4y2Ba是gydF4y2Ba真正的gydF4y2Ba,包含信号之间的实验和基线的变化。gydF4y2Ba

  • SignalLogRatioLowgydF4y2Ba——当gydF4y2BaCompDataExistsgydF4y2Ba是gydF4y2Ba真正的gydF4y2Ba,包含最低比率之间的探测实验和基线。gydF4y2Ba

  • SignalLogRatioHighgydF4y2Ba——当gydF4y2BaCompDataExistsgydF4y2Ba是gydF4y2Ba真正的gydF4y2Ba,包含最高比率之间的探测实验和基线。gydF4y2Ba

  • 改变gydF4y2Ba——当gydF4y2BaCompDataExistsgydF4y2Ba是gydF4y2Ba真正的gydF4y2Ba,描述了基线调查如何变化与实验。的选择是gydF4y2Ba增加gydF4y2Ba,gydF4y2Ba边际增加gydF4y2Ba,gydF4y2Ba没有变化gydF4y2Ba,gydF4y2Ba减少gydF4y2Ba,或gydF4y2Ba边际降低gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

  • ChangePValuegydF4y2Ba——当gydF4y2BaCompDataExistsgydF4y2Ba是gydF4y2Ba真正的gydF4y2Ba,包含相关的假定值gydF4y2Ba改变gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

ProbeSetsgydF4y2Ba

GeneChip型(数组)gydF4y2Ba

NumProbeSetsgydF4y2Ba1结构数组包含基础信息为每个探针组,包括以下字段:gydF4y2Ba

  • 的名字gydF4y2Ba——探针组的名称。gydF4y2Ba

  • AlleleCallgydF4y2Ba——等位基因探针集。可能性的存在gydF4y2BaAAgydF4y2Ba(主要的等位基因纯合),gydF4y2BaABgydF4y2Ba(主要和次要的等位基因的杂合的),gydF4y2BaBBgydF4y2Ba(小等位基因纯合子),或gydF4y2BaNoCallgydF4y2Ba(无法确定等位基因)。gydF4y2Ba

  • 信心gydF4y2Ba——测量的准确性等位基因。gydF4y2Ba

  • RAS1gydF4y2Ba-相对等位基因信号1 SNP的网站,这是计算使用探针。gydF4y2Ba

  • RAS2gydF4y2Ba-相对等位基因信号2的SNP的网站,这是计算使用反义探针。gydF4y2Ba

  • PValueAAgydF4y2Ba——假定值的gydF4y2BaAAgydF4y2Ba调用。gydF4y2Ba

  • PValueABgydF4y2Ba——假定值的gydF4y2BaABgydF4y2Ba调用。gydF4y2Ba

  • PValueBBgydF4y2Ba——假定值gydF4y2BaBBgydF4y2Ba调用。gydF4y2Ba

  • PValueNoCallgydF4y2Ba——假定值gydF4y2BaNoCallgydF4y2Ba调用。gydF4y2Ba

ProbeSetsgydF4y2Ba

(重测序GeneChip数组)gydF4y2Ba

NumProbeSetsgydF4y2Ba1结构数组包含信息对于每一个重测序探针组,包括以下字段:gydF4y2Ba

  • CalledBasesgydF4y2Ba- 1 -gydF4y2BaNumProbeSetsgydF4y2Ba特征向量包含基地被重新排序算法。可能的值是gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba,gydF4y2BacgydF4y2Ba,gydF4y2BaggydF4y2Ba,gydF4y2BatgydF4y2Ba,gydF4y2BangydF4y2Ba。gydF4y2Ba

  • 分数gydF4y2Ba- 1 -gydF4y2BaNumProbeSetsgydF4y2Ba数组包含与每个基地调用相关的得分。gydF4y2Ba

CLF文件gydF4y2Ba

场gydF4y2Ba 描述gydF4y2Ba
LibSetNamegydF4y2Ba

一组相关的库文件名称对于一个给定的芯片。只有一个gydF4y2BaLibSetNamegydF4y2BaCLF文件。例如,PGF和CLF文件必须具有相同的一起使用gydF4y2BaLibSetNamegydF4y2Ba。gydF4y2Ba
LibSetVersiongydF4y2Ba

