你好,我有一个大数据集(价值约100 GB)我想与nii格式保存。我不能打开完整的数据集,因为我没有足够的内存。有办法保存完整的数据集在一个nii文件吗?

你好,是否有可能以nifti格式保存图像(从分析转换),无需修改的头nifti形象吗?
我有项目,不让我打开它,因为头被修改,especifically帧持续时间。(我一直使用save_nii函数)。我的电子邮件是a.vigil@alumnos.upm.es。
谢谢。

你好,
我有22个边带作为输出。如何连接这CSV文件? ? ?

我的问题是,默认情况下load_nii允许10%偏离正交变换是非常多。

比较与Freeview mm坐标,转变有一个明确的问题,导致错误的mm坐标!

我下载NIFTI zip。文件保存他们afile然后添加到在Matlab中设置路径。现在我怎么打开工具箱?在matlab命令窗口输入什么?

如果有人看到一个需要阅读NIfTI-2文件,或者阅读.nii.gz / .hdr.gz / img。gz文件-nojvm模式在MATLAB下,或在GNU Octave阅读这些文件,请尝试我的新工具箱“JNIfTI”

//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/72756-jnifti-fast-portable-nifti-1-2-reader-nii-jnifti-converter

它使用memmapfile在MATLAB快速磁盘读取。它还支持从刚性N金宝appIfTI-1/2二进制格式转换到更灵活的文本/二进制JSON新的JNIfTI格式为基础,在JNIfTI规范中定义的https://github.com/fangq/jnifti/数据文件,使规模较小,更快的加载/保存,人类可读的和可扩展的。

JNIfTI工具箱可以使用基于Java的gzip压缩,在这个工具箱一样,但还可以使用ZMat工具箱(//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/71434-zmat)快速压缩/解压。

我也面临着轴改变当我使用niftiwrite……前更改后和左不右……
这些文件解决这个问题吗?

你好,我遇到一个问题。当我负载nii,这样做像吹:
信息= load_nii (str);
形象= info.img;
info.img =图像;
save_nii(信息,savepath);
我发现nii变化相反。如何解决它,拯救nii负载nii一样。

不幸的是我已经发现这是很大问题。一个简单的例子是加载图像然后保存它的副本使用load_nii和save_nii功能。这个结果在我的机器上复制有一个稍微不同的vox2ras矩阵(这绝对不是一个舍入误差)。因此这个工具箱给了我很多麻烦在过去的几个月里,它是极其困难的故障诊断代码当你甚至不能确保这样的效用函数在做他们的工作。我的意思是这只是建设性的批评和作为一个警告,我不过感谢作者的努力。

我下载NIFTI zip。文件保存他们afile然后添加到在Matlab中设置路径。现在我怎么打开工具箱?在matlab命令窗口输入什么?

你好,

我下载NIFTI zip。文件保存他们afile然后添加到在Matlab中设置路径。现在我怎么打开工具箱?在matlab命令窗口输入什么?

MATLAB 2017 b niftiread(' ')函数,它很好的工作。几天前我也遭受nii加载文件,只是想分享这个“新闻”和希望,这可能帮助你:)

//www.tatmou.com/help/images/ref/niftiread.html

嗨
加载图片后使用load_nii (tst.nii)
如何访问img nii 1 * 1矩阵结构?

嗨。
我使用这个工具创建图像。然而,当我读它们,使用一个C函数,它给了错误。当然,与其他分析的图像,我的功能工作正常。
有人遇到过这个问题吗?

你好,谢谢你的分享。它的工作原理。我大脑核磁共振和工作需要应用一些图像处理。我怎样才能将它们转换为apprepriate文件实现一些图像处理/采矿作业。

语tekchandani
亲爱的你看过.nii图像和转换inro jpg吗?
如果你有解决方案请分享我。
谢谢
javaid.ciit@gmail.com

嗨,之后将.nii转换成jpeg(使用load_nii和imwrite) jpeg图像的坐标是不匹配的。我认为一些翻转和旋转指令顺序是必要的但在我不知道。请帮助。

嗨,之后将.nii转换成jpeg(使用load_nii和imwrite) jpeg图像的坐标是不匹配的。我认为一些翻转和旋转指令顺序是必要的但在我不知道。请帮助。

你好吉米,
我用你的工具箱来修改.nii图像与一组(n = 95)口罩/ ROI。我需要改变每一个面具的名字与一个特定的名字。我能怎么做?

谢谢
西尔维亚

你好吉米,

我想用你的工具箱来改变图像的数据类型int16 float32。我看到在前面的评论,这是有可能的,但是我有一些麻烦与转换。这是我到目前为止已经作出的努力:

数据类型= 16;float32变化百分比数据类型
nii2 = make_nii (myoldnii_file。nii,[][],数据类型);
save_nii (nii2 mynewnii_file.nii);

我得到的是错误消息:由make_nii数据类型不支持。金宝app

这样有可能将nii文件还是我做错了什么吗?

提前感谢任何帮助。
最美好的祝福!

所有文件显示运行时错误!.nii形象将如何读? ?

你好吉米,

谢谢你的工具箱。真的很有用,我想引用你的工作。我可以把你的工作如何?

谢谢,
Ellankavi

你好~
我会让overlay.zip失败http://www.rotman-baycrest.on.ca/吉米/ NIFTI / overlay.zip
你能提供一个新的地址脑电图。nii和Ti.nii
谢谢你！

你好~
我有3 d和4 d大脑MRI nii文件。我得到一些麻烦当我想加载文件和查看它们。
我的方法是:nii = load_nii (“VSD.Brain.XX.O.MR_4DPWI.124517.nii”);
错误使用xform_nii > change_hdr

接下来,我尝试使用reslice_nii。米,但问题是:
我的输入:reslice_nii (“VSD.Brain.XX.O.MR_4DPWI.124517。nii”、“VSD.Brain.XX.O.MR_4DPWI.124517b.nii”);
错误:指数超过矩阵维度。

我怎样才能解决这些问题呢?

谢谢你！

你好,
我有200 .hdr /。img文件对人均使用SPM进行预处理。

我怎么能从功能磁共振成像时间序列中提取体素时间课程在Matlab ?

@Jiancong王这是解释在第一个FAQ”取向相关的问题”。pdf和工具箱都来了。对于一些NIfTI文件将翻转只需加载和保存没有任何进一步的变化。但是这不会发生新的NIfTI文件。

但是我认为这不是一种好习惯翻转方向没有通知用户。

你好,
我发现变形的位移的直方图映射两个漂亮的文件图片。我想知道x轴的单位和我怎么能算出x的方向在哪里,y,和z坐标轴,我如何找出积极的和消极的方面?

@Shereen,你的意思是你需要知道如何阈值图像吗?

这是非常简单的。只是,给定阈值的图像称为nii和th:

nii = nii > th

1,你会得到一个图片的原大于阈值,0小于或等于阈值。

请帮忙
我想知道如何.nii图像转换为二进制图像
谢谢

王Jiancong和斯特凡诺Orsolini州,从放射系统取向是翻到神经系统没有任何通知。同样,没有地方指定数据的方向。

所有其他功能都工作,只需要记住改变方向。

王所Jiancong评论(2016年8月22日)有一个非常严重的问题取向处理。

放射检查引用的图像被神经默默地引用。

这个工具很差劲。它是不自洽。
你做
(nii) = load_nii (“some_nii”)
write_nii (nii new_nii)

新保存的版本有不同的轴方向与旧的!这是一个愚蠢的错误,没有可用的图像处理工具箱应。

你好,

你知道我可以用适当的方式“rot_orient”和“flip_orient”中的信息重新调整bvectors为dwmri RAS。例如,我装醉酒驾车后load_nii()以下是:

> >
rot_orient (1 2 3):
flip_orient (3 0 0):

我怎么能使用这些字段来改变翻转/交换bvectors(目前格式)也将他们拉?

谢谢!

你好,
请帮助,错误使用rri_orient时:
nii = rri_orient (“a_0424_MR1_mpr-1_anon.nii”、“新”);
植物体内非结构性数组引用的。

错误rri_orient(26)行
昏暗的=双(nii.hdr.dime.dim ([2:4]));

嗨
我不知道如何运行这个工具

感谢这个最有用的代码!

谢谢你的很好的工具。
运行ubuntu中的view_nii不显示菜单(变焦,插值函数,…)。我试着运行它在三个不同的电脑与ubuntu。没有一个显示菜单。
你有什么解决方案吗?
多谢。

同样的问题是辛迪。我试着打开文件在两个PMOD freeview,但是原点/取向,或一些参数,确定空间位置似乎变了,但我改变不了头。

我想修改图像值不改变任何关于空间定位,这将是了不起的。

我怎么能这样做呢?

谢谢你这些工具。他们已经被证明是非常有用的。但是,最近我发现load_nii模块停止工作。我redownloaded工具集和仍然有同样的问题。

当我类型load_nii(路径/ /文件)
我收到的错误是:
未定义的函数“bitset”“char类型的输入参数。

错误xform_nii > change_hdr(第465行)
hdr.dime。xyzt_units = char (bitset (hdr.dime.xyzt_units 2 1));

错误xform_nii(第154行)
[hdr,东方]= change_hdr (hdr、宽容、preferredForm);

错误load_nii(第185行)
nii = xform_nii (nii、宽容、preferredForm);

调试的想法吗?

