主要内容

addreaction(模型)

创建反应对象和模型对象

语法

reactionObj= addreaction (modelObj”,ReactionValue”)
reactionObj= addreaction (modelObj”,ReactantsValue”,“下载188bet金宝搏ProductsValue”)
reactionObj = addreaction (modelObj”,ReactantsValue”,RStoichCoefficients”,下载188bet金宝搏ProductsValue”,PStoichCoefficients)
reactionObj= addreaction (……”PropertyName”,PropertyValue…)

参数

modelObj SimBiology®模型对象。
ReactionValue

指定的反应方程。输入一个特征向量。之前连字符空间,其次是右尖括号(- >反应物)表示未来的产品。下载188bet金宝搏连字符和左和右尖括号(< - >)表示一个可逆反应。系数在反应物或产品名称必须遵循的空间。

的例子是“A - >”,“A + B - > C”,“2 A + B - > 2 C”,“< - > B”。输入反应与空间之间的物种。

如果有多个隔间,或者指定舱名称、使用compartmentName.speciesName资格的物种的名字。

的例子是的细胞质。- > cytoplasm.B”,的细胞质。- > nucleus.A”,的细胞质。+细胞质。B - > nucleus.AB '。
ReactantsValue 特征向量定义物种名称、单元阵列的特征向量,一个物种对象,或一个物种对象数组。如果使用名称、资格与舱名称如果有多个隔间。
下载188bet金宝搏ProductsValue 特征向量定义物种名称、单元阵列的特征向量,一个物种对象,或一个物种对象数组。如果使用名称、资格与舱名称如果有多个隔间。
RStoichCoefficients 化学计量系数为反应物,数组的长度等于长度ReactantsValue。
PStoichCoefficients 产品的化学计量系数、长度的数组的长度下载188bet金宝搏下载188bet金宝搏ProductsValue。

请注意

如果你符合任何物种的名字与一个隔间的名字,那么你必须限定每个物种与相应的隔间的名字。

描述

reactionObj= addreaction (modelObj”,ReactionValue”)创建一个反应对象,分配一个值(ReactionValue)的属性反应分配对象反应物种类(s),属性反应物,分配产品物种属性对象(s)下载188bet金宝搏,分配模型对象对财产的父。在模型对象(modelObj),这种方法分配反应对象的属性反应,并返回反应对象(reactionObj)。

reactionObj = addreaction (modelObj”- >“b”)

当你定义一个新物种的反应:

  • 如果没有隔间对象存在于模型,该方法创建一个对象(称为隔间”不愿透露姓名的”)模型并添加新创建的物种,隔间。

  • 如果只有一个隔间对象(compObj)存在于模型之后,该方法创建一个物种间对象。

  • 如果有多个隔间对象(compObj)在模型中,您必须符合该物种名称与舱名称。

    例如,cell.glucose表示您想要把物种命名葡萄糖进舱命名细胞。此外,如果舱命名细胞不存在,添加反应的过程创造了舱和名字吗细胞。

您可以手动添加一个物种间对象的方法addspecies。

您可以添加物种的反应对象使用方法addreactant或addproduct。您可以删除物种从反应对象的方法rmreactant或rmproduct。房地产反应修改,添加或删除物种的反应方程。

你可以复制一个SimBiology反应对象模型对象的函数copyobj。您可以删除SimBiology反应对象从SimBiology模型对象的函数删除。

您可以查看对象属性和额外的反应得到命令。例如,反应方程reactionObj命令可以查看吗get (reactionObj“反应”)。您可以修改其他反应对象属性的命令集。

reactionObj= addreaction (modelObj”,ReactantsValue”,“下载188bet金宝搏ProductsValue”)创建一个反应对象,分配一个值的属性反应使用反应物(ReactantsValue)和产品(下载188bet金宝搏ProductsValue)的名字,分配物种对象属性反应物和下载188bet金宝搏,分配模型对象属性父。在模型对象(modelObj),这种方法分配反应对象的属性反应,并返回反应对象(reactionObj)。化学计量值被认为是1。

reactionObj = addreaction (modelObj”,ReactantsValue”,RStoichCoefficients”,下载188bet金宝搏ProductsValue”,PStoichCoefficients)添加化学计量系数(RStoichCoefficients)为反应物的物种,和化学计量系数(PStoichCoefficients)产品种类属性化学计量学。的长度反应物和RCoefficients必须相等,长度下载188bet金宝搏和PCoefficients必须是相等的。

reactionObj= addreaction (……”PropertyName”,PropertyValue…)定义可选属性。属性名称/属性值对可以在任何格式支持的功能金宝app集。

请注意

如果你使用addreaction方法来创建一个反应速率表达式,并不是连续可微的,看到的使用事件处理规则和反应速率表达式的不连续性在模拟模型。

方法总结

反应对象的方法

addkineticlaw(反应) 创建动态法律对象和对象添加到反应
addproduct(反应) 产品种类对象添加到对象的反应
addreactant(反应) 添加物种对象作为反应物反应对象
copyobj 复制SimBiology对象和它的孩子们
删除 删除SimBiology对象
显示 显示的总结SimBiology对象
得到 得到SimBiology对象属性
getadjacencymatrix(模型) 从模型对象得到邻接矩阵
getstoichmatrix(模型) 得到化学计量矩阵模型对象
重命名 重命名对象和更新表达式
rmproduct(反应) 除去反应物种对象对象的产品下载188bet金宝搏
rmreactant(反应) 从反应物反应对象删除物种对象
集 SimBiology设置对象属性

产权总结

反应对象的属性

活跃的 显示对象在使用模拟
KineticLaw 用于显示动能法律ReactionRate
的名字 指定对象的名字
笔记 HTML文本描述SimBiology对象
父 显示父对象
下载188bet金宝搏 一系列的反应产物下载188bet金宝搏
反应物 一系列反应反应物
反应 反应对象反应
ReactionRate 反应速率方程反应对象
可逆的 指定是否可逆或不可逆反应
化学计量学 物种系数反应
标签 指定的标签SimBiology对象
类型 显示SimBiology对象类型
用户数据 指定数据与之关联的对象

例子

创建一个模型,添加一个反应对象和分配反应速率方程的表达式。

  1. 创建一个模型对象,然后添加一个对象的反应。

    modelObj = sbiomodel (“my_model”);reactionObj = addreaction (modelObj,“- > c + d ');

  2. 创建一个动态法反应对象的对象,类型“Henri-Michaelis-Menten”。

    kineticlawObj = addkineticlaw (reactionObj,“Henri-Michaelis-Menten”);

    reactionObjKineticLaw属性配置为kineticlawObj。

  3. 的“Henri-Michaelis-Menten”动能定律有两个参数变量(虚拟机和公里)和一个物种变量(年代),应该设置。设置这些变量,首先创建参数变量参数对象(parameterObj1, parameterObj2)名称Vm_d,Km_d和分配对象父属性值对kineticlawObj。

    parameterObj1 = addparameter (kineticlawObj,“Vm_d”);parameterObj2 = addparameter (kineticlawObj,“Km_d”);

  4. 设置动态法对象的变量名。

    集(kineticlawObj,“ParameterVariableNames”,{“Vm_d”“Km_d”});集(kineticlawObj,“SpeciesVariableNames”,{“一个”});

  5. 验证反应的反应速率表示正确的对象ReactionRate财产。

    get (reactionObj,“ReactionRate”)

    MATLAB的回报:

    ans = Vm_d * / (Km_d + a)

版本历史

介绍了R2006a

全部展开

另请参阅

|||||