体积数据装载到工作区

一个卷加载到工作区。这个例子使用一堆核磁共振脑图像,存储在MAT-filevol_001.mat。核磁共振数据的修改子集小鬼数据集(1]。

负载(fullfile (toolboxdir (“图片”),“imdata”,…“BrainMRILabeled”,“图片”,“vol_001.mat”));谁卷

名字大小字节240 x240x155 17856000 uint16卷类属性

打开卷裂殖体

打开裂殖体体积应用。单击应用程序在MATLAB®将来发布选项卡。在图像处理和计算机视觉部分中,点击裂殖体体积。

加载卷到卷裂殖体

加载的体积裂殖体体积应用程序,点击打开卷在应用程序将来发布。对于这个示例,选择开放的工作空间。进口量的对话框中,选择您加载到工作空间的体积,卷,然后单击好吧。此外,您可以指定一个当你打开应用程序通过使用体积volumeSegmenter命令:

volumeSegmenter(卷)

的裂殖体体积应用程序显示一个体积的三维表示三维显示面板和显示单个片的数据集片窗格。

默认情况下,片窗格显示第一块数据。应用程序显示片的数量显示在图像的顶部,例如,1/155。在这个数据集,最初的几片不含大脑的图像。

这个应用程序也会自动地创建一个标签的分割标签窗格中,使用默认的名称Label1。您可以定义多个标签标签窗格。然而,创建一个二进制掩码,您必须使用只有一个标签。

改变标签的名称,双击标签的名字。改变相关的颜色标签,双击颜色显示在广场标签窗格。您可以选择一组现有的标签加载到应用程序使用开放标签按钮。

探索的体积

确定你想要什么,探索卷使用三维显示面板和片窗格。

在三维显示窗格中,您可以旋转音量从每一个角度检查数据,使用鼠标。你也可以定制显示的体积三维显示选项卡中应用将来发布。例如,如果你有元数据描述体素的相对大小,您可以指定它空间参考的一部分三维显示选项卡中应用将来发布。来提高你的数据视图,您可以更改背景颜色中使用3 d显示,修改显示的阈值和不透明性,并包括取向轴显示,如下图所示。与大脑核磁共振数据,你可以看到在颞叶肿瘤,你想。

您还可以查看每个块的体积片窗格。使用滑块底部的面板从切片。你可以看到肿瘤35片88片。默认情况下,片窗格显示体积的沿着x - y轴,但您可以使用按钮改变这种取向部分将来发布的裂殖体选项卡。的片窗格也使用绘图工具来定义面具。

使用绘图工具标签体积区域

一旦你已经确定了你想要的对象部分,您可以使用的工具画选项卡中应用该地区将来发布定义。选择您想要使用的绘图工具的ROI工具:徒手画的,协助徒手画的,多边形和一个油漆刷工具。

首先标签大脑。当一个对象被嵌套在另一个对象,如肿瘤出现在大脑切片,标签更大的地区。第一步是创建一个标签标签窗格。这个应用程序提供了一个标签在默认情况下,命名Label1。改变标签更具描述性的名称为您的应用程序,双击标签和输入新名称。更改默认颜色相关的标签,双击标签标识符和彩色广场从颜色对话框中选择一个颜色。

在片窗格中,导航到片对象首次出现和使用绘图工具标签的对象。在下图中,这个示例使用画笔工具标签大脑,但是您可以使用任何绘图工具。

利用插值速度创造对象的ROI

你可以穿过体积,挤牙膏式,每个片上画一个ROI的对象出现。然而,裂殖体体积应用程序提供了一些自动化与分段插值工具可以帮助一个对象在片。

使用插值,您必须先手动定义该地区两片。你已经定义了地区第一片对象出现,35片。使用相同的过程来定义该地区最后一块看来,88片。应用的地方两条滑块,使用相关的颜色标签,表明roi的片。

