NucleusVsCytoplasm
这个插件计算强度(意思是,最小,最大或总和)的图像属于打开模型的两种材料。
插件的结果可能会在屏幕上看到的显微镜图片浏览器或保存为Excel电子表格。
内容
如何使用
- 1。加载图片
- 2。创建一个新的模型:按下创建按钮划分小组
- 3所示。向模型添加材料:按下+按钮划分小组;选择1在材料列表,按下鼠标右键,重命名它核。
- 4所示。选择刷工具选择类型并绘制核的细胞
- 5。确保1被选中的添加到列表和按下一个关键的按钮添加绘制区域核模型的材料。
- 6。添加另一个材料模型(+按钮)和重命名细胞质。
- 7所示。与细胞质的画笔工具画出区域,并将它添加到2材料。
- 8。重复4所示。5。和7。片打开数据集
- 9。NucleusVsCytoplams工具:开始菜单- >插件- > IntensityAnalysis - > NucleusVsCytoplams
- 10。选择颜色通道和材料分析,定义NucleusVsCytoplams工具和媒体的其他参数继续buttton。
注意!记得要保存模型,以供将来使用!
选项
- 颜色通道进行分析——一个组合框,允许定义一个颜色通道进行分析。
- 计算参数——一个组合框,允许选择类型的强度分析(最大,最小,或金额)。
- 计算的比例——两个组合框,允许选择哪些材料应该比进行了分析
- 容积率为柱状图——强度之间的比率将会显示直方图。
- 以Excel格式保存结果——检查这个将结果保存为Excel电子表格
- 文件名出口- - -…按钮,编辑框来指定导出的文件名
学分
Ilya Belevich所写,赫尔辛基大学
1.00版本,16.03.2014
电子邮件:ilya.belevich@helsinki.fi
网络:http://www.biocenter.helsinki.fi/ ~ ibelev /
编写的代码的一部分冈瑟Struyf写作时使用这个函数。