主要内容

seqconsensus

计算共识序列

语法

CSeq= seqconsensus (seq)
(CSeq,分数)= seqconsensus (seq)
CSeq= seqconsensus (配置文件)
seqconsensus (…”,PropertyName”,PropertyValue,……)
seqconsensus (…”,ScoringMatrix',ScoringMatrixValue)

参数

seq 组用对齐的氨基酸或核苷酸序列。输入一个字符数组,字符串向量,单元阵列的特征向量,或数组的结构序列。
配置文件 序列剖面。输入一个概要文件的功能seqprofile。配置文件是一个矩阵的大小(20(或4)x序列长度)氨基酸的频率或数(或核苷酸)为每一个位置。配置文件也可以有21(或5)行如果差距都包含在共识。
ScoringMatrixValue

下面的:

  • 特征向量或字符串指定得分矩阵用于对齐。氨基酸序列的选择是:

    • “BLOSUM62”

    • “BLOSUM30”增加了5到“BLOSUM90”

    • “BLOSUM100”

    • “PAM10”增加了10到“PAM500”

    • “DAYHOFF”

    • “GONNET”

    默认是:

    • “BLOSUM50”——当AlphabetValue=“AA”

    • “NUC44”——当AlphabetValue=“NT”

    请注意

    上述评分矩阵,提供的软件,还包括结构包含一个比例因子,将输出的单位得分。您还可以使用“规模”属性来指定一个额外的比例因子将分数从位到另一个单位的输出。

  • 一个21 x21,5 x5,20 x20,或4 x4数字数组。gap-included情况下,差距分数(最后一行/列)设置意思是(诊断接头(ScoringMatrix))匹配与另一个缺口,缺口和设置意思是(nodiag (ScoringMatrix))差距匹配与另一个象征。

    请注意

    如果您使用您创建的得分矩阵,矩阵不包括一个比例因子。输出分数将返回相同的单位评分矩阵。

请注意

如果你需要编译seqconsensus为一个独立的应用程序或软件组件使用MATLAB®编译器™,使用向量矩阵而不是字符或字符串ScoringMatrixValue。

描述

CSeq= seqconsensus (seq),一组用一致的序列(seq),返回一个字符与共识序列向量(CSeq)。符号的频率(20.氨基酸,4核苷酸)序列的集合与函数决定seqprofile。模棱两可的核苷酸或氨基酸符号,频率或计数添加到组标准的符号。

(CSeq,分数)= seqconsensus (seq)返回保护的共识序列。分数计算得分矩阵BLOSUM50氨基酸或NUC44核苷酸。分数的平均得分之间的欧氏距离和m维共识价值象征。米字母的大小。共识值这个概要文件的加权评分矩阵。

CSeq= seqconsensus (配置文件)返回一个字符与共识序列向量(CSeq从序列剖面()配置文件)。

seqconsensus (…”,PropertyName”,PropertyValue,……)定义可选属性使用属性名称/值对。

seqconsensus (…”,ScoringMatrix',ScoringMatrixValue)指定了评分矩阵。

以下输入参数的函数seqprofile当字母是受限制的“AA”或“NT”。

seqconsensus (…“字母”,AlphabetValue)

seqconsensus (…“差距”,GapsValue)

seqconsensus (…“模糊”,AmbiguousValue)

seqconsensus (…“限制”,LimitsValue)

例子

seq = fastaread (“pf00002.fa”);[C, S] = seqconsensus (seq,“限制”,[50 60],“缺口”,“所有”)

另请参阅

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之前介绍过的R2006a

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