显微镜图像浏览器系统的需求
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内容
电脑
显微镜图像浏览器程序编写Matlab环境下,测试工作在Windows / Linux / Mac Matlab的安装。
除了编译(独立的)版本的MIB可用于Windows和Mac 64位操作系统。MIB的独立版本可能没有完整的原始程序的功能,但不需要购买Matlab许可证。独立的MIB要求MATLAB编译器运行时(MCR)在安装期间,将自动安装。
强烈建议使用64位操作系统有足够的内存数量。
MATLAB
MATLAB,释放2011为节省MPEG电影R2012a是必需的。MIB与Matlab R2011a——R2015b测试。
工具箱
- Matlab的图像处理工具箱V7.0 (R2010a)或更新要求
- 统计和机器学习工具(可选随机森林分类器)的替代品
- 统计工具箱(可选随机森林分类器)的替代品
- 优化工具箱(可选随机森林分类器)的替代品
位点Bio-Formats
Bio-Formats图书馆带来多个显微镜图像格式的支持。金宝app使用图书馆目录内容面板的检查生物复选框MIB。
位点个人简历格式java库(可选)提供的FILE_FORMATS / BioFormats文件夹中。
编译Frangi面具过滤器
编译Frangi面具过滤推荐速度运行。请为您的操作系统编译它。大多数c函数可以用一个脚本编译:
- 在Matlab命令窗口改变目录im_browser \ \工具MIB的存储位置,im_browser路径,例如c: \ MATLAB \ \ im_browser的脚本
- 编译,输入Matlab命令窗口mib_compile_c_files
注意!这些文件应该已经为win32预编译,win64 mac64。
编译后的图像边缘增强一致性滤波器
编译文件所需的图像边缘增强一致性滤波器。请为您的操作系统编译它们。大多数c函数可以用一个脚本编译:
- 在Matlab命令窗口改变目录im_browser \ \工具MIB的存储位置,im_browser路径,例如c: \ MATLAB \ \ im_browser的脚本
- 编译,输入Matlab命令窗口mib_compile_c_files
注意!这些文件应该已经为win32预编译,win64 mac64。
OMERO连接服务器
连接到OMERO服务器需要下载的Matlab OMERO API绑定。
- 下载Matlab OMERO插件从这里。应该列出的OMERO - > OMERO下载插件/ Matlab部分。(注意!确保Matlab插件的版本对应的版本OMERO服务器你会登录。老omero下载中列出以前的版本部分页面的底部。
- 将文件解压缩到您的脚本目录,例如C: \ Matlab \ \ OMERO_5的脚本
- MATLAB版本添加这个目录(C: \ Matlab \ \ OMERO_5的脚本与子文件夹),Matlab路径(Matlab - >家选项卡- >设置路径…- >添加子文件夹…)或运行pathtool在Matlab命令窗口
- 对于部署的版本修改路径omero_client.jar图书馆mib_java_path.txt(位于第一个文件夹的搜索路径。Uusually【用户名】\ \ MATLAB文件;这个文件路径将会显示在命令提示符MIB)的开始。例如,C: \ Matlab脚本\ \ OMERO_5 \ libs \Omero版本5或C: \ Matlab脚本\ \ OMERO_4 \ libs \Omero版4
DipLib图书馆
当DipLib安装,显微镜图像浏览器可以使用各向异性扩散滤波可以从几个额外的方法DipLib。请参考以下步骤安装。
- 下载diplibwww.diplib.org/download非商业用途(免费)
- 安装包,例如,开始DIPimage 2.3安装程序赢得64. exe自动安装在Windows 64位操作系统
- 开始Matlab
- 添加目录diplib / dipimage是安装到Matlab路径:Matlab - >家选项卡- >设置路径…- >添加文件夹…- >移动到最下层- >保存。例如,c:\Program Files\DIPimage 2.3 \ dipimage \ \常见
斐济:体绘制和连接
显微镜图像浏览器可以使用斐济的3 d查看器插件的数量和模型的可视化。此外,有一个斐济连接面板,允许之间的交互im_browser和斐济。
! ! !警告! ! !
