序列分析

基因组和蛋白质组序列，比对和系统发育

通过对核苷酸或氨基酸序列的分析，更深入地了解序列的特征、功能和进化。使用成对或多个序列比对方法比较序列。计算序列属性和统计信息，以更深入地了解数据的物理、化学和生物特征。对在线或本地数据库中的已知序列执行BLAST搜索。通过从序列的成对距离建立系统发育树来确定生物体之间的进化关系。

突出主题

类别

数据导入导出
从公共存储库和本地文件系统导入各种格式的数据，包括FASTA、GenBank、GenPept、EMBL、BLAST、PDB、PFAM、ClustalW、GCG、PHYLIP、Newick和FASTQ;写入各种格式，包括FASTA, PDB和Newick
核苷酸序列分析
计算和交互式探索序列统计;计算序列属性;分析主题;设计引物;寻找限制性内切酶
蛋白质和氨基酸序列分析“，
计算和交互探索氨基酸序列统计信息;计算序列属性;找到裂解酶
序列比对
使用动态规划算法进行多个、成对和剖面序列对准;BLAST搜索和对齐;标准和自定义评分矩阵
系统发育分析
重建、查看、交互和编辑系统发育树;置信度评估的自举方法;同义和非同义分析

特色的例子

对准序列对

从GenBank®中提取一些序列，找到开放阅读帧(orf)，然后使用全局和局部对齐算法对序列进行对齐。

打开实时脚本

利用hmm进行一个蛋白质家族的剖面分析

如何使用HMM谱来描述蛋白质家族。剖面分析是生物信息学的重要工具。常用的成对比较方法在分析远亲序列时通常不够敏感和特异性。相比之下，隐马尔可夫模型(HMM)概要文件提供了一种更好的选择，可以将查询序列与序列族的统计描述联系起来。HMM配置文件使用特定于位置的评分系统来捕获关于这些序列的多个对齐中不同位置的保守程度的信息。HMM谱分析可用于多个序列比对、数据库搜索、序列组成分析和模式分割，以及通过预测开放阅读框预测蛋白质结构和定位基因。

打开脚本

计算和可视化序列统计信息

使用基本的序列操作技术并计算一些有用的序列统计信息。它还说明了如何寻找编码区域(如蛋白质)并对它们进行进一步分析。

打开脚本

评估对齐的重要性

一种可以用来研究序列比对意义的方法。一个对齐中标识或阳性的数量并不是一个重要对齐的明确指标。当一个序列与原始序列进行排列时，一个序列的排列将具有相似的阳性和恒等百分比。从一个对齐的得分是一个更好的指示器对齐的重要性。本例使用了在对准序列对中分析的与泰-萨克斯病相关的基因和蛋白质。

打开脚本