验证模型。详细信息请参见模型验证．

确定初始条件，即模拟开始时的数量值。特别是，SimBiology首先根据模型中指定的值初始化数量值。其次，它通过从变量(如果有的话)中替换相应的替代值来更新这些值。然后它根据初始赋值和重复赋值更新值。SimBiology将初始赋值和重复赋值作为一组同时存在的约束来评估，它们的顺序不影响最终的数量值。详细信息请参见规则的评估顺序．

基于模型反应和速率规则构建ode。具体来说，每个ODE的左手边(LHS)表示模型量的时间导数。右手边(RHS)是用从反应速率得到的反应通量来定义的。详细信息请参见从反应中得到颂歌．

将剂量转换为在特定模拟时间发生的状态转换。

将事件函数转换为依赖于事件触发器中指定的条件的状态转换。

根据初始赋值和重复赋值更新值。

应用在模拟时间= 0时指定的剂量引起的任何状态转换。

记录更新的数量值。

更新任何重复赋值。

检查每个事件的触发条件。如果它在这个时间步骤中从false切换到true，那么它将根据事件函数应用状态转换，并更新任何重复赋值的值。

记录更新的数量值。