版本的收集相关的库文件对于一个给定的芯片。只有一个gydF4y2BaLibSetVersiongydF4y2BaCLF文件。例如,PGF和CLF文件必须具有相同的一起使用gydF4y2BaLibSetVersiongydF4y2Ba。gydF4y2Ba
GUIDgydF4y2Ba

CLF文件的惟一标识符。gydF4y2Ba
CLFFormatVersiongydF4y2Ba

版本的CLF文件格式。gydF4y2Ba
行gydF4y2Ba

在移动电话文件的行数。gydF4y2Ba

请注意gydF4y2Ba

CLF文件1基地,这意味着第一行和列指定1,1,不是0,0。gydF4y2Ba
关口gydF4y2Ba

玻璃纸文件中的列数。gydF4y2Ba

请注意gydF4y2Ba

CLF文件1基地,这意味着第一行和列指定1,1,不是0,0。gydF4y2Ba
StartIDgydF4y2Ba

起始数量元素的编号在CLF文件中。gydF4y2Ba

提示gydF4y2Ba

这些信息非常有用当编号不从1开始。gydF4y2Ba
EndIDgydF4y2Ba

结束在CLF文件编号的元素数量。gydF4y2Ba

提示gydF4y2Ba

编号时这些信息有用不从1开始编号和/或存在差距。gydF4y2Ba
订单gydF4y2Ba

顺序调查玻璃纸中屈指可数的id文件,gydF4y2Ba“row_major”gydF4y2Ba或gydF4y2Ba“col_major”gydF4y2Ba。gydF4y2Ba
DataColNamesgydF4y2Ba

的名字列在玻璃纸文件中包含的数据。gydF4y2Ba
数据gydF4y2Ba

如果CLF文件中的元素的编号顺序,该字段包含一个函数处理,计算gydF4y2BaxgydF4y2Ba- - -gydF4y2BaygydF4y2Ba——每个元素的坐标文件从调查ID。gydF4y2Ba

如果CLF文件中元素的编号不是连续的,该字段包含一个矩阵表示文件中的每个元素的数量值。gydF4y2Ba

边界网关协议文件gydF4y2Ba

场gydF4y2Ba 描述gydF4y2Ba
LibSetNamegydF4y2Ba

一组相关的库文件名称对于一个给定的芯片。只有一个gydF4y2BaLibSetNamegydF4y2Ba边界网关协议文件。gydF4y2Ba
LibSetVersiongydF4y2Ba

版本的收集相关的库文件对于一个给定的芯片。只有一个gydF4y2BaLibSetVersiongydF4y2Ba边界网关协议文件。gydF4y2Ba
GUIDgydF4y2Ba

边界网关协议文件的唯一标识。gydF4y2Ba
ExecGUIDgydF4y2Ba

关于算法的信息用于生成边界网关协议文件。gydF4y2Ba
ExecVersiongydF4y2Ba
CmdgydF4y2Ba
数据gydF4y2Ba

结构包含以下字段:gydF4y2Ba

  • probe_idgydF4y2Ba- ID的探针用于背景校正。gydF4y2Ba

  • probeset_idgydF4y2Ba- ID的探测器在探测所属的PGF文件。gydF4y2Ba

  • 类型gydF4y2Ba——分类信息调查。gydF4y2Ba

  • gc_countgydF4y2Ba——结合G和C基地数量调查。gydF4y2Ba

  • probe_lengthgydF4y2Ba——在碱基对探针的长度。gydF4y2Ba

  • interrogation_positiongydF4y2Ba——审讯探针的位置。它通常为25-mer 13点/毫米探针。gydF4y2Ba

  • probe_sequencegydF4y2Ba序列的探针阵列,从阵列表面的方向去解决方案。对于大多数标准Affymetrix数组,这个方向是3 ' 5 '。例如,对于一个目标(st)探针(见gydF4y2Baprobe_typegydF4y2Ba字段),补充在这个领域寻找匹配序列转录序列。对于一个反义目标(在),扭转这个序列。gydF4y2Ba

