主要内容
预处理
使用背景调整、归一化和表达过滤准备用于分析的原始微阵列数据;Affymetrix的广泛预处理®和Illumina公司®数据。从库文件中检索探测注释
功能
affyrma |
上执行鲁棒多阵列平均(RMA)程序Affymetrix微阵列probe-level数据 |
affygcrma |
上执行GC鲁棒多数组平均(GCRMA)过程Affymetrix微阵列probe-level数据 |
affyinvarsetnorm |
对来自多个的探测强度执行秩不变集归一化AffymetrixCEL或DAT文件 |
affyprobeaffinities |
计算Affymetrix探针的亲和力来自于它们的序列和MM探针的强度 |
affysnpintensitysplit |
分裂Affymetrix等位基因A和B的SNP探针强度信息 |
affysnpquartets |
创建SNP探针四重奏结果的表Affymetrix探针集 |
probesetvalues |
创建表Affymetrix探头设置强度值 |
probesetlookup |
查找资料Affymetrix探针集 |
probesetplot |
情节Affymetrix探头设置强度值 |
probesetlink |
显示探针设置信息NetAffx网站 |
probelibraryinfo |
创建探测集库信息表 |
rmabackadj |
执行背景调整Affymetrix微阵列探针级数据使用鲁棒多阵列平均(RMA)程序 |
rmasummary |
计算基因表达值Affymetrix微阵列探针级数据使用鲁棒多阵列平均(RMA)程序 |
gcrma |
上执行GC鲁棒多阵列平均(GCRMA)背景调整、分位数归一化和中值优化汇总Affymetrix微阵列probe-level数据 |
gcrmabackadj |
上执行GC鲁棒多阵列平均(GCRMA)背景调整Affymetrix使用序列信息的微阵列探针级数据 |
zonebackadj |
执行背景调整Affymetrix微阵列探针级数据使用基于区域的方法 |
manorm |
正常化微阵列数据 |
quantilenorm |
多个数组上的分位数规范化 |
mainvarsetnorm |
对来自两个实验条件或表型的基因表达值进行秩不变集归一化 |
malowess |
使用Lowess方法平滑微阵列数据 |
exprprofrange |
计算基因表达谱的范围 |
exprprofvar |
计算基因表达谱的方差 |
geneentropyfilter |
去除低熵表达值的基因 |
genelowvalfilter |
去除绝对值较低的基因图谱 |
generangefilter |
去除小范围的基因图谱 |
genevarfilter |
筛选具有小变异的基因 |
maimage |
微阵列数据的空间图像 |
microplateplot |
微量滴定板显示可视化 |
ilmnbslookup |
查找Illumina公司BeadStudio目标(探测)序列和注释信息 |
magetfield |
从微阵列结构中提取数据 |
特色的例子
你也可以从以下列表中选择一个网站:
