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工具”菜单

额外的工具

内容

允许测量图像的长度。

测量工具

MIB是基于测量工具图像测量工具写的Jan Neggers埃因霍温科技大学。使用此工具可以执行许多不同的长度测量并生成配置文件对应于这些测量强度。按这里查看细节。

线测量

测量两个点之间的直线距离。按住鼠标左键画一条线,连接两个对象。结果将显示在弹出和MATLAB的主要窗口。测量的长度也可以粘贴复制到系统剪贴板和使用Ctrl + V键的快捷方式。线性测量工具也可以叫的工具栏。中定义的像素尺寸数据集参数。

自由的手测量

类似于行测量工具,除了测量距离可以任意。

深的深层学习工具提供访问培训卷积网络的用户数据和利用这些网络图像分割任务。

请参阅corrsponding部分细节:点击这里。

在本节中MIB有两个分类器。一个是专为膜检测也适用于其他对象。第二个分类器是基于SLIC superpixels / supervoxels分类。

膜检测方法用随机森林分类器进行自动分割的图像。当前版本的分类器是基于随机森林Verena Kaynig膜的检测和利用randomforest-matlab由阿布Jaiantilal。请参考帮助部分相应的功能。
Superpixels分类,有利于对象具有不同的强度性质。在这种方法中,MIB首先计算SLIC superpixels为3 d和2 d或supervoxels分类他们基于组提供标签,马克感兴趣的对象和背景。在本例中看到更多。

自动图像分割和对象分离的方法。

Graphcut和流域的例子

全部折叠

工具为分离对象,可以作为材料当前的模型中,面具或选择层。

种子细胞的分水岭的例子

全部折叠

体视学MIB计数的工具数量的材料之间的十字路口打开模型和网格线。网格线之间的间距可以定义图像中像素或单位。体视学分析的结果可以导出MATLAB或Microsoft Excel。

简短的演示可以在下面的视频:
https://youtu.be/5gOiyVNr2vY

细节和参数

计算网格中的网格使用Generate按钮选项面板。分析是开始按体视学按钮。

的(✓)包括注释复选框被选中的体视学工具还计算结果注释标签(分割面板- >注释工具)

重要提示!当电网的厚度是1像素网格(grid额外的厚度0)可能无法正确显示的放大,低于100%。也看到网格低倍镜下,增加额外的网格厚度值。

伤口愈合实验目的是测量细胞的迁移参数。这是测试画像Cell-IQ网格平台,允许获得0-pixel重叠的图像

演示可以在下面的视频:
https://youtu.be/D9hvyXMyNfU

细节和参数

这个工具有两个部分:

缝合	使用缝合在网格中设置面板指定数量的细胞;每个单元由一个自己的目录图片。目录名称必须在一个序列从左上角和右下角进步水平指定文件扩展名选择与网格图像缝合direcotries(选择目录…按钮) 指定输出directrory结果(输出……按钮) 按缝按钮开始缝合
伤口愈合分析	填充伤口愈合设置面板:设置像素大小,时间步长和可选将采样的结果图像进行评估。当(✓)互动展示图复选框被选中时,该工具将生成一个交互式的情节,有结果在每个时间点选择目录与伤口愈合的缝图像分析(选择目录…按钮) 按伤口愈合按钮开始
	结果: 一块显示最小、平均和最大宽度的伤口一张在Microsoft Excel格式和MATLAB文件格式与伤口宽度值一个目录快照的发现伤口一个文本文件的时间戳原始图像缝合期间使用
参考	函数是基于细胞迁移在Scratch伤口Constantino卡洛斯Reyes-Aldasoro化验所提供的代码(看到更多的) 引用作为 CC Reyes-Aldasoro D Biram通用泽C Kanthou电子信件44 (13),791 - 793 代码也可以从github:https://www.github.com/reyesaldasoro/Cell-Migration

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