嗨……
谢谢你这个工具箱。真的帮了我很多!
我发现一个小问题,所以当我负载nii形象这个工具箱和做一些编辑,然后保存它。
我发现图像已经稍微翻译ITK吸附(当我打开它)。
我不确定是否有相同的问题,有人知道如何解决这个问题吗?或任何建议我如何得到正确的方向吗?谢谢你！

一个小问题,我认为“宽容”选项的可靠性可以改善。当检查仿射变换矩阵。米是很有帮助的首先删除分辨率缩放矩阵形式,如果你有高度各向异性体素(常见的核磁共振,说0.7 x0.7x5.0)使它很难做一个理性的“宽容”计算矩阵来确定方向。在这个例子中所有元素在第三列* 5,所以即使连续近矩阵中的次要元素坳3 (n * 5)将大于主元素坳1和2 (n * 0.7)。这是我的建议改变(从我的git补丁文件):
- - - / niftitools / xform_nii.m
+ + + b / niftitools / xform_nii.m
@@ -324年13 + 324,15 @@函数[hdr,东方]= change_hdr (hdr、宽容、preferredForm)
hdr.hist.srow_y (4)
hdr.hist.srow_z (4)];

——如果侦破(R) = = 0 | ~ isequal (R(找到(R))和(R)”)
+如果侦破(R) = = 0 | | ~ isequal (R(找到(R))和(R)”)
hdr.hist。old_affine = [[R; [0 0 0]] [T; 1]];
——R_sort = (abs (R (:)));
- R(找到(abs (R) <宽容*分钟(R_sort (end-2:结束))))= 0;
+ resolution_matrix =诊断接头(hdr.dime.pixdim (2:4));
+ R_prime = R / resolution_matrix;
+ R_prime = R_prime。^ 2;
+ R (find (R_prime <公差))= 0;
hdr.hist。new_affine = [[R; [0 0 0]] [T; 1]];

我也平方矩阵的组件,这样所有列总和为1,所以您可以检查每个元素的绝对值,而不是元素<宽容*分钟(第三大)

Matlab想改变你或运营商从“|”“| |”。

嗨,吉米(此工具包的所有用户),

非常感谢这个伟大的工具包和所有的讨论!

我有一个问题关于从ROI提取数据:

我在四维T1地图(X, Y,片,时间)(.nii格式)和体积感兴趣的文件(.nii格式)。我想提取时间活性曲线从T1地图对于这个VOI和想把MATLAB。

描述view_nii表明,我们可以使用这个工具箱,但我不明白如何?

我会很感激如果任何人都可以请帮我整理出来!

谢谢,
Sahil聊

这是一个很好的工具!

我创建了海马分区面具使用Freesurfer,我想用我的功能磁共振成像数据子域体素。然而,我怎么能找出如果分支领域和功能磁共振成像数据在同一个空间?有没有办法我可以使用view_nii两张图片是否正确对齐?

感谢任何帮助或建议。

我丢失的东西或没有原始DICOM NIFTI转换函数……? ? ?
例如:
nii = D2N (“SRC_folder”、“full_path \ output_name”)

似乎有很多但每加载到matlab使用不同的格式。如果我使用不同的DICOM2NIFTI转换器比这些文件不能properlly加载它们。我看到一个make_nii()但是这并不实际转换从一个dicom……还是我遗漏了什么东西?

感谢你的时间。

你好,
请有可能知道NIFTI图像的像素值吗?因为我没有找到任何函数。我想知道特定像素的nii形象的价值。
谢谢你！

我试图拯救一个二进制3 d nifti面具,但当我试图挽救它nii.hdr.dime改变变量。bitpix nii.hdr.dime。数据类型为1。我能保存NII但没有外部程序除了Matlab可以阅读它。我试着打开它和ImageJ ITK-SNAP但是他们中没有一个人能够阅读它。

谢谢你写这不错的功能。我试图策划一系列的roi(每个颜色反映了假定值)的模板图像先生。我得到最基本的工作,但是我似乎无法让colormap,以便降低假定值与红色(使用默认的双相colormap)。通常我会用flipud彩色矩阵函数,但我似乎无法得到这个工作。任何建议将不胜感激。非常感谢。

你好。

我已经将四个DICOM系列使用dicm2nii 3 d Nifti卷。接下来我需要做什么是连接四个3 d Nifti卷到一个3 d Nifti卷,为了这个,我已经尝试使用collapse_nii_scan。我得到的结果是一个4 d Nifti文件(“multi_scan.nii”)有四个“时间点”,而不是一个3 d体积包含所有从最初的DICOM图像系列。任何意见将非常感激!

问候,
Ioannis

我全新的工具箱(MatLab)和我试图加载.nii文件。我输入到命令窗口如下:
> > topface = load_nii(' /用户/ MRIuser / fMRI / Homunculus2 / P121 / Experiment.feat /统计/ zstat1.nii”)

然后,立即命令行转换成:

> > uiopen(' /用户/ MRIuser / fMRI / Homunculus2 / P121 / Experiment.feat /统计/ zstat1.nii ', 1)

同样,一个标签打开在我的编辑器窗口zstat1的标签。nii许多随机字符。但是,没有创建的变量称为“topface。”Any suggestions?

当我转换DICOM图像Nifti格式,我有多个.nii文件/跑步/会话。每一个图像有不同的大小。有人知道原因,可能发生了什么?这图片是正确的来进行分析呢?

你好吉米,

我有一个问题关于取向(或方向)。我看到,目前有一个函数(fslhd)读取标题并返回“qform_xorient”(从左到右或从右到左)但load_untouch_header_only并非如此。“qform_xorient”头还是从其他参数不知怎么解释?

谢谢!

丹

你好,
我检查你的工具,在查看.nii非常有帮助。从matlab gz文件,但是我如何用它来拯救我的文件作为.mat文件使用相同的大小(256 * 256 * 50)。

谢谢,
Mayada

你好,

谢谢你的工具箱。我有以下问题:
我有一个3 d矩阵在MATLAB中我需要转换为NIfTI或分析格式,SPM8视图。对于这个我用“NIfTI工具和分析图像”。我的问题是当我把这个3 d矩阵分析使用make_ana命令格式,我的脑容量是旋转/翻转w.r。原来的体积。
我怎样才能解决这个问题呢?
注意:co-registering原始脑容量没有帮助,结果还是翻。

谢谢,

Janki

感谢你这个非常有用的代码!

我遇到了一个问题与加载我的一些文件。
我准备了一个面具文件目前,希望将它加载到matlab与一些功能文件。
问题是仿射矩阵非正交旋转2我的科目,所以我不能使用“load_nii”。
我不确定我是否可以使用“reslice_nii”,因为我还需要这个面具文件相同的维数作为功能文件。
任何想法都是感谢!
谢谢,
Meytal

非常有用而且工具箱。什么服务!

非常感谢! ! !

我遇到你的MATLAB代码加载和观看.nii文件。目前我工作在大脑映射和自闭症患者的大脑成像。我有病人的mri图像数据库。但是我真的新MATLAB。我不能够理解这段代码如何工作。它说代替文件名与文件的名字,我也是这么做的。但是我想它需要一些编辑,这样我就可以使用它。你能帮我在如何使用这段代码。

伟大的工作!
我更新了一下,添加了一些新特性。
请检查
//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/47072-3d-nifti-data-viewer

非常感谢你这个有用的工具!

嗨Sangeetha,

LAPACK加载错误:(dlopen:不能再加载对象使用静态TLS)

这是一个已知的问题在linux系统matlab R2012b和更高版本,并且没有相关的专门为这个工具箱:

http://www.mathworks.de/金宝appsupport/bugreports/961964

似乎有一个新的解决方案,但先前的建议是startup.m添加以下行:

(10)*兰德(10);

这确保在启动时加载相关的库,它起了作用在我们的系统。

保罗

你好,谢谢你这有用的工作。当我试图加载一个nii文件,我得到了下面的错误我复制。可能会出现什么问题?

错误使用相同
LAPACK加载错误:
dlopen:不能再加载对象
使用静态TLS

错误在xform_nii > change_hdr(线
327)
如果依据(R) = = 0 |
~ isequal (R(找到(R))和(R)”)

错误xform_nii(第154行)
[hdr,东方]= change_hdr (hdr、宽容、preferredForm);

错误load_nii(第185行)
nii = xform_nii (nii、宽容、
preferredForm);

你好,恭喜你神奇的在这里工作。
我道歉,如果类似的事情之前一直问。我有成堆的16灰度片tif格式,并希望将其转换为nii格式。我怎么能这样做呢?谢谢。

你不能这样做。检查常见问题解答。当你需要load_untouch_nii或load_nii pdf

我怎么查看加载的图像“load_untouch_nii.m”?

因为它不是view_nii解释和应用业务的头信息。

由于代码是一个伟大的帮助。

但是你能帮助我了解为什么我不能使用“view_nii。m”查看加载的结构“load_untouch_nii.m”?我怎么认为呢?

谢谢

对不起,我找到了,谢谢你的神奇功能

伟大的功能
谢谢你的更新

尼古拉斯,请告诉我什么是确切的“线索”或“消息”,迷惑你。另外,请告诉我你想做什么。

view_nii不工作。
你给的例子是很好,但是我的大数据,它让使用load_nii的线索。当我使用load_untouch_nii m。米,但使用load_untouch_nii。当我使用load_nii.m m。为什么?

您可以使用“load_untouch_nii / save_untouch_nii”。这里有一个例子:

nii = load_untouch_nii (“avg152T1_LR_nifti.nii”);
nii.hdr.hist.descrip =“Mengye”;
save_untouch_nii (nii new_avg152T1_LR_nifti.nii);

除非你nii联系。img,例如nii.img(1) = 0,它不会改变,尽管它也加载和保存。只有头(nii.hdr)编辑你的改变。

此外,如果输入文件是在分析7.5格式,输出将被保存在分析7.5格式。如果NIfTI格式的输入,输出将保存在NIfTI格式。

这就是为什么我有“load_untouch_”以及“load_”功能。然而,在大多数情况下,您想要使用“load_”功能,既然你不想解释标题中的仿射矩阵,并使各种各样的翻转和旋转,你呢?

嗨,吉米

有负载的方法,编辑和保存.hdr。img没有做事吗?因为我发现SPM改变了我的源文件头每次做共同注册,口口相传,我想改变它。似乎save_nii_hdr()是一个内部函数和我试着使用它但是我nifti文件。

谢谢,
Mengye

完美!谢谢你！

“阴谋”只包含数据的坐标信息,而数据“make_nii”需要强度值被认为是分布在一个网格的坐标从1到网格的几何尺寸。此外,与情节,只包含整数坐标图像。因此,您不能直接提取数据从情节和形象。

导出你的阴谋数据到一个图像也是一种简单的选择。我认为你已经做的很好。所有你要做的就是隐藏背景图像和轴之前导出密谋一个图像。下面是如何这么做:

1。在出口之前,使用鼠标点击你的阴谋(让它活动);

2。隐藏轴通过运行:

集(gca,“可见”,“关闭”);

3所示。隐藏背景图像通过运行:

h =得到(gca,“孩子”);
i = 1:长度(h)
如果strcmpi (get (h (i),“类型”),“图像”)
集(h (i),“可见”,“关闭”);
结束
结束

4所示。导出阴谋一个图像。现在它没有背景和轴。

非常感谢你这有用的产品。我有一个问题,如果有人可以帮帮我…

我加载.nii文件,做了一些处理,有新的情节,我想从中提取数据并最终拯救.nii。这是一个简单的情节,它是找到一个对象的边界的结果。我从情节和提取数据进入到一个细胞,但“make_nii”功能不支持这种数据类型。金宝app我试着转换.mat细胞,但这并不是产生令人满意的结果。我也试过情节保存为一个图像,然后使用“make_nii”工作,但结果包括图像的边界和斧头。我只想要数据,没有背景或轴。有人有什么建议吗?

“collapse_nii_scan”用于多个单册NIfTI或分析文件整合到一个多个卷NIfTI文件。在你的情况下,如果你想连接两个4 d NIfTI图像到一个4 d NIfTI图片,你应该“expand_nii_scan”适用于两个4 d图像。所有卷都必须在相同的文件夹中,并确保正确的文件名重命名(即从001年~ 999年而不是1 ~ 999)。然后,“collapse_nii_scan”适用于所有这些扩展卷在特定的文件夹中,你会得到一个连接4 d NIfTI图像文件。

你好,我试着连接两个4 d nifti图像使用collapse_nii_scan但给了我一个图像只有2卷。我遗漏了什么东西?

嗨智:

“collapse_nii_scan。m”将做这项工作。

嗨Samiy:

这个工具不能用于提取脊髓。然而,一旦你提取并保存到另一个分析/ NIfTI文件,这个工具可以将数据加载到MATLAB进行进一步处理。

目前,有一种工具叫做avwmerge结合几个hdr或nii文件到一个hdr或nii文件。一些现有的应用程序只使用单一hdr / nii文件作为输入。我能找到类似的功能在你的工具箱?多谢。

收到图片,它是一种特殊的RGB数据类型。nii。img范围从0到1像往常一样,但是输出值需要被(glmax-glmin) + glmin缩放。

请给我这张图片,所以我可以看一看明天下午给你。

你好,
这个包很适合我的研究。先谢谢。但是现在我有一个问题,矢量图像。我想改变xyz矢量图像的像素值通过其绝对值。我第一次使用:nii = load_nii (1 _xyz.img),如果我使用view_nii (nii),我发现一切都正确。十字准星移动到139、63、91,我可以读值为(-0.1784,0.8963,0.3663),这是正确的。但是如果我使用:= nii.img;(139、63、91,1:3),它会显示值为0.35555,0.9434,0.6535。似乎总是积极的价值。我试图使用nii = load_untouch_nii (1 _xyz.img); a = nii.img; It has the same positive value.
你有什么建议关于这个nii价值之间的矛盾。img,显示view_nii (nii) ?
非常感谢。

你好,

这个包很适合我的研究。先谢谢。但是现在我有一个问题,矢量图像。我想改变xyz矢量图像的像素值通过其绝对值。我第一次使用:nii = load_nii (1 _xyz.img),如果我使用view_nii (nii),我发现一切都正确。十字准星移动到139、63、91,我可以读值为(-0.1784,0.8963,0.3663),这是正确的。但是如果我使用:= nii.img;(139、63、91,1:3),它会显示值为0.35555,0.9434,0.6535。似乎总是积极的价值。我试图使用nii = load_untouch_nii (1 _xyz.img); a = nii.img; It has the same positive value.

你有什么建议关于这个nii价值之间的矛盾。img,显示view_nii (nii) ?

非常感谢。

谢谢,这正是我想知道的!

确定标志。你需要一个参考图片,所以你可以看到你之前和之后会发生什么应用变换矩阵。这是例子:

1。下载“avg152T1_RL_nifti。NIfTI nii”网站。我将它作为参考图像。

2。查看如何参考图像看起来像:nii = load_nii (“avg152T1_RL_nifti.nii”);
view_nii (nii);

3所示。假设我有一个变换矩阵,这将让参考图像转30度逆时针在XY平面上,这里将矩阵:T = cos(π/ 6)sin(π/ 6)0;罪(π/ 6)因为(π/ 6)0;0 0 1);

4所示。从参考图像:获得old_xyz rl = load_untouch_nii (“avg152T1_RL_nifti.nii”);
old_xyz = [rl.hdr.hist.srow_x (1:3); rl.hdr.hist.srow_y (1:3); rl.hdr.hist.srow_z (1:3)];

5。应用您的变换矩阵,并保存new_xyz成新形象:new_xyz = T * old_xyz;rl.hdr.hist.srow_x (1:3) = new_xyz (1:);rl.hdr.hist.srow_y (1:3) = new_xyz (2:);rl.hdr.hist.srow_z (1:3) = new_xyz (3:);save_untouch_nii (rl rl30.nii);现在你已经“rl30。nii”,这是一个转换NIfTI图像可以在任何地方使用。

6。为了查看这张图片使用我的工具箱,您需要reslice: reslice_nii (“rl30。nii”、“rl30b.nii”);现在,您可以加载和视图旋转图片:rl30b = load_nii (“rl30b.nii”);view_nii (rl30b);

希望这回答了你的问题。

你好,

有可能使用reslice_nii转换应用于nifti卷?例如,如果我有一个变换矩阵,是一个3 d的结果coregistration的功能解剖体积,我可以使用reslice_nii应用变换矩阵功能体积变换成解剖空间?如果是这样,一些示例代码的机会吗?

非常感谢有用的代码。

回答你的第一个评论:问题是你混合“make_nii”与“_untouch_”版本。如果你使用“make_nii”NIfTI结构,必须使用“save_nii”保存。

回答你的第二个评论:如果你知道NIfTI结构好,相信你能修改它,然后使用“save_nii”来保存它。你甚至可以将“非正交的”NIfTI结构保存到文件“save_nii”。

我解释“load_nii”,限制它的头“正交”转换就是方便,至少对于我的工作。

顺便说一句,如果你把NIfTI原件文件,并把它与其他软件来显示(例如SPM),他们也将reslice吧。

非常感谢你的评价!

