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用支持金宝app

系统生物学标记语言(SBML)是在各种建模和仿真软件工具之间共享系统生物学模型的标准格式。目前的规格可在http://sbml.org/documents/．

使用。从文件或URL导入SBML模型sbmlimport．

SimBiology^®金宝app支持SBML级别3版本1规范的子集。以下SBML特性没有导入到SimBiology模型中:

分段动力学-加载了分段动力学模型，但忽略了分段动力学的定义。
MATLAB^®中不兼容的变量名UnitDefinition-变量名与MATLAB不兼容的模型UnitDefinition未加载，并显示错误消息。
的hasOnlySubstanceUnits属性在SimBiology物种对象中没有相应的属性。相反，如果物种没有单位，SimBiology就会使用DefaultSpeciesDimension属性，以决定是否将表达式中的物种名称解释为物质数量或浓度。当您设置DefaultSpeciesDimension来物质并且不指定单位，SimBiology将物种名称解释为物质数量，而不按任何隔间容量(体积)进行缩放。当属性设置为时浓度在美国，物种名称被解释为浓度，并按适当的隔间容量进行缩放。SimBiology不允许您将物种的初始值设置为浓度或物质量，而不管您如何在表达式中引用它。为了提供与具有此属性的SBML模型更好的兼容性，SimBiology在导入过程中添加了一个初始分配规则或适当的单元。具体操作请参见兼容性的考虑的部分sbmlimport．
将加载包含其他模型作为子模型的模型，但子模型将被忽略。
的快任何反应对象的属性将被忽略。
的延迟，优先级，initialValue,持续的忽略事件对象的属性。
XOR，或,和不支持具有三个或更多参数的逻辑运算符。金宝app它们仅支持二进制操金宝app作。

您可以导入带有函数定义的SBML模型。SimBiology用相应的数学表达式替换函数定义。

您还可以加载SBML模型，该模型使用反应id在数学表达式中引用反应速率。SimBiology用相应的反应速率代替了参考文献。

以下SimBiology模型信息包含在SBML格式文件中:

在模型中定义的区域、物种、参数、反应、规则和事件活跃的属性设置为真正的．
所有单元定义都采用符合sbml的格式。
使用SBML等价物模型组件属性，例如注释，以及物种和参数的单位值。
反应速率方程，而不是动力学定律的定义。
例子

在SimBiology中，Henri-Michaelis-Menten方程，V_米* S / (K_米+ S)，是存储在动力学定律库中的一个定义。具体来说，对于单底物酶催化反应，如果你指定V_米= V_一个，K_米= K_一个,S =一个，则反应速率方程导出到SBML为V_一个* S / (K_一个+一个)．

并非所有SimBiology和MATLAB特性都支持SBML。金宝app如果您的模型包含这些特性中的任何一个，SimBiology将在模型导出期间发出相应的警告。以下SimBiology特性不受支持，也不包含在已保存的SBML格式文件中。金宝app

项目-模型、分析程序和数据。
动法律信息- SimBiology模型存储动力学定律信息，如动力学定律名称和a动能的法律定义．
变异信息-数量的集合(隔间，物种，和/或参数)，你可以用来改变一个模型的初始或基本配置。
计量信息-模型中物种数量(或浓度)的外生增量。
自定义MATLAB函数文件-自定义函数，你使用在你的SimBiology模型。
SimBiology软件特有的特性和属性，例如的名字(规则对象只),标签,活跃的．
一些MATLAB功能-不支持MATLAB的一些特性和语言构造。金宝app例如，elementwise操作，例如．*，。/，字符向量如“药物”字符串，如“药物”空括号［］不受支持。金宝app

提示

由于SBML不支持前面的信息，我们建议将其保存为SimBiology项目文件(金宝app.sbproj)来获取这些信息。