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放射性衰减的随机模拟

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此示例显示了如何使用SSA随机求解器构建和模拟模型。

将构建以下模型并随机模拟：

  • 反应1：X-> Z具有一阶反应速率，C = 0.5。

  • 初始条件：x = 1000分子，z = 0。

该模型也可以用来表示不可逆的异构化。

该示例使用Daniel T. Gillespie，1977年的参数和条件，“耦合化学反应的精确随机模拟”，《物理化学杂志》，第1卷。81，不。25，第2340-2361页。

阅读以SBML格式保存的放射性衰减模型

SBML =系统生物学标记语言，www.sbml.org

模型= SBMlimport（'radiodecay.xml'）
模型= Simbiology模型 - 放射性赛车模型组件：隔室：1事件：0参数：1反应：1规则：0物种：2种类：2可观察：0

查看模型的物种对象

模型
ANS = Simbiology物种阵列索引：隔室：名称：值：值：单位：1个未命名的X 1000分子2未命名Z 0分子

查看模型的反应对象

模型
ANS = Simbiology反应阵列索引：反应：1 x-> z

查看动力学定律的参数对象

模型。反应（1）.kineticlaw（1）。参数
ANS = SimBiology参数阵列索引：名称：值：值：单位：1 C 0.5 1/秒

更新对使用按摩动力学定律进行随机求解器的反应。

模型。反应（1）.kineticlaw（1）.kineticlawname =“压实”;模型。反应（1）.kineticlaw（1）.parametervariablenames = {'C'};

使用随机（SSA）求解器和图模拟模型

cs = getConfigset（模型，'积极的'）；cs.solvertype ='SSA';cs.Stoptime = 14.0;cs.compileoptions.dimensionalalysis = false;[t，x] = sbiosimulate（模型）;情节（t，x）;传奇（'X'，，，，'Z'，，，，'自动更新'，，，，'离开'）；标题（“随机放射性衰减模拟”）；ylabel（“分子数”）；Xlabel（“时间（秒）”）；

图包含一个轴对象。带有标题随机放射性衰减模拟的轴对象包含2个类型线的对象。这些对象代表x，z。

重复模拟以显示运行到运行的可变性

标题（“多个随机放射性衰减模拟”）；抓住上;为了loop = 1:20 [t，x] = sbiosimulate（model）;情节（t，x）;％仅绘制反应物分子的数量drawnow;结尾

图包含一个轴对象。带有标题多个随机放射性衰减模拟的轴对象包含42个类型线的对象。这些对象代表x，z。

覆盖反应的ODE溶液中的红色

cs = getConfigset（模型，'积极的'）；cs.solvertype =';cs.Stoptime = 20;[t，x] = sbiosimulate（模型）;情节（t，x，'红色的'）；抓住离开;

图包含一个轴对象。带有标题多个随机放射性衰减模拟的轴对象包含44个类型线对象。这些对象代表x，z。