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fitVirusCOVID19

版本5.2.1 (8.04 MB 米兰巴蒂斯塔
SIR模型对冠状病毒COVID-19疫情评价的估计

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更新2020年5月12日

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函数fitVirusCV19实现了易感感染去除(SIR)流行模型,用于估计流行评估。假定该模型是对单阶段流行病的合理描述。特别是,该模型假设人口恒定,人群混合均匀,感染者被清除的可能性相同。这个模型是数据驱动的,所以它的预测和数据一样好。预测随着新的或变化的数据而变化。官方宣布的疫情爆发与节目报道的疫情爆发没有任何关系。程序指示数据足以计算初始近似值的开始日期。

对于那些不熟悉流行病模型的人,我们建议阅读以下文章:https://en.wikipedia.org/wiki/Compartmental_models_in_epidemiolog
http://www.maths.usyd.edu.au/u/marym/populations/hethcote.pdf,https://web.stanford.edu/~jhj1/teachingdocs/Jones-on-R0.pdf

模型参数通过目标函数的最小化得到,目标函数为值的残差平方和和和。总和的权重是自动选择的。优化工具箱函数fminsearch用于计算未知模型参数的最优值。如果计算失败,则只绘制数据。

该稿件包含阿根廷、奥地利、比利时、巴西、加拿大、克罗地亚、中国、捷克共和国、丹麦、德国、匈牙利、法国、冰岛、印度、印度尼西亚、伊朗、意大利、日本、荷兰、挪威、波兰、葡萄牙、罗马尼亚、俄罗斯、斯洛伐克、塞尔维亚、斯洛文尼亚、韩国、西班牙、瑞士、土耳其、英国、美国和世界(截至2020年4月28日)的冠状病毒数据。

在流行病学评价图上,地区用颜色区分流行病学阶段(这些不是标准的,而是为了方便而随意选择的):
红-快生长期
黄色-过渡到稳态阶段
绿色结束阶段(平台期)

在总病例图上,裕度为+/-3*RMSE;在每日新增病例图上,裕度为+/dRMSE。

在每日病例增长因子图中,1%(绿色)和5%(红色)这两条线仅为方向原因而显示。

结果保存在结构res中(请参阅函数fiVirusCV19报头)。可选的结果可以由打印

fitVirusCV19 (@getDataXXX,“打印”,“上”)

其中XXX代表国家名称。当回归失败时,只绘制数据。人口数量限制在1200万。您可以通过名称/值对更改上限:

fitVirusCV19 (@getDataXXX nmax, nmax)

如果最终预测值过高或超过该国人口,请使用此选项。

要从图上的图形中排除增长率,请使用(def值为3)

fitVirusCV19 (@getDataXXX nsp, 2)

函数分析secv绘制了接触数(sigma)、Cend(流行规模)、N(初始易感人群规模)的评估图。分析XXX国自疫情发生后10天内的数据

analyseCV19 (@getDataXXX, 10)

免责声明:软件和数据是用于教育,而不是用于医疗或商业用途。该模型在某些情况下可能会失败。特别是,模型可能是不充分的;该模型可能在初始阶段以及在遇到其他流行阶段或疫情(SIR模型未描述)时失效。请自行决定使用它。
本数据仅用于演示fitVirusCV19的操作。FitVirus和展示的演示数据仅用于教育和学术目的,不应用于医疗目的和商业。它们是按原样提供的,任何明示或默示保证,包括但不限于对适销性和适合特定目的的默示保证。

数据来源
https://ourworldindata.org/coronavirus-source-data
https://www.worldometers.info/coronavirus/coronavirus-cases/#case-tot-outchina
https://en.wikipedia.org/wiki/2019%E2%80%9320_coronavirus_pandemic_by_country_and_territory
实际的数据来源是对应getData函数中报告的每个国家的数据。

新:importTotalCases函数读取和生成数据从< ourworlddindata >数据文件(由Igor Podlubny)

更详细的描述可以在
https://www.researchgate.net/publication/339311383_Estimation_of_the_final_size_of_the_coronavirus_epidemic_by_the_SIR_model
例子可以在
https://www.researchgate.net/publication/339912313_Forecasting_of_final_COVID-19_epidemic_size_200318

引用作为

米兰·巴蒂斯塔(2021年)。fitVirusCOVID19(//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/74658-fitviruscovid19), MATLAB中央文件交换。检索

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