我想我搞懂了。

我读你的更新和意识到不可触摸的选择不加载变换矩阵,所以我改变了通过添加一个标题。

我决定通过克隆头和使用save_nii ()

如果你想知道为什么我没有使用load_nii(),它是b / c, y数据非正交变换和开放工具不工作。

顺便说一句,我认为这种行为也许不公平。和建议reslice被认为是一个坏主意在我的实验室里,b / c插值的文物。

你好吉米,

我有一个问题用save_untouch_nii ()。

我和load_untouch_nii加载nifti 4 d数据集(),毫无变化,然后试图拯救save_untouch_nii()和得到一个失败的消息:用法:请使用“save_nii。米结构的修改。

我甚至尝试克隆保存前的hdr。

nii = load_untouch_nii (“foo.nii”);
数据= nii.img;
% =数据+ 10;
nii_mod = make_nii(数据);
% nii_mod。hdr = nii.hdr;
save_untouch_nii (nii_mod test1.nii);

有你的数据,做了以下测试使用“analyze75read”“load_untouch_nii”和“load_nii”,这里的结果:

a1 = analyze75read (“dxx.img”);
马克斯(a1(:)),得到3.3943 e-08

a2 = load_untouch_nii (“dxx.img”);
max (a2.img(:)),得到3.3943 e-08

a1 = load_nii (“dxx.img”);
max (a1.img(:)),得到3.3943 e + 04

检查:a2.hdr.dime.roi_scale
得到1.0000 e + 12

你告诉我,你有一个立体像素值为1.089 e + 12使用“analyze75read”。我不能复制你的结果。

嗨,吉米。我想我理解错你的工具,我使用“load_nii”。我发送你数据。

没有更多的细节,我不能复制你的问题。请发送我你的数据表明。另一方面,我希望你能看看我的网页,以更好地了解这个工具。为了显示,您必须使用“load_nii”而不是“load_untouch_nii”。即你的数据解释正确(感动)。可能会有很多情况下,例如规模因素在头文件中指定,您的数据有不同的取向,等等。然而,在任何情况下它将数据类型不同的两倍。

我的第一个帖子不是提交。我说的计划未能正确显示值与双数据类型分析文件。Matlab analyze75read工作没有问题。
你知道这是为什么?

PS:例如,而不是正确的体素值1.089 e + 12,这个项目将显示988.1

我从来没有这样一个名为“read_nii_img”的函数。请阅读所有的功能和用法:

http://www.rotman-baycrest.on.ca/ ~吉米/ NIfTI

最近我发现,现在我们已经升级到2011 Matlab,许多这些功能不再正常工作。当使用read_nii_img我们现在得到一个错误:

? ? ?未定义的函数或方法的read_nii_img的char类型的输入参数

我们已经成功地运行这些程序,但是由于更新他们没有工作。你有什么建议或者解决呢?谢谢!

看来,“load_nii_hdr”“apply_fsl_transformation_matrix”已经修改。它应该是这个样子”功能(hdr、文件类型、fileprefix、机器)= load_nii_hdr (fileprefix)”。即应该有4个输出参数,这是相同的数量“load_untouch_nii”要求。

你好,

使用“load_nii_hdr”在“load_untouch_nii”我得到以下错误信息:

? ? ?错误使用= = > load_nii_hdr
太多的输出参数。

错误= = > load_untouch_nii享年103岁
[nii.hdr, nii.filetype nii.fileprefix nii。机]= load_nii_hdr(文件名);

= = > apply_fsl_transformation_matrix误差在5
vox = load_untouch_nii (' / SCR2 DTI / det_track / BM3K /反式/ Sem_fun_roi.nii ');

谢谢你的帮助!

迈克尔

NIfTI既金宝app支持”。nii”和“img /。hdr”文件扩展名。如果你不提供任何文件扩展名,它将寻找“img /。hdr默认”文件。因此,您可以很容易地解决你的问题,提供适当的文件扩展名。例如nii = load_nii (“filtered_func_data.nii”);

你好,
试图加载.nii文件,我得到了一个消息:
找不到文件“filtered_func_data.hdr”
这个问题显然在于我们没有一个单独的头文件。有一个解决方案除了.hdr和img转换吗?
谢谢!

我假设您有一个系列的3 d NIfTI(或分析)文件相同的头信息(即相同的维度,体素的大小,发起者,…等等),你想将其集成到一个单一的4 d文件与文件中的时间序列。

如果是这种情况,你可以用我的“collapse_nii_scan。m”。类型帮助collapse_nii_scan获得更多的信息。

文件扩展名,这个函数会按照你所拥有的一切。即你还是会得到一个.hdr /。img文件之后。

因为所有NIfTI兼容软件应该能够加载4 d NIfTI(或分析)文件,我们不支持任何转换从.hdr / img .nii文件。金宝app

你好,

我想把一系列.hdr /。img文件组合成一个单一的.nii文件。我怎样才能实现呢?非常感谢。

你不应该使用“load_nii_hdr。m”&“load_nii_img.m”。都是内部函数,当你不支持直接调用它们。金宝app

如果你想要看的标题信息,请使用“load_untouch_header_only.m”。

如果你想改变体素值,请使用“load_nii。m”加载NIfTI文件,然后使用“view_nii。m”编辑体素值十字丝(在“编辑”选项卡下),然后点击“保存显示形象”在“文件”选项卡。

不一致的原因在你的情况下是由比例因子的头没有被正确解释自己。

嗨
我用工具NIfTI和分析图像。真的很有用,我真诚的感谢分享你的工作,研究社区。

我用.hdr和img格式的图像。我试图改变像素值1到5,然后将其保存为img。我认为使用函数view_nii保存的图像。我能找到的像素值为5,我做到了。但如果我打开这些图片查看器MRIcroN和FSLVIEW它显示一个像素值为0.01961。我找不到原因。你能帮我找到上述问题的解决方案。我可以看到GMax输出的图像是5。但对输入图像是0。
我将使用我的代码行。

我想把我的输入文件,所以最好是知道我的问题。请让我知道发送我的输入文件的一种方法。

[nii1.hdr, nii1.filetype nii1.fileprefix nii1。机]= load_nii_hdr (“1 sub_110_a - 128 _5med”);
[nii1.img, nii1。hdr) = load_nii_img (nii1.hdr、nii1.filetype nii1.fileprefix, nii1.machine);
z =找到(nii1.img);%的数量指数——-4610
img1 = 0(大小(nii1.img));
img1 = uint8 (img1);
img1 (z) = 5.00000;
nii1.img = img1;
save_nii (nii1 out1.img);

提前感谢你的帮助

这是因为这些参数和比例一直在解释和应用到图像。这就是NIfTI加载程序应该做的。

如果你想解释自己头,请尝试以下命令:

x = load_untouch_nii (“b0.hdr”);
save_untouch_nii (x,“b0xx.nii”);

欲知详情,请仔细阅读所有的指令,可以发现在我的网页:

http://www.rotman-baycrest.on.ca/ ~吉米/ NIfTI

我试着将HDR图像转换为nifti图像通过使用两个函数在包
x = load_nii (“b0.hdr”);
save_nii (x,“b0xx.nii”);

然后我比较Q补偿,仿射参数和标定扩展前后转换。然而,他们几乎是完全不同的。有可能转换而不影响这些参数吗?

首先,当你使用“save_nii。m文件,你总是会保存在NIfTI而不是分析格式。

第二,使用“load_untouch_nii”加载原始分析文件和保存NIfTI文件,并检查的尺寸大小和数据类型是什么”。img的领域。

最后,我已经测试了使用“load_nii。m的加载许多分析和NIfTI文件,然后使用“save_nii。m”保存到NIfTI文件。我没有找到数据大小“显著增加”。如果有可能,请上传您的原始分析数据我可以访问的地方,和电子邮件我链接(不要使用电子邮件附件),所以我可以试着重复你的问题。

顺便说一下,我将不可用,直到8月2。

亲爱的大家:

我发现以下问题在使用这个工具箱。
我可以分析中的数据格式文件“load_nii.m”。
但是当我保存数据分析与“save_nii格式文件。米的没有任何改变,数据大小增加备注。

我下载了新项目,所以我现在得到一个不同的错误暗示你刚才提到的。

然而,reslicing不是一个选择,因为我们使用SPM图像首先注册,所以我们需要NIFTIs在当前空间在(我将致力于让图片你,但是我不知道这是一个可能在这一点上)。

首先,“load_nii”&“load_untouch_nii”支持SPM NIfTI图金宝app像。事实上,只有一个NIfTI标准,所有NIfTI兼容的软件应符合标准。

第二,为了复制错误,请上传图片到任何地方,我可以读访问。请不要发送通过电子邮件附件。

你已经注意到,NIfTI图像可以在任何空间定位,而“load_nii”只能有48个正交方向。在这种情况下,程序会提示您使用“reslice_nii”插入图像。因为你没有得到适当的提示,我想看看你加载的图像。

更多细节请查看我NIfTI web页面:

http://www.rotman-baycrest.on.ca/ ~吉米/ NIfTI

编辑:错误在这里

load_nii (pathTo.imgFile)
* * ? ? ?错误使用= = > xform_nii > change_hdr享年236岁
变换NIFTI数据是不支持的金宝app
项目* *。

错误= = > xform_nii享年90岁
[hdr东方]= change_hdr (hdr);

错误= = > load_nii享年71岁
nii = xform_nii (nii);

沈先生,

我有这个包好与一般成功;然而,在处理SPM NIFTIs (http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/我不能用load_nii负载。

我必须使用load_untouch_nii,然而,当我使用这个,NIFTIs在一个随机的空间定位,图像矩阵需要翻转或旋转在正确的方向。

你知道一种方法来解决这个问题吗? ?大大减缓了我的研究:/

谢谢!