  • atom_idgydF4y2Ba- ID的原子探针所属。gydF4y2Ba

  • xgydF4y2Ba——列坐标移动电话调查的文件。gydF4y2Ba

  • ygydF4y2Ba——行坐标移动电话调查的文件。gydF4y2Ba

  • probeset_typegydF4y2Ba——探针的分类信息,如控制、affx或峰值。这类信息可以包括多个分类,也可以嵌套。gydF4y2Ba

  • probe_typegydF4y2Ba探针的分类信息,如点(完美),毫米(不匹配),圣(目标),或在(反义目标)。这类信息可以包括多个分类,也可以嵌套。gydF4y2Ba

提供文件gydF4y2Ba

场gydF4y2Ba 描述gydF4y2Ba
行gydF4y2Ba

的行数的调查。gydF4y2Ba
关口gydF4y2Ba

列数的调查。gydF4y2Ba
NumProbeSetsgydF4y2Ba

数量上的探针集GeneChip数组。gydF4y2Ba
NumQCProbeSetsgydF4y2Ba

的QC探针集数量GeneChip数组。gydF4y2Ba
ProbeSetColumnNamesgydF4y2Ba

单元阵列包含六个列名gydF4y2BaProbePairsgydF4y2Ba字段gydF4y2BaProbeSetsgydF4y2Ba数组:gydF4y2Ba

  • GroupNumbergydF4y2Ba——数字识别探针对所属集团。为表达数组,这个值总是gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。基因序列,这个值通常是gydF4y2Ba1gydF4y2Ba(等位基因、意义)gydF4y2Ba2gydF4y2Ba(B等位基因,意义),gydF4y2Ba3gydF4y2Ba反义(等位基因),或gydF4y2Ba4gydF4y2Ba(B等位基因,反义)。gydF4y2Ba

  • 方向gydF4y2Ba——数字识别探针对的方向。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba=感和gydF4y2Ba2gydF4y2Ba=反义。gydF4y2Ba

  • PMPosXgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaxgydF4y2Ba协调完美匹配的调查。gydF4y2Ba

  • PMPosYgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaygydF4y2Ba协调完美匹配的调查。gydF4y2Ba

  • MMPosXgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaxgydF4y2Ba协调不匹配的调查。gydF4y2Ba

  • MMPosYgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaygydF4y2Ba协调不匹配的调查。gydF4y2Ba
ProbeSetsgydF4y2Ba

NumProbeSetsgydF4y2Ba1结构数组包含信息为每个探针组,包括以下字段:gydF4y2Ba

  • 的名字gydF4y2Ba——探针组的名称。gydF4y2Ba

  • ProbeSetTypegydF4y2Ba-类型的探测器。gydF4y2Ba

  • CompDataExistsgydF4y2Ba——真/假标志指示如果探头设置额外的计算信息。gydF4y2Ba

  • NumPairsgydF4y2Ba——探针的探针对集。gydF4y2Ba

  • NumQCProbesgydF4y2Ba——数字QC探针的探针。gydF4y2Ba

  • QCTypegydF4y2Ba-类型的质量调查。gydF4y2Ba

  • groupnamegydF4y2Ba——探针组所属组的名称。表达阵列,该字段包含探测器设置的名称。基因序列,该字段包含等位基因的名称,例如gydF4y2Ba{' A ' ' C ' A ' C '} 'gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

  • ProbePairsgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaNumPairsgydF4y2Ba6探头对信息的数组。这个数组中包含的列名称gydF4y2BaProbeSetColumnNamesgydF4y2Ba字段。gydF4y2Ba

