samread

从山姆读取数据文件

语法

SAMStruct= samread (文件) (SAMStruct,HeaderStruct)= samread (文件) …= samread (文件”,ParameterName”,ParameterValue)

SAMStruct= samread (文件)读取SAM-formatted文件并返回MATLAB中的数据^®数组的结构。

(SAMStruct,HeaderStruct)= samread (文件)返回校准和标题数据在两个独立的变量。

…= samread (文件”,ParameterName”,ParameterValue)接受一个或多个以逗号分隔的参数名称/值对。指定ParameterName在单引号。

`文件`	特征向量或字符串指定一个文件名,SAM-formatted文件的路径和文件名,或SAM-formatted的文本文件。如果你仅指定一个文件名,文件必须在MATLAB搜索路径或在当前文件夹。

`标签`	控制可选的阅读标签除了前11场中每一个对齐SAM-formatted文件。的选择是`真正的`(默认)或`假`。
`ReadGroup`	特征向量或字符串指定的阅读组ID读取校准记录。默认是所有组织阅读记录。提示的阅读列表组(如果存在),返回在一个单独的标题信息`头`结构和视图`ReadGroup`在这个结构。
`BlockRead`	标量或矢量控制单个序列条目的阅读或块序列条目从SAM-formatted文件包含多个序列。输入一个标量`N`,阅读`N`输入文件中。输入一个1×2向量(`M1, M2`),开始读一块条目`M1`条目和结束`平方米`条目。读文件从所有剩余的条目`M1`入口,输入一个积极的价值`M1`并输入`正`为`平方米`。

SAMStruct

一个N1阵列的结构包含序列比对和从SAM-formatted文件映射信息,N是对齐的数量记录存储在SAM-formatted文件。每个结构包含以下字段。

场	描述
`QueryName`	阅读顺序(如果未配对)名称或名称的顺序(如果配对)。提示您可以使用此信息来填充`头`BioMap对象的属性。
`国旗`	整数表示的位操作信息指定每个11旗帜的状态所描述的山姆格式规范。提示您可以使用`bitget`函数来确定特定的山姆国旗的状态。
`ReferenceName`	参考序列的名称。
`位置`	向前引用序列的位置(从抵消),最左边对齐的基础阅读序列的开始。
`MappingQuality`	整数指定映射质量分数的阅读顺序。
`CigarString`	CIGAR-formatted特征向量代表如何读取序列与参考序列。
`MateReferenceName`	参考序列与伴侣相关的名称。如果这个名字是一样的`ReferenceName`,那么这个值`=`。如果没有伴侣,那么这个值`*`。
`MatePosition`	向前引用序列的位置(从抵消),最左边对齐的基础阅读序列开始的伴侣。
`InsertSize`	读取之间的基地位置数序列及其配偶,当两者都映射到相同的参考序列。否则,此值`0`。
`序列`	特征向量包含读这封信表示的序列。是reverse-complement如果读取序列对齐参考序列的反向链。
`质量`	每个基站的特征向量包含ASCII表示质量分数的阅读顺序。质量分数逆转如果读取序列对齐参考序列的反向链。
`标签`	适用的山姆标签列表和它们的值。

HeaderStruct

结构包含SAM-formatted文件头信息在以下领域。

场	描述
`头`*	结构包含文件格式版本,排序顺序和组订单。
`SequenceDictionary`*	结构包含: 序列的名字序列长度基因组装配标识符序列的MD5校验和 URI的序列物种
`ReadGroup`*	结构包含: 阅读组标识符样本图书馆描述平台单元预测中值插入大小测序中心日期平台
`程序`*	结构包含: 程序名版本命令行

*——这些结构和字段出现在输出结构中只有山姆文件。这些结构中的信息取决于山姆文件中的信息。

读头信息和对齐的数据ex1.sam文件包含在生物信息学工具箱™,然后返回的信息在两个独立的变量:

[数据头]= samread (“ex1.sam”);

读一块条目,不包括标签,从ex1.sam文件,然后返回一个数组的信息结构:

%读条目5 - 10和不包含标签数据= samread(例1。山姆”、“blockread”10[5],“标签”,假);

使用saminfo函数来调查的规模和内容SAM-formatted文件之前使用samreadMATLAB函数将文件内容读入数组的结构。
如果你SAM-formatted文件使用可用内存太大阅读,尝试以下之一:
- 使用BlockRead参数与samread函数来读取条目的一个子集。
- 创建一个从SAM-formatted BioIndexedFile对象文件,然后使用的方法访问条目BioIndexedFile类。
使用SAMStruct输出参数,samread返回创建一个BioMap对象,它允许您探索、访问过滤器,和操作或数据的一个子集,在随后的分析之前或查看数据。

介绍了R2010a