在这个视频教程中,我们将看到如何使用SimBiology构建一个模型,特别是,如何定义微分方程。
SimBiology允许您定义你的模型作为反应网络自动替代微分方程来源于。你可以建立你的编程模型,或者使用模型构建器应用程序提供了一个框图交互式编辑器来构建你的模型。你会发现模型构建器在MATLAB应用类别。
中间的图你看到的不仅是一个图形化的表示模型,但模型本身。该模型由两个隔间,目标直接介导的PK处理模型部分,和一个间接响应模型抑制PG的亲属的部分。
PK的部分是建模为一组描述过程的反应,如直接通过受体的条带,消除直接受体和复杂,受体的合成和运输之间的直接中央和周边隔间。
我们定义PD动力学通过直接写颂歌在所谓的利率规则。
现在让我们看看如何建立这种模型。我们将从头开始创建一个空白模型。这个新模型包含一个舱在默认情况下,每个模型必须包含至少一个隔间。室是一个混合容器的特点是它的空间维度——一般来说,它的体积。
现在舱被选中时,你可以看到属性编辑器填充这个特定组件的属性。让我们重命名它中部和定义它的单位。
默认情况下,室的体积是恒定的,但它也可能随着时间而改变。间也可能包含其他的隔间,这样细胞质可以包含一个核。
现在让我们添加外围隔间。要做到这一点,我将拖放舱从块库和修改它的属性。
现在让我们添加状态变量,称为SimBiology物种。物种可以表示动态的代谢物,蛋白质,受体,无论将会包含在您的模型,必须定义在单元的浓度,或数量。
让我们拖放四个物种。拖动受体复杂的中央室,并拖动外围的隔间。物种在一个舱必须具有惟一的名称,但它们可以共享相同的名称作为另一个物种从另一个隔间。
我们可以选择多个物种按转向同时改变公共财产,如单位。我们还可以设置二进制条件为true。在这种情况下,物种不会修改它参与的反应。他们仍然可以修改事件、规则或剂量。
不变的属性,或常数值属性,可以设置为true。在这种情况下,可以在仿真不同的物种。
现在让我们添加的反应。反应描述反应物和产物之间的过程,就像一个变换,运输,和绑定。下载188bet金宝搏
添加一个反应,第一个选项是拖拽一个反应。现在你可以按下控制和拖动一行从物种定义作为反应物的反应。正如您可以看到的,反应计划自动更新在属性编辑器。
同样,你可以拖拽一条线的反应物种定义作为一个产品的反应。默认情况下,反应的质量作用动力学,和它的参数将被自动创建。您可以更改默认行为的偏好。例如,我可以决定不自动创建参数。
反应是可逆的。在这里,我们需要添加一个新的离解常数。一旦动力流和参数定义,SimBiology率自动派生的方向。你也可以设置动态流向一个名词和编写自己的定制的反应速率。
第二个选项创建一个反应就是画一条线从一个物种转移到另一个,和SimBiology将创建一个反应中间。
现在我们定义这个反应为可逆的和定义其参数。不需要两个反应物和产物的反应。下载188bet金宝搏他们只能有一个产品的合成,或只是一个反应物的消除。
让我们实现这个受体。如果我们添加一个反应,使它成为一个受体,你现在看到反应计划包含null,这是一个在SimBiology关键字。
同样,你可以直接编辑方向计划在属性编辑器中,并相应地SimBiology将更新图通过添加一条直线。一个物种也可以反应物和产物。在这种情况下,它的浓度直接混合反应,不会影响的,其反应的链接将显示在图表使用虚线。这对酶促反应的情况下是有用的。
到目前为止,我们已经创建了参数直接当我们定义反应。我们还可以定义参数,或任何其他组件,使用列表的模型浏览器。我们将使用参数列表来创建我们需要的参数间接反应,亲属,Imax, IC50, kout。
我们还将定义响应作为一个参数,因为r无量纲。并且记住,物种必须浓度或量。这很好,因为一个参数可以不恒定,可以定义及其动力学速度法则。利率规则可以帮助你指定参数值的时间导数,物种数量,或舱容量。
应用程序显示一个参数块只有一个参数,左边的颂歌,自然休息方程,或修改一个事件。
我们现在可以显示表达式线方程显示依赖直接在等离子体浓度。它将显示我们的虚线。
因为我们已经定义了所有单位在我们的系统中,建议启动仿真设置相关的单位转换模型。SimBiology将所有量转换为一个一致的唯一系统为了解决方程将结果返回到用户指定的单位。
一旦我们准备好了,我们可以利用该模型评估工具来验证我们的模型。
我们现在可以想象微分方程来源于图使用质量模式的原则。
本教程到此结束。下一节,我们将看到如何添加代数方程模型。
