请随时查看NIfTI_tools.pdf的详细描述和最新更新。
如果您对分析图像的左/右感到困惑,请阅读UseANALYZE.pdf。
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基本程序:
1.load_untouch_header_only.m:只加载NIfTI或ANALYZE文件的header部分,自动检测输入文件,NIfTI文件返回NIfTI结构,ANALYZE文件返回ANALYZE结构。
2.load_nii.m:加载N维NIfTI文件(其中N可以是3到7)或分析文件(其中N可以是3到4),并将标题信息(例如仿射几何变换、体素强度缩放等)应用于数据。如果您的文件具有3维以上(例如时间序列等),还可以指定仅提取1个或多个卷的范围。
3.save_nii.m:将由“load_nii.m”或“make_nii.m”加载的N维NIfTI结构(其中N可以是3到7)保存到NIfTI文件中。
4.make_nii.m:基于N维矩阵和其他可选参数(例如体素大小、原点等)生成N维NIfTI结构(其中N可以是3到7)。使用“save_nii”命令,可以将由“make_nii”生成的NIfTI结构保存到NIfTI文件中。
5.make_ana。m:基于3D矩阵和其他可选参数(如voxel_size, origin等)制作3D ANALYZE结构。使用“save_untouch_nii”命令,可以将由“make_ana”生成的ANALYZE结构保存到ANALYZE文件中,以便与某些ANALYZE only程序兼容。
6.reslice_nii。m:重新采样3D(或4D) NIfTI文件,或。mat文件中带有仿射矩阵m的ANALYZE文件,并将重新采样的数据保存到新的NIfTI文件中。该程序将基于仿射矩阵,这是特别有用的斜图像与非正交旋转或剪切,不能加载“load_nii.m”。你也可以指定voxel_size等。只要你记得在使用"reslice_nii.m"后不要做切片时间校正,就不会产生负面影响。
7.pad_nii。m:在NIfTI结构中从六个方面中的任何一个填充体积,同时保持发起者、体素大小、数据类型和描述不变。在您使用reslice_nii之后,这个程序特别有用,因为新卷很可能有不同的维数。
8.clip_nii.m:从六个面中的任意一面剪裁NIfTI结构中的体积,同时保持原始体、体素大小、数据类型和描述不变。使用reslice_nii后,该程序特别有用,因为新卷很可能具有不同的维度。
9.view_nii。m:查看和编辑3D(或4D) NIfTI或分析结构,由“load_nii. m”加载。或由make_nii.m制作。激活图、ROI等可以叠加在背景图像上(见上图)。绘制的视图可以嵌入到现有的图形窗口中。如果您将其作为一个单独的程序使用,它还可以编辑图像的方向和体素值,查看体积直方图,并保存修改后的图像。
10.load_untouch_nii。m:加载N维NIfTI文件(N可以从3到7)或ANALYZE文件(N可以从3到4),但不应用头部指示的任何更改。警告:不要使用"view_nii. "以查看由load_untouch_nii.m加载的结构。
11save_untouch_nii.m:将“load_untouch_nii.m”加载或“make_ana.m”生成的N维NIfTI结构(其中N可以是3到7)或分析结构(其中N可以是3到4)保存到新的NIfTI或分析文件中。如果不修改加载的数据集,则新保存的文件中的标题和数据应与原始文件中的标题和数据相同。
其他项目:
1.collapse_nii_scan。m:将多个单扫描NIfTI或ANALYZE文件集成到一个多扫描NIfTI文件中。
2.expand_nii_scan。m:将一个多次扫描的NIfTI文件分解为多个单次扫描的NIfTI文件。
3.save_untouch_slice。m:保存回原始图像,其中包含由load_untouch_nii加载的部分切片。您可以以任何方式处理这些切片矩阵,只要它们的维数没有改变。
4.get_nii_frame.m:返回NIfTI文件的时间帧数。
5.flip_lr。m:沿平面左右翻转NIfTI或ANALYZE文件,并将L-R翻转数据保存到NIfTI文件中。警告:请谨慎使用此程序,尽管您总是可以翻转它。
6.load_nii_ext。m:从NIfTI文件加载头扩展名。
7.mat_into_hdr。m:将旧SPM .mat文件中的仿射矩阵集成到它的。hdr头文件中。因此,ANALYZE文件被转换为带有更新后的.hdr头文件的NIfTI文件。
引用作为
吉米沈(2021)。NIfTI和分析图像的工具(//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image), MATLAB中央文件交换。检索.
MATLAB版本兼容性
平台的兼容性
窗户 马科斯 Linux类别
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启发:MRI分析工具
启发:PCG_展开_2D(ph_nii、ph_文件、掩模_nii、max_iter、epsi_con、N),MRIqual,生物图像套件网站,ExportPngInkscape(文件名,dpi,处理),MRI数据的参数映射脚本,fMRIData工具,NIfTI工作室,多模态体分割的可视化,西门子DICOM排序和转换到NIfTI,双极彩色地图,生成合成的fMRI数据,快速成像:扩散成像的常规保障管道,3D NIfTI数据查看器,从秒到小时,分钟,秒,合成图像,create_mosaic.m,字段映射工具箱,查看MRI切片功能,加载和查看。nii文件的GUI。,DICOM到NIfTI转换器,使用逐步聚类方法在脑功能磁共振成像数据中发现功能网络,大脑的统治者