Bioinformatics工具箱
李，analiceÿvisualice DATOSgenómicosÿproteómicos
BioInformatics Toolbox™Proporciona Algoritmos Y Apps ParaSecuencióndevóximaferación（NGS），Análisisde MicroArrays，EspectrometríadeMasasYOntologíaGeinética。Las Fucciones de Esta Toolbox Permenten Leer DatosGenómicosyproteómicosen formatos de ArchivoEstándarcomosam，Fasta，Cel Y CDF，AsíComoen Bases de Datos网上故事Como基因表达综合性omnibus y Genbank®del ncbi。PUEDE Explorar y Visualizar estos Datos Con Navegadores de Secuencias，Mapas de Calor Espaciales Y Contertmgars。La ToolboxTambiénProporcionaTécnicasEstadísticasPara探测帕多斯，虚构valores A Datos Autentes Y SeleccionarCaracterísticas。
Puede Combinar Las Funciones de la工具箱para ultizar flujos de trabajobioinformáticos习惯性。ES Posible USAR Datos Chip-SEQ识别事件DeTranscripción，Analizar Datos RNA-SEQ Para Indendipar基因expresados Diferencmente，Identivingar Variaches En ElNúmerodeCopiasY SNP en Datos de Microarrays，Y Clasificar Perfiles deProteínasUsandoDatosdeEspectrometríadeMasas。
oldengamásfignacaciónsobrelaBiología计算。
Cómoempezar：
BioInformatics Toolbox Proporciona Algoritmos YTécnicasDevisualizizaciónarelanálisisdesecuencióndevóximaferación。Esta Toolbox Permite Analizar Genomas Tromitos MIETRAS SERealizanCálculosen El Nivel deResolucióndeAcePar Base。Puede Utherizar el Navegador Ngs para Visualizar e Investigar Alineamientos de Lecturas Cortas Utelatando Lecturas Cortas deextremooúnicoo de extremalo emparejado。TambiénSePuedenCrear Rutinas deAnálisis的Personalitadas，Como Se Muestra En Los Siguientes Ejemertos。
VisualizacióneSinvestigacióndelAlineamientode Lecturas Cortas
El Navegador NGS渗透Verificar e Investgar El Alineamiento de Secuencias de Lecturas Cortas Para Asistir enAnálisisQue Miden LaVariaciónGeariCiónGeariCiónGénicaGénica。El Navegador NgsTambién渗透：
- Visualizar Datos de Lecturas Cortas Alineados Con Una Secuencia de Regectencia deNucleótidos
- Comparar diversos conjuntos德DATOS alineados CON UNA secuencia德referenciacomún
- 版本LA的Cobertura德diferentes基地ÿregiones德拉secuencia德referencia
- Investar La Calidad Y Otros Detalles de Las Lecturas Alineadas
- Identificar discrepancias debidas一个errores德llamada德基地Øpolimorfismos
- Visualizar Inserciones y elifinaciones
- Recuperar anotaciones德CARACTERÍSTICASrelativas一个UNA区域específica德拉secuencia德referencia
Navegador NGS阙muestra洛杉矶polimorfismos德nucleótidosindividuales（SNP）EN内格里塔。硒pueden mostrar varias PISTAS德DATOS，examinar微微小区，identificar insercionesÿeliminaciones，电子inspeccionar拉CALIDAD德LECTURA。
Almacenamiento ygestióndedatosde secuencias de lecturas cortas
Los Conguntos de Datos Utilizos en ElAnálisisdeScuencióndevóximaFeneraciónSuelenSer Demasiado Grandes Para Caber en La Memoriafísica。BioInformatics工具箱Proporciona Contentore de Datos EspecializadoS Que Perferen Analizar Genomas Completos。
El Objeto.BioIndexedFile渗透码头Al Contenido de Archivos De Texto Que Chantuyen Entradas deTamaño没有统一，Tales Como Secuencias，AnotAciones Y Reglencias Cruzadas Al Condunto de Datos。Puede ventorar estos objetos a partir de tablas，Archivos Planos O Forceos Espectsyemíficosde Aplicaciones，Tales Como Sam，Fasta Y Fastq。
La Clase.Biomap.AlmacenaInformaCióndeCeenciasde Lecturas Cortas，Centuidos Encabezos De Secuencia，Secuencias de Lectura，Puntuaciones de Calidad Y Datos Sobre alineamiento YAsignaciónAunaúnicasecuencia de参考资料。PuedeUterizarMétodosy提出De Objetos Para Explorar，Acciner，Filtrar Y Manipular Los Datyos en Un Objeto Biomap。
IrmanizacióndeMicroarrays.