看来,斐济的3 d查看器与Matlab在MacOS不兼容,请不要改变的写权限sys \ java \ jre \ win64 \ jre \ lib \ ext在MacOS
下面是安装过程的详细一些。
- 斐济、下载请使用斐济救生索的版本,2015年12月22日(链接)
- 解压并开始斐济(fiji-win32。exe或fiji-win64.exe)
- 更新斐济:斐济- >菜单- >帮助- >更新斐济(可能需要重复这个步骤一次重启后斐济)
- 在斐济文件夹中应该出现一个文件夹脚本与Miji.m文件
- 的脚本包含子文件夹Miji.m应该出现在斐济文件夹吗
- 开始Matlab
- 添加斐济。Matlab应用程序/脚本文件夹路径和保存路径:Matlab - >家选项卡- >设置路径…- >添加文件夹…- >移动到最下层- >保存。例如,c:\Program Files\Fiji.app\scripts\。对于Mac OS使用目录命令从Matlab命令窗口中,例如:目录“/应用程序/ Fiji.app /脚本”)。
注1,下面的Matlab路径应该开放写作:
Matlab…\ \ sys \ java \ jre \ win64 \ jre \ lib \ ext和Matlab…\ \ sys \ java \ jre \ win64 \ jre \ bin
注2,如果未能检索异常消息出现错误,请增加在Matlab Java VM的堆空间,看到细节。例如,呈现1818 x1022x717体积要求4 gb堆大小。
注3,斐济的3 d查看器可能不工作的时候开始第一次。在这种情况下,Matlab应该重新启动。
对于部署的版本,使用斐济MIB的部署版本请斐济路径添加到您的应用程序mib_java_path.txt文件位于第一个文件夹搜索路径。通常【用户名】\ \ MATLAB文件;这个文件路径将会显示在命令提示符MIB的开始。
膜点击追踪
编译文件需要使用膜点击跟踪工具。请为您的操作系统编译它们。大多数c函数可以用一个脚本编译:
- 在Matlab命令窗口改变目录im_browser \ \工具MIB的存储位置,im_browser路径,例如c: \ MATLAB \ \ im_browser的脚本
- 编译,输入Matlab命令窗口mib_compile_c_files
注意!这些文件应该已经为win32预编译,win64 mac64。
读NRRD格式
显微镜图像浏览器使用的函数NRRD保存数据的格式,但依赖项目:MATLABSlicerExampleModule由约翰·Melonakos阅读它。在Windows操作系统的文件应该已经预编译,但是Linux可能需要编译它们。
请参考细节im_browser \ ImportExportTools \ nrrd \ compilethis.m。
连接到伊万里瓷器
显微镜图像浏览器可以一起使用伊万里瓷器。实现这个功能IceImarisConnector亚伦·c·庞帝所写,苏黎世联邦理工学院。
请注意,该连接不可用的MIB编译的版本。
要求:
- 安装伊万里瓷器和ImarisXT
- 伊万里瓷器安装路径添加到系统环境变量IMARISPATH。开始- >计算机- >单击鼠标右键- >属性- >高级系统设置- >环境变量- >新…。例如,IMARISPATH = c: \ \ \伊万里瓷器\科学工具
- 重启Matlab
注意:建议把ImarisLib.jarMatlab的静态Java路径。这样做:
- 开始Matlab和注意启动(家)目录。例如:c:\Users\UserName\Documents\MATLAB
- 创建javaclasspath.txt在这个主目录并添加路径ImarisLib.jar这个文件(例如,matlab \ ImarisLib.jar c:\Program Files\Bitplane\Imaris x64 8.0.2 \ XT \)。一个办法(Windows)输入Matlab命令提示符:系统(“记事本javaclasspath.txt”);添加路径;并保存文件
- 重启Matlab
SLIC superpixels, supervoxels maxflow画笔工具supervoxels和Graph-cut和分类器
画笔工具可用于选择不是每个像素,而是组像素(superpixels)。这个功能是使用来实现的SLIC(简单线性迭代聚类)算法由Radhakrishna Achanta et al ., 2015。此外,SLIC superpixels supervoxels用于Graph-cut分割和分类器。
Graph-cut分割MIB的利用maxflow 2.22写的尤里Boykov和弗拉基米尔·柯尔莫哥洛夫。
- 在Matlab命令窗口改变目录im_browser \ \工具MIB的存储位置,im_browser路径,例如c: \ MATLAB \ \ im_browser的脚本
- 编译,输入Matlab命令窗口mib_compile_c_files
注意!这些文件应该已经为win32预编译,win64 mac64。
随机森林分类器
编译文件需要使用随机森林分类器。显微镜图像浏览器使用randomforest-matlab由阿布Jaiantilal已为win32汇编,win64。
对于所有其他操作系统的文件必须手动编译:请参考细节
- im_browser \ ImageFilters \ RF_Class_C \固定
- im_browser \ ImageFilters \ RF_Reg_C \固定
体绘制
编译affine_transform_2d_double.c体绘制所需的功能。请为您的操作系统编译它。大多数c函数可以用一个脚本编译:
- 在Matlab命令窗口改变目录im_browser \ \工具MIB的存储位置,im_browser路径,例如c: \ MATLAB \ \ im_browser的脚本
- 编译,输入Matlab命令窗口mib_compile_c_files
注意!这个文件已经为win64预编译。
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