泰勒

是的,既然你提到有时老分析格式是解读为[0 0 0]更有意义。我认为可能是我的情况。

你读过:
http://nifti.nimh.nih.gov/nifti-1/documentation/nifti1fields正如我所提到的?

正如你所看到的,“起源”NIfTI sform或qform表示。当你使用“load_nii”,你应该找到它:hdr.hist.originator (1:3)

有时,用旧分析图像,该值(0 0 0)没有意义,那么你别无选择使用:hdr.dime.dim (2:4) / 2。

希望这个有帮助。

谢谢你的回应!

由开始的位置,我的意思是原点(x, y, z)。我找不到我的图像数据的起源在MATLAB中的头结构。

开始位置的x, y, z都是1。例如XYZvoxal =(1 1 1)是开始的地方。

也请检查NIfTI头字段:
http://nifti.nimh.nih.gov/nifti-1/documentation/nifti1fields

让我知道我是否正确地理解你的问题。

你好吉米,

我找不到的开始位置的像素或体素在x, y, z方向的头结构。我读我的分析使用load_nii形象。形象很好。我只是找不到开始的位置。

谢谢,
Navdi

这里有一个例子:
nii = load_nii (mydata.img, vol_id);
片= nii.img (:,:, slice_id);
片=圆(63 * (slice-min(切片(:)))/ max(切片(:)))+ 1;
imwrite(片、飞机、“myslice.jpg”);

嗨,吉米。真的是一个很好的代码。

我有一个问题。我怎么能做提取单个片4 d nifti脑容量并将其保存到一个常规的图像文件(即。:bmp, jpeg…),使用常见的彩色地图(即。:ge_color) ? ?

谢谢你的关注。

W。

你可能不会注意到公差参数在“load_nii”。默认情况下,我们允许不超过10%的扭曲。你可以将它设置为0,系统将提示您使用“reslice_nii”插入图像。

如果你只是想改变负值和NAN值为0,您可以简单地使用“load_untouch_nii”和“save_untouch_nii”来做这项工作。

你好吉米,

我有一些问题。我的目标是改变消极价值和NAN值图像为0,然后将其保存为.nii。我使用了load_nii程序,然后改变了值为0,然后使用save_nii。一切似乎很好。但是我终于发现图像的视场变化不大:字段的显示宽度:204;View-Height领域:256;切片厚度:1字段的显示宽度:203.992;View-Height领域:255.909;切片厚度:0.99968。但图像尺寸保持不变。你明白我的意思吗? I mean the voxel size changed. Could you please have a look at this problem? It is very strange.

非常感谢。
小颖

你好吉米,

我有一些问题。我的目标是改变消极价值和NAN值图像为0,然后将其保存为.nii。我使用了load_nii程序,然后改变了值为0,然后使用save_nii。一切似乎很好。但是我终于发现图像的视场变化不大:字段的显示宽度:204;View-Height领域:256;切片厚度:1字段的显示宽度:203.992;View-Height领域:255.909;切片厚度:0.99968。但图像尺寸保持不变。你明白我的意思吗? I mean the voxel size changed. Could you please have a look at this problem? It is very strange.

非常感谢。
小颖

吉米,

我解决了这个问题。非常感谢。

最好的,
小颖

首先,你不需要使用“make_nii”,这就为你创建一个NIfTI结构基于你的一天的矩阵。

第二,make_nii支持浮点数据金宝app。类型帮助make_nii更多细节。你收到任何错误信息了吗?

你好吉米,

非常感谢你的脚本。他们真的很有用。

现在我想读一些nii文件并设置像素值低于零。我第一次加载nii文件,然后改变的价值。现在我需要保存回nii文件。我想我首先应该make_nii,然后save_nii。但似乎make_nii不支持浮点数据类型。金宝app你有好的建议吗?

最好的,
小颖

胡安:你好

你可以检查下“问题叠加”的类别:
http://www.rotman-baycrest.on.ca/吉米/ NIfTI / FAQ.htm
有几个问题和答案在这个话题。

你说你有x, y和z方向各体素。x, y, z方向必须首先转换成索引对于体素。也许,你已经代表了图像特征的大脑区域。假设你有一个名为“brain_mask的二进制图像。nii”,而解剖图像被称为“ana.nii”。你可以尝试:

1。使用“安娜= load_nii (ana.nii)”加载解剖图像,并确保变量”安娜。img”要么是“单身”或“双”。如果没有,使用第二步转换它。

2。将变量”安娜。img”到“单身”,您需要使用“make_nii”命令:“安娜= make_nii(单(ana.img) ana.hdr.dime.pixdim (2:4) ana.hdr.hist.originator (1:3))”。

3所示。使用“面具= load_nii (brain_mask.nii)”加载大脑
掩模图像,并分配值和索引来“选择”结构:“opt.setvalue。idx =找到(mask.img);opt.setvalue。val =特征向量;”。你可以看到更多的细节,使用“setvalue”命令:“帮助view_nii”。

4所示。其他值添加到“选择”结构:“opt.command =“init”;opt.useinterp = 0;”。

5。情节特征图像与背景置于下面的命令:“view_nii (ana,选择);“。

6。不要点击“插值函数开/关”菜单。它不正常工作。如果你想看到内插一个,使用:“opt.useinterp = 1;view_nii (ana、选择);”。

如果你仍然有问题,请随时问我。

吉米

嗨,吉米。
非常感谢你这个非常有用的工具。
我的问题是关于如何叠加在图像。我需要覆盖的主要特征向量图像上的每个体素;我有x, y, z方向的体素在matlab数组了,但是我想知道我怎样才能显示在同一图像或如果它可能修改代码保持的主要形象,摆脱所有的选项你给喜欢颜色和十字丝的位置,等等,因为我主要需要展示形象和显示特征向量。
谢谢,
胡安

嗨Preeti:

1)没错,它不支持.avw格式。金宝app所以请在.hdr /保存它。img在MATLAB或.nii格式之前你打开它们。

2)300片应该在许多新电脑好。如果你的电脑不能容纳这么多的数据在内存中,您可能想要1或数片分析。这个特性是实现在2010年1月6日。

我用AnalyzeDirect肺癌检测软件和检索。我从胸部分段肺部CT扫描300多片(DICOM)。我拯救了导致Analyze7.5 .avw格式以及格式。现在,当我试图打开这些文件在MATLAB我这些问题

1)代码只有支架的hdr /。img的格式我。e Analyze7.5格式。我没能加载.avw文件
2)没有。超过300片的它给“内存溢出”错误当我打开.hdr /。img的数据。

如何解决这两个问题。请帮助!

嗨Anne-Lene:

别担心。下面的建议会给你更多的帮助。

如果你没有看到区别在使用“expend_nii_scan’,这意味着你只有1扫描(1卷)在你的文件。既然你说“…看看nifti图像separatley……”,我还以为你有几个图片(卷或扫描)1文件,并想把它们分开。

你需要做的第一步是通过“load_nii”映像加载到MATLAB命令(请查看“帮助load_nii”之前使用它)。

假设你有一个形象”file1。nii”(或“file1.img / hdr”)。命令:
nii = load_nii (“file1.nii”);
或
nii = load_nii (“file1.img”);
你可以在“nii 3 d矩阵。img”,它的头信息在“nii.hdr”。

你提到你想改变图像到另一个数据类型。方法如下:

您可以直接改变头信息(如果您熟悉NIfTI头)然后使用“save_nii”,或使用“make_nii”创建一个新的NIfTI结构(如nii)。

例如:
数据类型= 16;float32变化百分比数据类型
nii2 = make_nii (nii。img, nii.hdr.dime.pixdim (2:4) nii.hdr.hist.originator(1:3),数据类型);
save_nii (nii2 file2.nii);%要么使用nii ext
save_nii (nii2 file2.img);%或使用img / hdr ext
通过这样做,你把它改为Float32数据类型,并保存成“file2。nii”(或“file2.img / hdr”)。

如果你有一个MATLAB算法,由你自己当你提到的,我认为你会更感兴趣img矩阵(“nii.img”)。“nii。hdr”是头信息来描述如何”nii。img”是面向,体素的大小,和发起者,和许多更多。

最后,我不得不纠正你“make_nii”不会将图像转换成任何扩展。从一天只会让一个NIfTI结构矩阵和其他一些参数(立体像素大小、发起者、数据类型,等等)。请仔细检查帮助,确保你知道如何使用它。

如果你有进一步的问题,请写得更具体(如列出一个点),所以我知道如何帮助你。

吉米

我看着这些链接,尝试expand_nii_scan,恐怕我还不明白。我的文件已经nii扩展,当我使用扩大我得到另一个nii文件,我看不出区别,和我的原始文件,当我使用view_nii。

我发现使用make_nii img / hdr图像转换扩展,但我不能让它工作在我的文件与nii扩展。

Anne-Lene

嗨Anne-Lene:

没有愚蠢的问题。

是的。你可以用我的工具来看看NIfTI单独图像并将其转换到另一个数据类型。

因为NIfTI支持img金宝app / hdr和nii扩展,所以我的工具支持其中任何一个。

使用帮助命令最可以获得帮助。例如帮助make_nii。

有几个其他的资源,你可以得到帮助:
http://www.rotman-baycrest.on.ca/ ~吉米/ NIfTI
http://www.rotman-baycrest.on.ca/吉米/ NIfTI / FAQ.htm
http://www.rotman-baycrest.on.ca/吉米/ NIfTI / examples.txt

命令“expand_nii_scan”是用于打破多扫描NIfTI文件分成多个single-scan NIfTI文件,所以你可以看看他们分开。

如果你想转换编码器数据类型,您可以使用“save_nii”使用“make_nii”命令。如果您熟悉NIfTI结构,您可以修改“hdr。直接分钱”,然后用“save_nii”。

如果你有进一步的问题,请让它更具体,所以我可以帮助你。

吉米

这就跟你问声好！

我是一个初学者在使用nifti这可能看起来像一个愚蠢的问题,但我希望你能帮助我。

我已经打开我的mri图像,目前使用的前奏和他们现在nifti格式。我现在需要比较这些图像与图像,我打开的matlab使单机我自己了。

我可以用你的工具来看看nifti图像separatley也许将它们转换为另一种数据类型,我可以使用matlab ?