Puede utilizar VARIOSmétodos对normalizar洛杉矶DATOS代芯片，故事COMOregresión地方，媒体全球，desviación媒体absoluta（DMA）Ynormalizacióncuantil。ES更多钞票aplicar estosmétodos待办事项EL芯片微阵列解○regionesöBLOQUESespecíficos。拉斯维加斯funciones德filtradoËimputaciónpermiten limpiar洛杉矶DATOS罪procesar底注德ejecutar rutinas日更新的时候通知ÿvisualización。
AnálisisyVisualizacióndedatos
生物信息工具箱permite realizar ajustes日丰多ýcalcular洛斯VALORES德expresión杰妮卡（CONJUNTO德sondas）一个partir德DATOS德NIVEL代雄达代微阵列的Affymetrix®utilizando洛杉矶procedimientos德promedio德多阵列的robusto（RMA）Y promedio德多阵列的robusto日GC（GCRMA）。ES更多钞票aplicar LAsegmentaciónbinaria圆形一个洛斯DATOS德CGH阵列德ÿestimar LA TASA德descubrimiento FALSO德diversashipótesis阙prueban DATOS德expresión杰妮卡烯未experimento德微阵列。TambiénSE pueden normalizar conjuntos CON rangos invariantes连接intensidades德雄达对VARIOS archivos CEL德Affymetrix公司ØVALORES德expresión杰妮卡德DOS condiciones experimentales diferentes。
Las Rutinas Especializas ada advisializar datos de microarrays cantuyengráficasdevorcán，gráficasde cajas，Gráficaslogarítmicas，gráficasi-r y mapas de Calor Espaciales del Microarray。TambiénPuedeVisualizar意识形书Con Patrones De Bandas G.
Con Las Rutinas de统计和机器学习工具箱™，puede clasificar洛斯resultados，realizar聚类jerárquicoý去K均值ýrepresentar洛斯DATOS德尔微阵列烯visualizacionesestadísticas，故事como的clustergramas 2D CON未奥登óptimo德奥哈斯，一举成名德灼热，GRAFICAS德COMPONENTES principalesýárboles德clasificación。
GráficadeVolcándedodosde microarray que muestralainformaciónfrentealafraceóndexpresióngénica。
Bioinformatics工具箱Proporciona联合迪替索帕拉·análisisdedepectrometríademasas。Estas Finciones Permen Preprocesar，Clasificar E Identivear Marcadores A Partir de Datos Seldi，Maldi，LC / MS Y GC / MS。Las Fumciones de Preprocesamiento包含CrenteccióndeLíneadeferencia，Suavizado，CalibraciónyMumuestreo。Puede alinear datos de Espectro sin procesar ultizando el eje m / z y realizar el alineamiento de tiempo de tiempo deretenciónzhdc/ ms y gc / ms。Se Pueden代表同时尼蒙特普罗斯特·埃斯特·德福利。
es Posible Suavizar，Alinear Y Incormenizar Espectros Y，Después，Usar Herramientas deClasificaciónyAprendizajeEstadísticoPara Crear Clasificaores E Identificar BioMarcadores Potenciales。
更新的时候通知proteómicoŸmetabolómicodiferencial罪etiquetas CON生物信息工具箱。