杜松子酒文件gydF4y2Ba

场gydF4y2Ba 描述gydF4y2Ba
版本gydF4y2Ba

杜松子酒文件格式的版本。gydF4y2Ba
ProbeSetNamegydF4y2Ba

探测器设置ID /名称。gydF4y2Ba
IDgydF4y2Ba

基因探针组标识符(ID)。gydF4y2Ba
描述gydF4y2Ba

探针集的描述。gydF4y2Ba
SourceNamesgydF4y2Ba

源或探针集的来源。gydF4y2Ba
SourceURLgydF4y2Ba

为调查集源URL或URL。gydF4y2Ba
SourceIDgydF4y2Ba

向量的数字指定gydF4y2BaSourceNamesgydF4y2Ba或gydF4y2BaSourceURLgydF4y2Ba每个探针集相关联。gydF4y2Ba

例子gydF4y2Ba

全部折叠gydF4y2Ba

打开脚本gydF4y2Ba

这个例子展示了如何阅读和可视化的微阵列数据Affymetrix®GeneChip®文件。gydF4y2Ba

你需要一些示例数据文件gydF4y2Ba在这里gydF4y2Ba。下面的例子使用了样本的数据gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Ba反义基因阵列。从德勤提取数据文件存档使用gydF4y2Ba数据传输工具gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

您还需要下载相应的库文件示例。对于这个示例,Ecoli_ASv2。提供和Ecoli_ASv2。杜松子酒一个re used as for the大肠杆菌gydF4y2Ba反义基因阵列。你可能已经有了这些文件,如果你有任何Affymetrix GeneChip软件安装在你的机器上。如果不是,被下载并解压缩库文件gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Ba反义基因阵列zip文件gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

移动电话的内容文件读入一个MATLAB的结构。gydF4y2Ba

celStruct = affyread (gydF4y2Ba“ecoli反义- 121502.厘米/秒”gydF4y2Ba);gydF4y2Ba

显示一个空间探测强度的情节。gydF4y2Ba

maimage (celStructgydF4y2Ba“强度”gydF4y2Ba)gydF4y2Ba

放大特定区域的阴谋。gydF4y2Ba

轴((200 340 0 70))gydF4y2Ba

DAT文件的内容读入一个MATLAB的结构。显示原始图像数据,然后使用gydF4y2Ba轴图像gydF4y2Ba命令设置正确的长宽比。gydF4y2Ba

datStruct = affyread (gydF4y2Ba“ecoli反义- 121502. - dat”gydF4y2Ba);显示亮度图像(datStruct.Image)轴gydF4y2Ba图像gydF4y2Ba

放大特定区域的阴谋。gydF4y2Ba

轴([1900 2800 160 650)gydF4y2Ba

CHP文件的内容读入一个MATLAB结构,指定相关的CDF实验组的库文件的位置。然后提取信息探针集3315278。gydF4y2Ba

chpStruct = affyread (gydF4y2Ba“ecoli反义- 121502. - chp”gydF4y2Ba,gydF4y2Ba“C: \ LibFiles \”gydF4y2Ba);geneName = probesetlookup (chpStruct,gydF4y2Ba“3315278”gydF4y2Ba)gydF4y2Ba
geneName =结构体字段:标识符:“3315278”ProbeSetName:“argG_b3172_at”CDFIndex: 5213 GINIndex: 3074描述:' /开始= 3316278 /结束= + /描述= = 3317621 /方向argininosuccinate合成酶的来源:“NCBI EColi基因组”SourceURL:“http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/Entrez/altvik?gi=115&db=g&from=3315278”gydF4y2Ba

版本历史gydF4y2Ba

之前介绍过的R2006agydF4y2Ba

另请参阅gydF4y2Ba

|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba|gydF4y2Ba

主题gydF4y2Ba