与ROI定义在两片,点击自动插入。应用自动定义ROI其间的幻灯片。应用程序使用蓝色酒吧来显示所有的片roi,现在看起来像一个固体酒吧从35片88片。

另外,在两片上定义一个ROI之后,可以点击手动插入。使用该选项时,该应用程序打开手动插入对话框。你选择你想要插入的两个区域,区域1和区域2。选择第一个区域,使用滑块对话框底部的导航到第一片ROI, 35片,然后单击ROI内显示。选择第二个区域,点击区域两个,导航到幻灯片88,然后单击ROI内显示。选择这两个地区之后,点击运行在所有干预片插入ROI。

细化插入标签

使用插值后,检查各片是否插值创造满意的roi。注意,ROI 71片不填满整个对象,你想。您可以手动调整ROI使用油漆刷工具。或者,您可以使用的工具之一自动化选项卡。例如,您可以使用活跃的轮廓成长片上的roi,它没有填完整的肿瘤的大小。

执行自定义处理

你也可以添加自己的算法来对roi进行操作。在自动化选项卡上,单击添加算法。选择您想要处理函数来操作每个二维片(Slice-based)或整个3 d体积(基于卷)。

对于这个示例,在Slice-Based,选择新选项,然后单击函数模板创建一个新的函数作用于每一个二维切片。在MATLAB应用程序打开模板编辑器。在模板的示例代码替换为您想要使用的代码。你的函数必须接受两个参数:每个片作为一个单独的图像和一个面具。你的函数必须返回一个面具的形象。

当你完成编辑模板,保存文件。的裂殖体体积程序会自动创建一个按钮自动化选项卡将来发布的功能。在一片测试功能,点击运行。默认情况下,应用该函数适用于只有当前切片。

测试你的函数在一个片之后,您可以运行在所有的切片或切片的一个子集。您可以运行它从当前块结束(最高编号的片)或从当前片回到一开始(片1)。您还可以指定一系列片通过指定起始和结束部分。

当你选择一个定向选择,应用程序更新显示的片数。您可以使用此显示查看处理的进展。

创建额外的标签

标签大脑在每片后,标签肿瘤无论它出现在一片,重复前面描述的过程。

首先,定义一个新的标签标签窗格。单击加号标签面板中创建一个新的标签。

在片窗格中,导航到片的对象首先出现并开始标签对象在每片使用绘图工具。在下图中,这个示例使用画笔工具标签的肿瘤。以前,你可以画出对象在每个片似乎或使用插值工具来利用多个自动切片。插值后,您可以使用绘图工具,如橡皮擦每个片上,修改自动分割。

使背景分别标注区域

当您定义多个标签时,应用程序的数据类型标签数据集分类。未标记的默认值分类体素是<定义>。标签背景像素点,这样他们可以识别的分类,遵循类似的过程之前描述:

当你添加一个背景,它可以掩盖了其他标签的可视化的体积三维显示窗格。查看其他地区的标签三维显示窗格中,禁用背景标签的可见性。点击显示标签在三维显示选项卡上,单击定制,取消背景标签的可见性。

保存分割

当你完成标签的大脑和肿瘤体积,保存分割。点击保存标签在裂殖体选项卡并选择从几个选项。你可以保存标记核磁共振数据作为一个垫子在工作区中文件或作为一个变量。对于这个示例,选择一个工作空间变量和变量的名字brain_labels。

在保存分割之后,您可以打开自动保存,定期保存自动分割。

查看标签卷

把面具,使用volshow函数。这些命令演示如何显示体积通过调整体积内的标签覆盖属性:

查看器= viewer3d(写成BackgroundColor =“白色”BackgroundGradient =“关闭”CameraZoom = 1.5);volDisp = volshow(卷,OverlayData = brain_labels父母=查看器,…RenderingStyle =“GradientOpacity”GradientOpacityValue = 0.8,…Alphamap = linspace (0, 0.2,256), OverlayAlphamap = 0.8);

引用

[1]医学分割十项全能。“大脑肿瘤。”Tasks. Accessed May 10, 2018.http://medicaldecathlon.com/。

有钱的数据集是由医学分割使用4.0许可下十项全能。保证和陈述都否认。有关详细信息,请参阅许可。MathWorks®已经修改这个示例中所使用的数据的子集。这个例子使用一个扫描的MRI数据从原始数据集,保存到一个垫子文件。