TripleAreaIntensity
这个插件可以用于计算图像强度(意思是,最小,最大或总和)3区域存储在3的材料模型。
插件的结果可能会在屏幕上看到的显微镜图片浏览器或保存为Excel电子表格。
内容
如何使用
这个例子展示了比较的图像强度之间的胞质及核细胞。
- 1。加载图像三维/四维堆栈。突出显示文件目录内容面板Shift +鼠标左键。按下鼠标右键并选择结合所选数据集。
- 2。创建一个新的模型:按下创建按钮划分小组
- 3所示。向模型添加材料:按下+按钮划分小组;选择1在材料列表,按下鼠标右键,重命名它核。
- 4所示。段细胞核。在最简单的情况下使用刷工具的划分小组。
- 5。确保1被选中的添加到列表和按下Shift +一个关键的按钮添加绘制区域核材料模型的切片。
- 6。添加另一个材料模型(+按钮)和重命名胞质。
- 7所示。用画笔工具画的胞质区域。很重要的是,许多细胞溶质对象匹配核的数量!将其添加到2材料(分割面板- >添加- > 2)。
- 8。添加另一个材料模型(+按钮)和重命名背景。
- 9。用画笔工具画出区域以外的细胞用于计算强度图像的背景3材料(分割面板- >添加- > 3)。应该有至少1在每个图像背景区域。数量的英航
- 10。开始TripleAreaIntensity插件:菜单- >插件- > IntensityAnalysis - > TripleAreaIntensity
- 11。颜色通道选择和参数计算(意思是,最大值、最小值和强度)。
- 12。选择材料分析:计算- >统计材料1:核
- 13。选择材料分析:计算- >统计材料2:胞质
- 14。检查复选框并选择背景背景在相应的下拉列表框。还可以检查减去背景复选框;在这种情况下的强度将会减去背景强度的材料分析。
- 15。检查计算比率:材料1 /材料2复选框的比率。
- 16。定义文件名保存结果
- 17所示。按下继续按钮
每个对象的强度计算和显示的数字图像视图面板。例如在下面的图中,强度的背景,细胞核和细胞溶质是142.3671,340.2101和99.7331相应(请注意背景的强度减去从其他对象)的强度。这些数字可以从存储在注释层菜单- >模型- >注释。对应的对象也将与一条直线作为参考。存储在选择层,可以使用删除Shift + C快捷方式。
分析结果存储在excel文件
附加选项
- 的额外的阈值允许定义额外的阈值将被应用到指定的材料。选中时,对象是一个受到额外的阈值系数等于背景+阈值变化的强度值。
- 容积率为柱状图——强度之间的比率将会显示直方图。
学分
Ilya Belevich所写,赫尔辛基大学
1.00版本,15.09.2014
电子邮件:ilya。belevich @ helsinki.fi
网络:http://www.biocenter.helsinki.fi/ ~ ibelev /
编写的代码的一部分冈瑟Struyf写作时使用这个函数。