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niftiwrite

NIfTI フォーマットを使用したファイルへのボリュームの書き込み

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構文

niftiwrite(V,filename)
niftiwrite(V,filename,info)
niftiwrite(V,filename,info,Name,Value)

説明

例

niftiwrite(V,filename)は、Neuroimaging Informatics Technology Initiative(NIfTI) 形式を使用して、ボリューム イメージ データVをファイルに書き込みます。既定では、niftiwriteは、メタデータ データとボリューム データの両方を含む混合 NIfTI ファイルを作成します。niftiwriteはファイルにfilenameで名前を付け、.niiファイル拡張子を追加します。niftiwriteは、適切な既定値とサイズやデータ型などのボリューム プロパティを使用してメタデータを設定します。

niftiwriteは、ファイル形式NIfTI1とNIfTI2の両方をサポートしています。NIfTI1は既定のファイル形式です。NifTI データをNIfTI2形式で書き込むには、Name,Valueのペア引数を含む構文を使用します。Version引数に'NIfTI2'を指定します。

例

niftiwrite(V,filename,info)は、ボリューム データV(infoからのファイル メタデータを含む) をファイルに書き込みます。メタデータがイメージのコンテンツおよびサイズと一致しない場合、niftiwriteはエラーを返します。

niftiwrite(V,filename,info,Name,Value)は、Name,Valueペアで指定されたオプションを使用してボリューム データをファイルに書き込みます。

例

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ライブ スクリプトを開く

.niiファイル名を使用して NIfTI イメージを読み込みます。

V = niftiread('brain.nii');

3 行 3 列のメディアン フィルターを使用して 3 次元でイメージをフィルター処理します。

V = medfilt3(V);

既定のヘッダー値を使用して、フィルター処理されたイメージを.niiファイルに書き込みます。

niftiwrite(V,'outbrain.nii');
ライブ スクリプトを開く

.niiファイル名を使用して NIfTI ファイルからメタデータを読み取ります。

info = niftiinfo('brain.nii');

ファイルのメタデータを使用してボリューム データをファイルから読み取ります。

V = niftiread(info);

ファイルのDescriptionメタデータ フィールドを編集します。

info.Description ='Modified using MATLAB R2017b';

変更されたメタデータとともにボリューム データを新しい.niiファイルに書き込みます。

niftiwrite(V,'outbrain.nii',info);

入力引数

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NIfTI ファイルの名前。string スカラーまたは文字ベクトルとして指定します。既定では、niftiwriteは、メタデータとイメージ データの両方を含みファイル拡張子が.niiである結合形式のファイルを作成します。名前と値のペア'Compressed'を指定すると、niftiwriteによってファイル拡張子.nii.gzが追加されます。名前と値のペア'Combined'がfalseに設定された場合、niftiwriteによってファイル名は同じで拡張子が異なる 2 つのファイルが作成されます。一方のファイルには、ボリュームに関連付けられたメタデータが含まれ、ファイル拡張子は.hdrです。他方のファイルには,イメージデータが含まれ,ファイル拡張子は.imgです。

データ型:char|string

ボリューム データ。数値配列として指定します。

データ型:single|double|int8|int16|int32|int64|uint8|uint16|uint32|uint64|logical

ファイルのメタデータ。関数niftiinfoによって返される構造体として指定します。

データ型:struct

名前と値の引数

例:niftiwrite(V,'outbrain.nii','Compressed',true)

オプションの引数Name,Valueのコンマ区切りペアを指定します。Nameは引数名で、Valueは対応する値です。Nameは引用符で囲まなければなりません。Name1,Value1,...,NameN,ValueNのように、複数の名前と値のペアの引数を、任意の順番で指定できます。

作成する NIfTI ファイルのタイプ。trueまたはfalseとして指定します。true(既定) の場合、niftiwriteはファイル拡張子.niiを持つ単一のファイルを作成します。falseの場合、niftiwriteは、名前は同じでファイル拡張子が異なる (メタデータを含むファイル.hdrとボリューム データを含むファイル.img) ファイル ペアを作成します。

データ型:single|double|int8|int16|int32|int64|uint8|uint16|uint32|uint64|logical

イメージ データの圧縮。trueまたはfalseとして指定します。'Compressed'がtrueの場合、niftiwriteは gzip を使ってファイル名の拡張子が.gzである圧縮ファイルを生成します。

データ型:single|double|int8|int16|int32|int64|uint8|uint16|uint32|uint64|logical

データのエンディアン。リトルエンディアン形式 (既定) を示す'little'、またはビッグエンディアン形式を示す'big'として指定します。

データ型:char|string

NIfTIデータ形式。“NIfTI1”または'NIfTI2'として指定します。

  • “NIfTI1”に指定した場合、niftiwriteはNIfTI1データ形式に従って入力を書き込みます。

  • 'NIfTI2'に指定した場合、niftiwriteはNIfTI2データ形式に従って入力を書き込みます。

  • 指定しない場合、'Version'の既定値は、入力ボリューム データの最大次元に基づいて選択されます。

    • 入力の最大次元が 32767 以下の場合、既定値はNIfTI1です。

    • 入力の最大次元が 32767 より大きい場合、既定値はNIfTI2です。

データ型:char|string

参照

[1]Cox, R. W., J. Ashburner, H. Breman, K. Fissell, C. Haselgrove, C. J. Holmes, J. L. Lancaster, D. E. Rex, S. M. Smith, J. B. Woodward, and S. C. Strother. "A (sort of) new image data format standard: NiFTI-1." 10th Annual Meeting of Organisation of Human Brain Mapping, Budapest, Hungary, June 2004.

バージョン履歴

R2017b で導入

参考

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