我在想也许你的提示帮助save_nii可以帮助我,但是我不知道如何使用它,我需要img / hdr文件而不是nii ?

我将会非常感激一些指导。

Anne-Lene

你好大卫:

我刚刚得到了研究这个问题的机会。

因为它太复杂load_nii修改”。m”加载特定片NIfTI和分析格式,我修改“load_untouch_nii。m”。这意味着,你将照顾图像定位根据头信息,因为“load_untouch_nii。m”不适用任何更改在HDR的IMG矩阵表示。

我希望这仍有可能以某种方式帮助你加载大数据集。

吉米

这是一个神奇的和非常有用的软件。

我在想如果有无论如何加载刚从分析和一个或多个特定片nifti格式吗?我知道这是直接从nii选择所需的片。img负载后,但我想避免的内存使用完整的4 d, 5 d, tsc负载。

谢谢你分享这个工作吉米

你好迈克尔:

首先,我想知道您可以重命名一个img文件.nii文件。NIfTI同金宝app时支持扩展,但对img扩展,您需要保存头在.hdr单独文件。所以没有办法让人“…重命名img文件.nii文件…”你说。

第二,我看着弗兰西斯卡的数据和图像数据的大小不匹配的大小标题中注明。对于这样一个文件,我无法想象任何软件可以处理它。

我很高兴看你的样品。请上传您的服务器,并把链接吗?

谢谢,
吉米

嗨弗朗西斯卡,吉米,

有趣,我和MRIcro遇到同样的问题。我找到了一个解决方案。如果MRIcro你保存roi作为一个单独的分析标题(而不是嵌入头),那么它将与MRIcro开放。然而,这仍然不是开放与吉米的工具。然而,如果你重命名.nii img文件,那么两个吉米的工具将会加载它。

吉米,我很高兴电子邮件如果你想要一些有限的样本图像。

迈克尔

小薇:你好

谢谢你的速度。

当你使用“load_untouch_nii。m”,只是加载img和hdr,但不适用任何更改(例如scl_slope、仿射矩阵等)表示的头。因此,我总是建议人们使用“load_nii。在大多数情况下m”。请检查“load_untouch_nii的描述。m load_nii“&”。米”http://www.rotman-baycrest.on.ca/ ~吉米/ NIfTI。

你是对的,意想不到的价值是由“scl_slope”参数,这是正确应用当您使用“load_nii.m”。但是,我不确定你是否已经注意到,这是一个辐射图像,即对lh和RHS离开。在这里,L /左/ RightHandSide RHS手段。

当你使用“load_nii。m”,它将会做所有的适当的翻转和旋转头根据仿射矩阵,总是会和img在RAS方向(即x: L - > R, y: P - >, z:我- >)。在特定的情况下,而不是使用[32 32 23],您应该使用[33 32 23],因为x轴是翻转,即new_x = max_x》(64)——old_x (32) + 1 = 33。

其他软件可以选择这么做以适当的标记在轴向/矢状面和冠状视图,例如目前。

请让我知道如果你有进一步的问题。

吉米

你好吉米,

你是对的,我试着打开.nii文件MRIcro和对预期头尺寸出现错误。wrog步骤可能是当我试图出口.roi .nii,但实际上没有别的办法MRIcro。我将尝试找到其他方式!

非常感谢你的帮助,再次感谢你的nifti工具!

弗朗西斯卡

好吧我想我找到了缩放参数:hdr.dime。scl_slope hdr.dime.scl_inter。现在我知道这些包是如何工作的,我可以扩展立体像素强度,如果我想要的。粗略的问题,对不起,谢谢你的好工具!魏

你好吉米,

当阅读nifti文件我发现立体像素灰度值与其他工具不同。我所做的是:
——“没有接触载荷”文件:fmri_mean = load_untouch_nii (…/ meanfM00223_004 ');
——打印体素值mri_mean.img(32岁,32岁,23)。值是9506。
——但当我打开与fslview相同的文件,我发现同样的体素都有不同的价值。和其他像素点也不同。fslview快照。因为在fslview dim-1立体像素坐标从0开始,相同的体素在fslview协调[31日31日22]。

——使用应用程序“imageview”从itk,并与fslview发现体素值是相同的。还附加快照。同样fslview坐标是(31日31日22)同样的体素。

——检查nifti文件目前工具的头“fslhd”:
数据类型4
nbyper 2
bitpix 16

这意味着int16。

在matlab—fmri_mean结构,发现数据类型是4:
数据类型:4
bitpix: 16

但是为什么你nifti工具给不同的灰度值与其他包吗?我把所有快照和nifti文件www.sci.utah.edu/ weiliu / q01 /供你参考。

这是优秀的工具。谢谢!
魏

对不起没有评级这早....

弗兰西斯卡:你好

首先,非常感谢你的评级,我真的很感激。

看来“lCC_19850624TRTN_2x2x2_b1000_a_fa。nii”损坏。你试着打开它MRIcro下成功?如果是这样,请上传这个文件,让我看一看吗?

此外,从你发布错误消息,看来,您使用的是旧版本的工具。我注意到这行号显示的错误。然而,我仍然相信,造成的错误是破坏形象。

请让我知道,
吉米

亲爱的吉米,

我只是一个初学者,这一切“nifti成像世界”但我已经做了足够的理解,你做了一个非常伟大的和智能的工作!谢谢!

嗯,我有一个问题与加载.nii文件。(通过出口与MRIcro .ROI文件)。我会发布我的错误:

% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %

> > ROI = load_nii (“lCC_19850624TRTN_2x2x2_b1000_a_fa.nii”);
? ? ?错误使用= = >重塑
重塑元素的数量不能改变。

= = > load_nii_img > read_image误差为266
img =挤压(重塑(img, [hdr.dime.dim(2:4)长度(img_idx))));

错误= = > load_nii_img享年62岁
[img, hdr] = read_image (hdr、文件类型、fileprefix、机器、img_idx old_RGB);

错误= = > load_nii享年66岁
[nii.img, nii。hdr) =…

% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %

你能帮我吗?

非常感谢,所有最好的!

弗朗西斯卡

嗨,亚历克斯:

从理论上讲,与头信息,这片是可行的折叠/展开除了扫描折叠/展开。目前,我没有找到这样的一个工具,但在未来可能会考虑你的建议。

谢谢你的反馈。
吉米

嗨Wen-Tung:

这个问题可能是在一个模块ImageJ所使用。我试着MRIcron,像你描述的相同的结果。即当hdr.dime。数据类型= 32 & hdr.dime。bitpix = 64,它不支持。金宝app当hdr.dime。数据类型= 64 & hdr.dime。bitpix = 128,它的工作原理。

为了确保数据类型分析格式应该支持,我双检查分析文档:金宝app
http://eeg.sourceforge.net/ANALYZE75.pdf
它说,分析格式应该只支持32/64,而不是64/128。金宝app

我也试过其他流行像AFNI软件。事实证明,由AFNI 32/64。金宝app当我试着64/128,它抱怨“不支持的数据类型分析= 64”,这是正确的。金宝app

因此,如果你要使用数据类型= 32复杂,你必须找到正确的软件使用。AFNI就是其中之一,我刚刚测试。

所有最好的!
吉米

亲爱的吉米,

我想使用电脑创建大型NIfTI文件相对较小的内存。为此,似乎我可以一次处理多个切片,然后与collapse_nii_scan后处理。这似乎有点笨拙,我猜它也相信倒塌的部分是一个时间序列而非缝合在一起的一个大卷?有一个工具来流片到一个NIfTI文件,假设我可以提供一些头信息从一开始吗?

