对齐

映射读取到引用序列

使用各种函数将序列读取对齐以引用序列。领结2 (bowtie2)适用于大于50 bp的读取，并提供了几个好处，包括单端和对端读取支持，本地和端到端对齐支持，以及带有仿射惩罚的间隙对齐。金宝appBurrows-Wheeler对齐BWA (bwamem)适用于对齐70 bp-1 Mbp的查询序列。它的工作原理是用最大精确匹配播种对齐和用仿射间隙Smith-Waterman算法扩展种子。

功能

`bowtie2`	映射序列读取引用序列
`bowtie2build`	从引用序列创建Bowtie 2索引文件
`bowtie2inspect`	检查领结2索引文件
`bwaindex`	从引用序列创建BWA索引
`bwamem`	使用BWA读取映射序列以引用基因组
`align2cigar`	将对齐的序列转换为相应的签名在雪茄格式
`cigar2align`	使用雪茄格式的签名将未对齐的序列转换为对齐的序列

类

`BioMap`	包含序列、质量、对齐和映射数据
`Bowtie2AlignOptions`	将读取数据映射到引用序列的选项
`Bowtie2BuildOptions`	包含从引用序列创建领结2索引文件的选项
`Bowtie2InspectOptions`	包含选项，以检查领结2索引文件
`BWAIndexOptions`	选项集`bwaindex`
`BWAMEMOptions`	选项集`bwamem`

主题

使用基因组学查看应用程序可视化NGS数据
查看细胞色素p450基因单核苷酸变异的NGS比对数据。
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