请始终查看NIfTI_tools.pdf以了解详细说明和最新更新。
如果您对ANALYZE图像的左/右感到困惑,请阅读UseANALYZE.pdf。
你也可以通过FAQ.pdf找到实际的解决方案和实例。金宝搏官方网站
基本课程:
1.load_untouch_header_only。m:只加载NIfTI或ANALYZE文件的头部分。输入文件将被自动检测。对于NIfTI文件将返回NIfTI结构,对于ANALYZE文件将返回ANALYZE结构。
2.load_nii。m:加载N维NIfTI文件(其中N可以从3到7)或ANALYZE文件(其中N可以从3到4),并应用头部信息(如仿射几何变换,体素强度缩放等)到数据。如果您的文件超过3维(例如时间序列等),您也可以指定一个范围,只提取1或几个卷。
3.save_nii。m:保存由“load_nii. m”加载的N维NIfTI结构(N可以从3到7)。或由make_nii制造。m”,进入NIfTI文件。
4.make_nii。m:基于N维矩阵和其他可选参数(如voxel_size, origin等),制作N维NIfTI结构(其中N可以是3到7)。使用“save_nii”命令,可以将由“make_nii”生成的NIfTI结构保存到NIfTI文件中。
5.make_ana。m:基于3D矩阵和其他可选参数(如voxel_size, origin等)制作3D ANALYZE结构。使用“save_untouch_nii”命令,可以将由“make_ana”生成的ANALYZE结构保存到ANALYZE文件中,以便与某些ANALYZE only程序兼容。
6.reslice_nii.m:重新采样3D(或4D)NIfTI文件,或使用.mat文件中的仿射矩阵m分析文件,并将重新采样的数据保存到新的NIfTI文件中。该程序将以仿射矩阵为基础,该矩阵特别适用于具有非正交旋转或剪切的倾斜图像,这些图像不能用“load_nii.m”加载。您还可以指定体素大小等。只要记住在使用“reslice_nii.m”后不要进行切片时间校正,就不会产生负面影响。
7.pad_nii。m:在NIfTI结构中从六个方面中的任何一个填充体积,同时保持发起者、体素大小、数据类型和描述不变。在您使用reslice_nii之后,这个程序特别有用,因为新卷很可能有不同的维数。
8.clip_nii。m:在NIfTI结构中,从6个侧面中的任何一个截取体积,同时保持发起者、体素大小、数据类型和描述不变。在您使用reslice_nii之后,这个程序特别有用,因为新卷很可能有不同的维数。
9.view_nii。m:查看和编辑3D(或4D) NIfTI或分析结构,由“load_nii. m”加载。或由make_nii.m制作。激活图、ROI等可以叠加在背景图像上(见上图)。绘制的视图可以嵌入到现有的图形窗口中。如果您将其作为一个单独的程序使用,它还可以编辑图像的方向和体素值,查看体积直方图,并保存修改后的图像。
10.load_untouch_nii。m:加载N维NIfTI文件(N可以从3到7)或ANALYZE文件(N可以从3到4),但不应用头部指示的任何更改。警告:不要使用"view_nii. "以查看由load_untouch_nii.m加载的结构。
11.save_untouch_nii。m:保存由“load_untouch_nii. m”加载的N维NIfTI结构(N可以从3到7)或ANALYZE结构(N可以从3到4)。或由make_ana制作。m”转换成一个新的NIfTI或ANALYZE文件。如果不修改加载的数据集,则新保存文件中的头和数据应与原始文件中的头和数据相同。
其他项目:
1.collapse_nii_scan。m:将多个单扫描NIfTI或ANALYZE文件集成到一个多扫描NIfTI文件中。
2.展开\u nii\u scan.m:将多扫描NIfTI文件分解为多个单扫描NIfTI文件。
3.save_untouch_slice.m:将load_untouch_nii加载的部分切片保存回原始图像。您可以以任何方式处理这些切片矩阵,只要它们的尺寸不变。
4.get_nii_frame。m:返回NIfTI文件的时间帧数。
5.flip_lr。m:沿平面左右翻转NIfTI或ANALYZE文件,并将L-R翻转数据保存到NIfTI文件中。警告:请谨慎使用此程序,尽管您总是可以翻转它。
6.load_nii_ext。m:从NIfTI文件加载头扩展名。
7.mat_into_hdr。m:将旧SPM .mat文件中的仿射矩阵集成到它的。hdr头文件中。因此,ANALYZE文件被转换为带有更新后的.hdr头文件的NIfTI文件。
引用为
沈吉米(2021)。NIfTI和图像分析工具(//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image),MATLAB中央文件交换。恢复.
MATLAB版本兼容性
平台的兼容性
窗户 macOS Linux类别
标签
致谢
启发:核磁共振分析工具
受到启发的:PCG_unwrap_2D(ph_nii, ph_file, mask_nii, max_iter, epsi_con, N),MRIqual,BioImage套件网站,ExportPngInkscape(文件名,dpi,处理),MRI数据的参数化映射脚本,fMRIData工具,NIfTI工作室,多模态体积分割的可视化,西门子DICOM排序和转换到NIfTI,双相情感Colormap,生成合成功能磁共振成像数据,RAPID:扩散成像的常规保证管道,3D NIfTI数据查看器,秒到小时,分,秒,合成图像,create_mosaic.m,字段映射工具箱,查看MRI切片功能,加载和查看.NII文件的GUI。,DICOM-NIfTI转换器,用逐步聚类法寻找脑功能磁共振成像数据中的功能网络,大脑的统治者