BrainMaps分析

BrainMaps Analyze是一个强大的工具,用于应用图像分析例程到BrainMaps.org高分辨率

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更新六月十四日

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BrainMaps Analyze是一个强大的工具,用于将图像分析例程应用于大量高分辨率的大脑图像数据,请访问BrainMaps.org(或其他地方)。

该缩略图是BrainMaps Analyze (Matlab版本)对该图像进行颗粒测量分析的截图。左上角的图片是老鼠大脑部分的缩略图。右上方的图像显示了平均(超过瓦片)粒度谱,显示了不同大小细胞的突出峰值。左下角的图像包含了单元格大小(x轴)与瓦数(y轴)的关系。右下角的图像是单元格大小的图形,从左上角的半径等于1像素开始,从左到右递增1,直到右下角的半径达到36像素。请注意,原始图像的宽度超过22,000像素,粒度计算是在每个图像瓦片的基础上完成的,其中每个图像瓦片是256x256像素。

BrainMaps Analyze代码可以很容易地扩展到包括任何类型的图像分析。

文档:

函数h = bmanalyze(varargin)
在BrainMaps.org的高分辨率平铺脑图像数据上运行分析例程。
% H = BMANALYZE(url)对每张图像应用粒度分析
%瓷砖基础上的大脑图像在url的最高水平的分辨率。

% H = BMANALYZE(url,function)在每张图像上应用'function'
%瓷砖基础上的大脑图像在url的最高水平的分辨率。
电流函数是'粒度测量','均值'和'var'。它是
通过编辑下面的代码直接添加自己的函数。

% H = BMANALYZE(url,function,level)在每张图像上应用'function'
%瓷砖基础上的大脑图像在url在给定的分辨率水平。

%的笔记
%——
BMANALYZE可能需要几个小时甚至几天的时间才能运行。如果你想看类型
%的结果产生,尝试BMANALYZEPLOT。

要获得与BMANALYZE一起使用的图像url,请使用BMANALYZEGETPATHS或
或者,找一个你的大脑数据集
%想用在http://brainmaps.org,点击“元数据”链接,然后
%,然后单击“生成路径”来生成所有url的列表
%选定的大脑数据集。

%的例子
%——
对小鼠冠状脑尼氏切片进行颗粒测量分析。

% bmanalyze ('http://brainmaps.org/HBP2/mus.musculus/cor/002-nissl/m08a/”、“粒度测定法”);
% bmanalyzePlot;

函数h = bmanalyzePlot()
绘制分析结果的图。
% H = BMANALYZEPLOT()绘制BMANALYZEPLOT结果

%的例子
%——
小鼠冠状脑Nissl切片粒度分析结果。

% bmanalyze ('http://brainmaps.org/HBP2/mus.musculus/cor/002-nissl/m08a/”、“粒度测定法”);
% bmanalyzePlot;

函数h = bmanalyzeInfo(varargin)
% BMANALYZEINFO(url)返回BrainMaps.org中对应图像'url'的图像信息,包括image
%的高度,宽度,瓷砖数量和近似的计算时间(假设每个瓷砖计算1秒)

%的笔记
%——
要获得与BMANALYZE一起使用的图像url,请使用BMANALYZEGETPATHS或
或者,找一个你的大脑数据集
%想用在http://brainmaps.org,点击“元数据”链接,然后
%,然后单击“生成路径”来生成所有url的列表
%选定的大脑数据集。

%的例子
%——
获取大脑图像信息位于
http://brainmaps.org/HBP2/mus.musculus/cor/002-nissl/m08a/

% bmanalyzeInfo ('http://brainmaps.org/HBP2/mus.musculus/cor/002-nissl/m08a/ ');

函数h = bmanalyzeGetPaths(varargin)
从BrainMaps.org检索大脑图像的url。
% H = BMANALYZEGETPATHS(datid)为BrainMaps.org检索url
%给定数据集(由数据集指定)。Datid (Data ID的缩写)是
%表示数据集唯一ID的整数。你可以找到
将鼠标悬停在数据集的缩略图上
% brainmaps.org。datatid的取值范围为1 ~ however
%数据集可用(截至2006年6月13日,有43个
%可用的数据集)。

%的笔记
%——
% url检索BMANALYZEGETPATHS可以用于BMANALYZE输入。

获取BMANALYZE使用的图像url的另一种方法是找到你的大脑数据集
%想用在http://brainmaps.org,点击“元数据”链接,然后
%,然后单击“生成路径”来生成所有url的列表
%选定的大脑数据集。

%的例子
%——
检索数据集datidd =43的图像url

% bmanalyzeGetPaths (43)

引用作为

肖恩·米库拉(2023)。BrainMaps分析(//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/11360-brainmaps-analyze), MATLAB中央文件交换。检索

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