这个例子展示了如何创建和模拟受体-配体动力学的简单模型SimBiology模型构建器和SimBiology模型分析应用程序。
在这个模型中,配体l和受体R物质通过可逆结合反应形成受体-配体复合物。这些反应是用质量作用动力学定义的 ,在那里kf和kr为正向和反向速率常数。l,R,C分别为配体、受体和受体-配体复合物的浓度。
打开SimBiology模型构建器应用程序通过输入simBiologyModelBuilder
在命令行或单击SimBiology模型构建器在应用程序选项卡。
在首页标签的应用程序,选择模型>创建新的空白模型.输入m1
作为模型的名称。该应用程序创建一个空隔间不愿透露姓名的
显示在图选项卡。
拖放三个物种块一个反应块进舱。您还可以通过双击默认名称重命名物种和分隔符。例如,改变不愿透露姓名的
来细胞
.
为了把物质和反应联系起来,按住Ctrl键(在Windows上®和Linux®)或选项键(在macOS上),单击物种块,并拖动线。
单击反应块查看其属性属性编辑器窗格。设置如下参数。
选择可逆的>真正的.
在州的值更新l来5
和R来10
.设置的单位l,R,C物种nanomole /升
.
2 .配置转发速率参数kf来0.05
.将单位设置为升/ nanomole /小时
.
设置反向速率参数的值kr来0.1
与单位1 /小时
.
在首页选项卡上,单击模型分析图标以打开SimBiology模型分析应用程序。
在模型分析应用程序,选择程序>模拟模型在首页选项卡。的Program1选项卡打开。
在模拟步骤的程序,设置停止时间到20秒,因为在那之后模型达到饱和状态。点击运行从首页选项卡。
运行程序将结果绘制在Plot1选项卡。图中显示了不同颜色的模拟反应。程序存储模拟结果结果在LastRun程序的文件夹。
SimBiology模型构建器|SimBiology模型分析