TeoríaYVisualizaCióndeGráficas
Bioinformatics工具箱渗透APLICARLATORíaGRÁFICABÁSICA一个矩阵散列。Puede Crear，Ver Y曼鳍Gráficas故事Como Mapas deInteracción，GráficasJerárquicasyVías特色。es Posible Meteminar Y Ver LasVíasmásCortasenGráficas，Probar Ciclos enGráficasIngigidasy Encontrar Isomorfismo Entre DosGráficas。
Visualizaciónyaprendizajeestadístico
生物信息工具箱proporciona funciones阙本身巴桑连接洛杉矶algoritmos德clasificaciónŸaprendizajeestadístico德统计和机器学习工具箱，tales como：
- ClasificAtores de KVecinosMásCercanosYMáquinade Vector Soporte（SVM）
- Funciones对configurar experimentos德validacióncruzadaŸmedir EL rendimiento德diferentesmétodos德clasificación
- Herramientas Interactivas ParaSeleccionarCaracterísticas，Asignar Y VisualizarGráficasdeJerarquíaYVíasCelulares
Visualizaciónyaprendizajeestadístico。
OntologíaGénica
生物信息工具箱permite acceder一拉基地去DATOS基因本体desde MATLAB®，Analizar Archivos Anotados deOntologíaGénicaYObenerSobconjuntosdeOntología，Tales Como Ancestros，Descendientes O Parientes。
Alineamiento德secuencias
La Toolbox Proporciona Fucciones，Objetos YMétodosPara ElAnálisisdeCouencias，Tales Como Secuencia en Pares，Perfil De Secuencias Y Alineamiento de Varias Secuencias。Por Ejetrevo：
- Implementaciones德MATLAB德algoritmosestándar第下午alineamiento德secuencias语言环境ŸGLOBALES，故事科莫洛杉矶algoritmos去尼德曼 - 翁施，史密斯 - 沃特曼ŸEL PERFIL德modelos ocultos德马尔科夫
- Alineamiento progresivo多日secuencias
- 代表gráficasde矩阵de结果os de alineamiento
- 矩阵德分数estándar，科莫拉斯familias德矩阵PAMÿBLOSUM
- Cálculode secuencia deConsensoyVisualizacióndegogotipode secuencia
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Estadísticasyurienidades de secuencias
La Toolbox Permipitular Y Analizar Las Secuencias Para Obener UnaComperensiónMásProvundade Sus Datos。Puede Hacer Lo Siguiente：
- Convertir secuencias德ADNØARN连接secuencias德aminoácidos山岛ELcódigogenético
- Realizar更新的时候通知estadísticos德拉斯secuenciasŸbuscar patronesespecíficos迪登特鲁德UNA secuencia
- APLICAR Proteasas Y Enzimas deRestricciónAlaimilaciónMediantesimulaciónfignáticade secuencias o Crear Secuencias aleatorias Para Casos de Prueba
- Predecir拉estructura secundaria日最低能源公司自由报德拉斯secuencias德ARN
VisualizacióndeSecuencias.