谢谢,
亚历克斯。

谢谢你的注意,吉米。
首先,对不起,我没写清楚在我之前的帖子。从国家卫生研究院ImageJ是一个免费软件(http://rsbweb.nih.gov/ij/index.html),有大量的用户在社区医疗成像。ImageJ插件(http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/index.html),可以打开/保存图像分析格式。我试图拯救MRI图像,经过一些处理使用Matlab脚本,分析格式使用ImageJ并查看它。
我试着你的很好的例子,它工作得很好。然而,尚不清楚我为什么ImageJ不能读取输出文件。使用数据类型= 64,ImageJ可以读取文件,但这并不是正确的数据类型有正弦调节整个图像。
谢谢你！
Wen-Tung

嗨Wen-Tung:

首先,谢谢你的评级。

你的脚本是正确的,但我没有得到任何错误消息。你说“…试图阅读试卷。使用ImageJ img,……”。这是一个错误吗?

这里有一个例子,我测试,你可以重复这个过程:

% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %
img1 =兰德(3)
img2 =兰德(3)
myMat =复杂(img1 img2)
数据类型= 32;
安娜= make_ana (myMat,[][],数据类型);
save_untouch_nii (ana, C: \ \测试数据);
安娜= load_untouch_nii (C: \ \测试数据)
nii = load_nii (C: \ \测试数据)
% % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % %

你收到错误消息在测试上面的脚本?

吉米

嗨,吉米:
我试图拯救comlpex 2 d矩阵(核磁共振图像)分析格式使用脚本:
数据类型= 32;
安娜= make_ans (myMat,[][],数据类型);
save_untouch_nii (ana, C: \ \测试数据);
当试图阅读测试。使用ImageJ img,它给了错误消息“32数据类型不支持”。金宝app
是我没有正确使用脚本?
谢谢你！
Wen-Tung

你好,玛尔塔:

你是怎么创建NIfTI文件?这里有一个例子reproducable:

nii = make_nii兰德(91109、91)* (255);
max (nii.img (:))
save_nii (nii mynifti.nii)

正如你所看到的,体素的最高价值是没有设置为1,你可以打开“mynifti。nii”与任何NIfTI兼容的工具。

请随意问任何问题。

吉米

嗨。

项目是伟大的,但我似乎与这个程序创建NIFTI文件有问题。NIFTI创建文件通常是完全空白,只有最高像素值设置为1。这可以通过改变排序inout矩阵的规模(即所有的价值乘以100),但很难确定合适的比例是所有图片当我不知道这个错误背后的机制是什么。

你有一个想法,可以吗?

非常感谢,
玛尔塔

嗨Prateep:

当你加载一个图像文件,例如:
nii = load_nii (“yourimg.nii”)

nii.hdr.dime.pixdim(2:4)将宽度、高度和深度的体素。

如果你把它和view_nii (nii),单击菜单“视图”,然后单击“图像信息”,“体素的大小”的宽度、高度和深度的体素。

因为分析& NIfTI形象应该有相同的体素的大小对所有像素点在图像,最大和最小的尺寸应该是一样的。

体素从原点的距离可以通过减去价值与价值“(某某)在起源”“(某某)在十字”。从起源毫米的距离,因为“XYZ在起源”是价值[0 0 0],你可以阅读价值”(某某)在十字”。

请随时问更多的问题,

吉米

你好吉米,

我们如何能找到最大和最小深度、宽度和高度在3 d .nii图像使用工具,假设图像是在RAS取向?

另外,使用这个工具,我们能找到一个像素的距离从原点?请在这方面给一些提示。

图片我现在使用的是“avg152T1_RL_nifti。nii”和“avg152T1_LR_nifti。nii”http://nifti.nimh.nih.gov/nifti-1/data。

谢谢,
Prateep。

嗨,克里斯:

谢谢你的反馈。我有固定的问题。相反,如果使用nii.img =双(nii.img);我只做三个2 d图像显示的两倍。如果原始类型是uint8,我将离开它。

再一次,谢谢你的反馈。我刚刚上传了新项目,你可以在这里看到它下个星期。

吉米

嗨Pieter:

那是因为你把我的默认“宽容”的优势,它允许10%失真。你可以用我的“reslice。m”计划,并指定体素的大小正是你想要的。

Jiimmy

你好吉米,

你可以忽略我之前的问题,我做了你网站上阅读FAQ……
我希望你能有时间来更新/扩展程序,非常有用。

Pieter

你好吉米,

我有一些问题用头和你的好工具。

当我加载4 d nifti文件头load_nii_hdr和比较它与使用load_nii .hdr字段的标题,我得到不同pixdim值:
load_nii_hdr:

nifti_hdr = load_nii_hdr (“nifti_file”);
nifti_image = load_nii (“nifti_file”);

nifti_hdr.dime。pixdim[1 4.5313 4.5313 4.5000 200年1 1 1)
nifti_image.hdr.dime。pixdim[1 4.5212 4.5312 4.4900 200年1 1 1)

pixdim数组的区别是[0 0.01 0.01 0 0 0 0 0]

我发现了一个bug或有一个错误在我的脑海里?

Pieter

嗨,吉米

似乎有一个问题在view_nii当使用数据(本地)在单格式。当我切换到“插值函数”并单击面板,弄把十字准线的其他面板空白,我看到“警告:CData必须双或uint8…”在我的matlab提示。我可以解决这个问题通过类似:

nii.img =双(nii.img);

没有其他问题到目前为止,很多谢谢你的好软件!

克丽丝

嗨,吉米

我有一个问题关于执照。matlab前端说这是BSD许可,所以你license.txt。然而,一些文件(包括load_nii。m和save_nii.m)包含线

%的一部分GNU许可下这个文件复制和修改
澳大利亚弗林德斯大学% MRI_TOOLBOX CNSP开发的

在我看来,这些文件应该由分布式GNU许可证。你能澄清吗?对不起,给你添麻烦了。

克丽丝

嗨,麦迪:

是的,它很容易和我的工具。下面是步骤:

1。加载nii文件;
2。找到一个未使用的强度水平。如果不可用,添加另一个水平;
3所示。发现指数在连续的圆和圆片;
4所示。马克的值在步骤2中选择;
5。创建一个colormap文件;
6。认为大脑圈;

创建圈子里如果你仍然有问题,请将2 nii文件上传到您的ftp服务器。第一个nii文件应该是原来的体积,第二个应该是最初的圆。也请告诉我什么你想要画圆片,和你想要什么颜色的圆圈。我将回复你修改nii包含圆圈。

吉米

你好吉米,

和一个非常有用的一个奇妙的东西!我将很高兴知道我可以用它为我的具体情况。

棒状观察室我们插入头骨显示为一个圆的一些初始的MRI片。我想做的是圆的精确轮廓投射到其他一些更深层次的片,这样它就可以被发现,完全的投影室在于连续切片。因此,该地区将包围如果棒状室进一步插入里面也可以找到。简单地说,这就像覆盖一个圆的直径和位置在每个连续的指定部分。

我试着做它与圆view_nii函数保存在jpeg / .fig格式,给图处理和nii,使用视图的帮助部分中描述的功能。但我有麻烦人物属性,尤其是“设置”功能。我得到错误几乎在每一个图属性,从“菜单栏”在291程序中的行号。我是一个初学者在matlab。我是惊讶我可以使用其他功能,这就是为什么我说你的文件是用户友好。我很乐意知道我可以这么做…

总之,我想知道的是,如果有一种方法绘制一个圆,(给定半径和位置的坐标),连续切片。

你好,妮可:

交流的定义来源:
http://en.wikipedia.org/wiki/Anterior_commissure

为了使用make_nii。m’,你已经有了一个三维矩阵,你只能告诉AC起源到你的眼睛,而不是任何转换。

因为“make_nii生成的数据。m的RAS取向,负z坐标是向下,即z坐标是不如优越。

吉米

你好吉米,

对不起重复我的问题,但AC的条目的起源仍不清楚对我来说,主要是因为我不知道是什么意思“AC起源”。

我现在知道,体素被计算在毫米)(不是地位。现在,它的起源问题相关的x, y, z抵消的板片在大脑中(即抵消时定位片的扫描),还是原点的板内片本身?我相信是前者。

如果是前者,那么我不知道为什么它必须是相对于img(1, 1, 1),而不是整个板的抵消。我抵消在毫米读出,相位编码,切片方向。我可以将这些值转换成数字压?

最后,是z坐标-向上,向下或消极?(即一个更优越的部分会有一个更大的负z坐标比劣质片)

作为边注,我只使用make_nii和save_nii,然后分析目前的数据。

希望我这次让我困惑清晰。谢谢你的帮助,

妮可

你好,妮可:

第一:“起源”make_nii参数”。m的体素,这是相对于第一次的体素img的参数,比如img (1 1 1);

第二:它将更加明确,如果我用一个例子来解释这个问题:

img = 125:249;img =重塑(img [5, 5, 5]);
nii = make_nii (img, (1, 1, 1), [3, 3, 2]);
view_nii (nii);

是的,我们知道AC起源意味着在毫米(0 0 0)。但是,你必须告诉NIfTI数据你[0 0 0]毫米,所以别人也可以知道它当他们打开NIfTI数据。因此,参数“起源”只能用体素表达定位你的3 d矩阵的确切位置是交流。

吉米

你好吉米,

你的代码已经对我非常有用;我一直使用make_nii和save_nii。我的问题是关于AC make_nii起源。首先,我认为坐标应在毫米,体素的大小。然后,我想知道AC起源是指中央部分的位置。如果是这样,对三坐标(指轴向片)、负(例如-20年)表明,一个向上翻译(即更优越的片)?这是我习惯的约定,但我不确定它适用于make_nii。

谢谢!

