hmmdecode
隐马尔可夫模型后验状态概率
语法
PSTATES = hmmdecode(seq,TRANS,EMIS)
[PSTATES,logpseq] = hmmdecode(…)
[PSTATES, logpq,FORWARD,BACKWARD,S] = hmmdecode(…)
hmmdecode(…,“符号”,符号)
描述
PSTATES = hmmdecode(seq,TRANS,EMIS)
计算后验状态概率,PSTATES
的序列。seq
,来自隐马尔可夫模型。后验状态概率是处于状态的条件概率k在步骤我,根据观察到的符号序列,信谊
.你用一个转移概率矩阵来指定模型,反式
和发射概率矩阵,工作
.反式(i, j)
从状态转移的概率是多少我
州j
.工作(k, seq)
概率是那个符号吗seq
从状态发出k
.
PSTATES
数组的长度是否与seq
每一行代表模型中的每个状态。(我,j的第一个元素PSTATES
给出模型处于状态的概率我在j第一步,给定序列seq
.
请注意这个函数 |
[PSTATES,logpseq] = hmmdecode(…)
返回logpseq
,序列概率的对数seq
,给定过渡矩阵反式
发射矩阵工作
.
[PSTATES, logpq,FORWARD,BACKWARD,S] = hmmdecode(…)
返回按比例缩放的序列的正向和向后概率年代
.
hmmdecode(…,“符号”,符号)
指定发出的符号。符号
可以是符号名称的数字数组或单元格数组。默认的符号是整数1
通过N
,在那里N
是可能的排放量。
例子
Trans = [0.95,0.05;0.10、0.90);Emis = [1/6 1/6 1/6 1/6 1/6;1/10 1/10 1/10 1/10];[seq,states] = hmmgenerate(100,trans,emis);pStates = hmmdecode(seq,trans,emis);[seq,states] = hmmgenerate(100,trans,emis,…“符号”,{' 1 ',' 2 ',' 3 ',' 4 ',' 5 ',' 6 '})pStates = hmmdecode (seq,反式,工作,…“符号”,{' 1 ',' 2 ',' 3 ',' 4 ',' 5 ',' 6 '});
参考文献
[1] R.德宾,S.艾迪,A.克罗,G.米契森。生物序列分析.英国剑桥:剑桥大学出版社,1998年。