Esta Toolbox Permite Visualizar Secuencias Y Alineamientos。Puede ver mapas lineales o conculares de secuencias anotadas con las funcionalades de Genbank。ES Posible Visualizar Diagramas de Estructura secundaria de Arn。LOS Visores Interactivos Permeren Explorar y Modififar Alineamientos de Dos OMássecuencias。
Análisisfilogenéticodeárboles
Esta Toolbox渗透性Crear YEditarÁrbolesfilogenéticos。SE Pueden钙差距en剖钉Entre Secuencias deNucleótidosoaminoácidosalinadas o no alineadas uterizano una solowia gamademétricasde similitud，Tales Como Jukes-Cantor，Distancia P，PuntuacióndeAlineamientoO UnMétodode distancia Deminido Por El Usuario。LosÁrbolesFilogenéticosSeCrean Utilizano El encacejerárquicoConiverstécnicas，CantuidasLaUnióndevecinos，elencaceúnicoyfinito，y el promedioaritméticode grupos de pares no Ponderados（Upgma）。
La Toolbox Soporta LaPonderacióny el Cambio deRaízdeárboles，Elcálculodesubárbolesy elcálculode la formacanónicadelosárboles。El VisordeÁrbolesFilogenéticos渗透Podar，Reordenar Y Renombrar Ramas，Explorar Distancias Y Leer O Escribir Archivos Con Formato Newick。TambiénSePueden利用Las Herramientas deAnotacióndeMatlabarabareareárbolescon calidad detheneación。
Análisisdecaracterísticasdeproteínas
La ToolboxProporcionaTécnicasDeAnálisisdeScuenciasdeProteínas，Chantuidas Rutinas Para Gararular Las提议De Una SecuenciaPeptídica故事ComoComposiciónAtómica，PuntoIsoeléctricoY PESO分子。Puede Compentinar laComposicióndeaminoácidosde las secuencias deproteínas，Escindir UnaProteínaConUna Enzima YCráficas骨干YGráficasde Ramachandran de Datos PDB。se puede uterizar la Herramienta de secuencias para ver las提议De Una secuencia deaminoácidos，o bien se puede公共利用el visor demoléculasparavisualizar y manipular estructuras moleculare en 3d。
Formatos de Archivo Y Acceso A Bases de Datos
Puede acceder一个formatos去档案馆estándar德DATOSbiológicos，碱解DATOS在线Ÿsitios网络。生物信息学工具箱permite：
- LEER DATOS de Secuencias en Formatos de ArchivoEstándar，Como Fasta，PDB Y SCF
- 阅读DATOS代芯片连接formatos去档案馆科莫DAT，EXP，CEL，CHPÿCDF德Affymetrix公司，DATOS德formato德resultados ImaGene®，Archivos de安捷伦®特征提取软件Ÿarchivos GPRŸGAL德的GenePix®
- LEER DATOS DE BASES DE DATOS在线COMO GENBANK，EMBL，NCBI BLAST Y PDB
- Importar Datos Directamente Desde El Sitio网Gene表达式Omnibus del Ncbi Con of Solo Comando
- LEERInformaCióndandandasciCICASTICASDEIADEGACASDELNCBI O ACHIVOS DE TEXTO DE CITOBANDAS DE LA UCSC
- Leer Datos deEspectrometríadeMasasde Archivos MZXML Y JCAMP-DX
USO Compartido de Algoritmos Y Despliegue de Aplicaciones
Matlab Proporciona Herramientas Que Permeren Convertir Su ProgramadeAnálisisde Datos en UnaAliCacióndeSofficeizadada。Entre Ellas Se包含赫拉曼斯·de Desarrollo Para Cresbaces de Usuario，UN Entorno de Desarrollo Ottinalado Visual Y UN Generador de Perfiles。LOS Productos de despliegue de aplicaciones de matlab permenten积分Los algoritmos de matlab con aplicaciones c，c ++ y java™disponsions desarrolados y las接口Personalizas como aplicacioneseivees，convertir algoritmos de matlab en Componentes de Microsoft®.NET o com a los que se puede acder desde cualquieraplicaciónbasada en com y crearupleos de Microsoft Excel®。
Puede integrar MATLAB CON HERRAMIENTAS德bioinformática德USO习惯，科莫的BioPerl，SERVICIOS网络basados EN SOAPŸcomplementos COM。
USO Compartido de Algoritmos Y Despliegue de Aplicaciones。
Visor deGenómica
Visualice Datos NGS Con UnaVersiónBemebidade Integration Genomics查看器（IGV）。
袖扣
RealiceAnálisisdeExpresiónEstadísticaY差异Sobre Datos de Secuencias de Arn。
咨询Las.Notas de laVersiónPara Obener Detales Sobre estas Funcionicalades Y LAS Funciones Electorees。
