主要内容

建立受体-配体动力学模型

这个例子展示了如何创建和模拟受体-配体动力学的简单模型SimBiology模型构建器SimBiology模型分析应用程序。

在这个模型中,配体l和受体R物质通过可逆结合反应形成受体-配体复合物。这些反应是用质量作用动力学定义的 d C d t k f l R k r C ,在那里kfkr为正向和反向速率常数。lR,C分别为配体、受体和受体-配体复合物的浓度。

构建模型

  1. 打开SimBiology模型构建器通过键入应用程序simBiologyModelBuilder在命令行或单击SimBiology模型构建器应用程序选项卡。

  2. 首页标签的应用程序,选择模型>创建新的空白模型.输入m1作为模型的名称。该应用程序创建一个空隔间不愿透露姓名的显示在选项卡。

  3. 拖放三个物种块一个反应块进舱。您还可以通过双击默认名称重命名物种和分隔符。例如,改变不愿透露姓名的细胞

  4. 为了把物质和反应联系起来,按住Ctrl键(在Windows上®和Linux®)或选项键(在macOS上),单击物种块,并拖动线。

  5. 单击反应块查看其属性属性编辑器窗格。设置如下参数。

    • 选择可逆的>真正的

    • 的值更新l5R10.设置的单位lR,C物种nanomole /升

    • 2 .配置转发速率参数kf0.05.将单位设置为升/ nanomole /小时

    • 设置反向速率参数的值kr0.1与单位1 /小时

模拟模型

  1. 首页选项卡上,单击模型分析图标以打开SimBiology模型分析应用程序。

  2. 模型分析应用程序,选择程序>模拟模型首页选项卡。这Program1选项卡打开。

  3. 模拟步骤的程序,设置停止时间到20秒,因为在那之后模型达到饱和状态。点击运行首页选项卡。

  4. 运行程序将结果绘制在Plot1选项卡。图中显示了不同颜色的模拟反应。程序存储模拟结果结果LastRun程序的文件夹。

另请参阅

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