妮可

这些都是伟大的工具,用于阅读和写作NIfTI -我所有项目的核心部分和很好地支持。金宝app谢谢。

请取出”:“下面的链接,需要你一个无效的页面。

两个示例数据集提供下NIfTI网站http://nifti.nimh.nih.gov/nifti-1/data:“avg152T1_LR_nifti。nii”和“avg152T1_RL_nifti.nii”。
而http://nifti.nimh.nih.gov/nifti-1/data是一个非常好的和翔实的页面。
谢谢。

经过粗略的检查这似乎是一个很好的工具。

我用这所有的时间。我的岩石。

斯特拉,

下面是答案:

1。它是正确的,”nii_002.original.hdr.hist。或iginator" is [256 0 0 0 0], because "t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0" is in Analyze 7.5 format and "001" is in NIfTI format that does not have obvious "originator" field. please let me know if you are still not clear.

2。“nii_01.hdr.dime。xyzt_units”只是一个信息字段。当它是1,xyz在“米”;当它是2,xyz在“毫米”;当它是3,xyz“微米”;当它是0,xyz单位是未知的,只能由作者解释。我不知道为什么这个领域帮助你,并且想知道它是正确的。

3所示。很奇怪,你有“(2 2 2 0 0)”“nii_002.hdr.hist.originator”。我需要看一下这两个“t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0。img / hdr”&“001。img / hdr”为了进一步回答这个问题。请上传到您的FTP站点和发送我链接吗?

1。我已经手动设置nii_01.hdr.dime.xyzt_units = 2;现在可以通过freesurfer转换。谢谢!
2。另一个问题可能是由于大端字节序的创建及分析图像,虽然这个工具箱编写新的分析文件与小端字节序。我不知道如何解决它。

对不起。

2。在nii_002 nii_002.original.hdr发起者。嗨st is [256 0 0 0 0], while it is [-2 -2 -2 0 0] in nii_002.hdr.hist.

亲爱的大家:

我找到了followingproblems使用这个工具箱。
数据:t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0。从brainweb rawb下载,然后转化为分析格式(t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0。img和t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0。hdr)(没有* .mat)。

应用程序:

nii_001 = load_nii (“t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0”, [], 1)
save_nii (nii_001, ' 001 ', 1);
nii_002 = load_nii (“001”, [], 1)

预计的标题信息应该是相同的,但有以下的区别:

1。在nii_001 nii_001.original.hdr发起者。嘘nii.hdr一样。嘘,(0 0 0 0 0)。

2。在nii_002 nii_001.original.hdr发起者。嗨st is [256 0 0 0 0], while it is [-2 -2 -2 0 0] in nii_001.hdr.hist.

3所示。t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0的起源。img MRIcro所示[0 0 0],001年的起源。img MRIcro所示(2 2 2)

4所示。rot_orient = [], flip_orient nii_001.hdr = []。嘘,nii_002.hdr。嗨st, but not in their origianl header.

5。当001年。img转化为*。mgz FreeSurfer,错误信息如下

mri_convert。/源自/ 001。img /源自/ 001. mgz
阅读/源自/ 001. img…
作为两个文件信息:阅读NIFTI
nifti1Read():未知的空间单位0。/源自/ 001. hdr

非常感谢你的帮助,如果有人可以帮助解决这个问题。

最好的问候,
斯特拉,

大带宽、南洋Technoligical大学
新加坡,

我的最佳工具用于分析图像阅读和写作。非常感谢你的贡献和分享。

(可能的)错误报告:

好工具箱加载、保存和查看分析图像先生。谢谢你改善它的时候。

我想报告一个可能的错误在20070426版本。

当浏览一个4维图像使用view_nii,“十字价值”和“光标”价值总是显示第一个3 d体积的价值。

view_nii。m L3036,代码' imgvalue =双(img(凹陷、软木、axi));“让imgvalue总是第一个3 d体积的价值。

好工具箱中的甲酸查看Nifti文件MATLABe especillay当你处理在目前和你想在MATLAB解释
谢谢

最好的工具我发现阅读动态分析文件

你好吉米,

你的软件是非常有用的。感谢你的报价。

你能请注明(1)如何覆盖2或3其他图像一起,(2)如何选择不同的阈值?

谢谢提前

rhuang

非常有用,做得好。支持复杂的数据类型呢金宝app?

data_type scl_slope受到怎样的影响?

你好格:

谢谢你寄给我的网址。乔纳斯处理“scl_slope”的方法是将图像数据类型转换为“双”,这是讲得通的,虽然它没有指定NIFTI文档(参见下面的URL):http://nifti.nimh.nih.gov/nifti-1/documentation/nifti1fields/nifti1fields_pages/scl_slopeinter.html

我修改“xform.m”。所以它将图像数据转换为“双”的情况下,使用“scl_slope”。我更新这个文件MATLAB中央文件交换和NIFTI_20060307很快就会出现。

再次感谢你宝贵的输入,

吉米

- - - - - - - - - - -原始消息

你好吉米,

谢谢你回到我。不幸的是其他东西必须是错的在这种情况下,由于Matlab的图像只有0或1的值,在图像查看FSLview或SPM的值在0和1之间,uint8图像类型。

最好的,
霍利尔。

从NIFTI hdr原始信息怎么走吗?

你好格:

非常感谢您的输入。

其实“scl_slope”和“scl_inter”参数正确
阅读并应用于“img”变量输出的NIFTI结构(见
“xform_nii。m”文件):nii。img = scl_slope *双(nii.img) + hdr.dime.scl_inter;

显示“hdr.dime的原因。scl_slope”为零是我的一个特色
包中。这表明“img”变量已经被修改。你
也可以发现“hdr.hist。qform_code”和“hdr.hist。sform_code”将
适当的仿射变换后设置为0。

“hdr”的初始值可以很容易地发现:hdr =
load_nii_hdr(文件名);你应该有正确的值(0.003922)。

吉米

- - - - - - - - - - -原始消息

你好吉米,

我发现你NiFTI工具箱非常有用,但我有一些
问题的一些数据存储在uint8 .nii比例因子。
数据加载出现在二进制图像,和的值
nii.hdr.dime。scl_slope是0,而不是正确的值
(0.003922),我可以看到从目前使用如spm5或avwhd。

非常感谢你能提供任何帮助,

霍利尔。

嗨亨利:

这是一个高级功能,它已经包含在工具箱。

这是简短的指南使用此功能:

1。使用“安娜= load_nii (ana.img)”将分析图像加载“安娜”结构,并确保变量”安娜。img”要么是“单身”或“双”。如果没有,使用第二步转换它。

2。将变量”安娜。img”到“单身”,您需要使用“make_nii”命令:“安娜= make_nii (ana。img, ana.hdr.dime.pixdim (2:4) ana.hdr.hist.originator (1:3), 16)”。

3所示。使用“打= load_nii (thresh.img)”将阈值图像加载“推敲”结构,并提取其价值和索引来“选择”结构:“opt.setvalue。idx =找到(thresh.img);opt.setvalue。val = thresh.img(找到(thresh.img));。你可以看到更多的细节,使用“setvalue”命令:“帮助view_nii”。

4所示。其他值添加到“选择”结构:“opt.command =“init”;opt.useinterp = 0;”。

5。情节阈值图像与置于下面的分析图像命令:“view_nii (ana,选择);“。

6。不要点击“插值函数开/关”菜单。它不正常工作。如果你想看到内插一个,使用:“opt.useinterp = 1;view_nii (ana、选择);”。

请让我知道如果你可以画出你的阈值图像置于下面的图像分析。

吉米

- - - - - - - - - - -原始消息
我最近一直在使用Matlab的Nifti工具箱,想知道是否有可能一个阈值图像的叠加到图像分析。实际上这意味着所有0值的阈值图像应该是透明的,这样可以看到底层功能形象。

提前谢谢你的帮助,让这样一个有用的工具可用!

你的真诚,

亨利Lutcke

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我大毛皮Biophysikalische研究所化学吗

点Fassberg 11

37077年哥廷根

德国

嗨,安妮塔:谢谢你的反馈。然而,我检查,但没有发现任何问题与非整数数据类型加载或保存nii文件。例如,您可以下载一个典型NIFTI数据(zstat1.nii):http://nifti.nimh.nih.gov/nifti-1/data这个文件是在单(float32)数据类型。您可以使用:输出nii结构nii = load_nii (“zstat1.nii”),和输出到一个新的文件使用:save_nii (nii newfile.nii”)。如果你仍然有问题,请邮件我,让我看看你的数据。

这个程序好当我工作输出nii文件作为int,但是当我输出nii unint文件,图像的扭曲。