编者按：此文件被选为MATLAB Central本周的挑选
Skeleton3D：一个3D二进制体积的并行中轴变薄
此代码计算任意三维二进制体积的3D中轴骨骼。这是一个优化的MATLAB实现在[1]中描述的同伦细化算法的。我们开发它来量化细胞过程中骨[2]的网络，但它应该在任何管状或丝状结构的图像的工作。一个例子体积（testvol.mat）被包括在内，与一个示例脚本（Test_Skeleton3D.m）沿。任何意见，更正或建议是非常值得欢迎的。
用法：
的skel = Skeleton3D（bin）中
其中的“bin”是3D二进制图象，而“skel中”只包含骨架的体素生成的图像，或
的skel = Skeleton3D（bin中，掩模）
掩盖在“掩模”所有前景体素从骨架化，例如保留某些结构在图像体积。
对于额外的净化，例如修剪短枝，请用我的Skel2Graph3D包MATLAB的文件交换。
该代码是由ITK执行由汉诺萨沃伊霍曼[3]和斐济/ ImageJ的插件由伊格纳西奥阿尔甘-卡雷拉斯[4]的启发。如果包括这在你自己的工作，请引用我们原来publicaton [2]。
菲利普Kollmannsberger 09/2013
philipk@gmx.net
参考文献：
[1]的Ta-芷李，兰加萨米·L·克什亚普和冲南储
“构建骨骼模型经由3-d内侧表面/轴变薄算法”。
计算机视觉，图形和图像处理，56（6）：462-478，1994。
[2] Kollmannsberger，Kerschnitzki等人，
“骨细胞的小世界：在骨lacuno，泪小管网络的连接组学”。
新物理学杂志19：073019，2017年。
引用作为
Kollmannsberger，Kerschnitzki等人，“骨细胞的小世界：在骨lacuno，泪小管网络的连接组学”。新物理学杂志19：073019，2017年。
评论和评级(26）
更新
| 1.12.0.1 | 更新后的基准 |
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| 1.12.0.0 | 固定标题 |
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| 1.11.0.0 | 挂github上 |
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| 1.1.0.0 | 全局变量去除称号，并寻求帮助增加H1线。对于清洗的噪声，如短的文物，请用我的Skel2Graph3D包。 |
MATLAB版本兼容性
平台兼容性
视窗 苹果系统 Linux的标签
致谢
您还可以选择从下面的列表中的网站：
欧亨尼奥Anselmino（查看资料）
谁能给我提供了eig3volume功能？
DJ（查看资料）
感谢您精彩的投稿！给我的研究的洞察力。我只有一个问题：由于代码使用中轴变薄，是认为中心线/骨架重合与局部峰值，其中本地峰是指值的阵列中发现由欧几里德距离当3D二进制图像上应用的变换？
杨蒂凡尼（查看资料）
您好，我发现，在3D图像使用简单的拓扑方法是非常有效的，但我在复杂的拓扑结构的血管图像中，提取效果不是很好，会出现判断失误，有什么好的解决办法？
科迪·克罗斯比（查看资料）
alphinĴ（查看资料）
喜弘，
我如何使用它从一个点云（集密曲线）获得曲线？
马丁DENK（查看资料）
您好菲利普，
在文件p_oct_label.m
您可以根据17两次检查的八分8邻接。
“”“”
IDX =立方体（：，17）== 1;
如果任何（IDX）
立方体（IDX，17）=标签（IDX）;
立方体（IDX，:) = p_oct_label（4，标签（IDX），立方体（IDX，:)）;
结束
“””
我想你可以删除其中之一。
需要多少努力成本产生像面骷髅[1]？
朱利安·范德Borght（查看资料）
谢谢回答我菲利普，我知道了！现在，我想要做的更多的东西。我有在它的容器的直径大小值的另一个文件（BMP格式），并且是相同的矩阵大小为3D-骨架，我获得的。我的想法是用一种颜色表，其中热值意味着大血管大小和蓝色的小血管大小，颜色的骨架点。任何想法，以帮助我在这个挑战将是greatfull我。谢谢！
亚历克斯COCCO（查看资料）
谢谢你，菲利普！
菲利普Kollmannsberger（查看资料）
@Alex：最简单的方法是计算使用bwdist（）在原始卷上的距离变换和乘以与最终骨架的结果。这应该给你存储为像素强度的局部厚度估计的骨架。
@Julien：这听起来像 “skel中” 不是一种逻辑的 - 尝试 “的skel =逻辑（skel中）”，或通过 “cands =零（宽度，高度，深度）;” 代替线42。
朱利安·范德Borght（查看资料）
我有以下的错误使用3D矩阵作为输入和全0和1的出现......你对我怎么能解决这个问题的任何想法？我真的不明白为什么会出现这条消息，因为我的矩阵已经被认为是合乎逻辑的，来自一个CT扫描的片...
利用虚假的“错误
输入以下“喜欢”不是一个逻辑阵列。
误差在Skeleton3D（线42）
cands =假（宽度，高度，深度， '喜欢'，skel中）;”
亚历克斯COCCO（查看资料）
有没有一种方法有局部厚度在沿骨架的每个点编码输出的估计？
莫琳·伯恩赛德（查看资料）
小玉福（查看资料）
功能很好，谢谢！
菲利普Kollmannsberger（查看资料）
我通过合并由大卫·德雷尔前一段时间做了一些bug修复和性能改进更新的代码。
菲利普Kollmannsberger（查看资料）
@Eric查德威克：你可以给我一个小的测试数据集或代码，你如何生成的数据？
埃里克·查德威克（查看资料）
效果很好，但我有一些奇怪的文物，当我与血管交叉的卷上运行此。我正在处理一个更大的血管系统的扫描，但在3个相交缸练习上。在交叉点处，该函数保留的汽缸的轮廓以及中心线。你知道这可能是为什么？
埃里克·查德威克（查看资料）
Sarun（查看资料）
露西·罗宾逊（查看资料）
这似乎是一个非常有用的功能！它可以处理的形状像一个圆环（甜甜圈），有洞？
谢谢
露西
菲利普Kollmannsberger（查看资料）
要删除短枝，请尝尝我Skel2Graph3D脚本还会在这里FEX。
轻微的方向性偏差可能会导致从该中轴不是唯一体素结构限定，但该错误不应该超过+/- 1体素的事实。
在最后一次更新中，H1线已添加和代码被清理了一下。
菲利普
威廉（查看资料）
是有用的，如果被包括最小分支长度（噪声去除）选项
亚历克·雅各布森（查看资料）
看起来有点偏置到左方向。也就是说，Skeleton3D（BW）和fliplr（Skeleton3D（fliplr（BW）））不会产生相同的结果
威廉（查看资料）
我有一个MRA容器，我试图找到中心线为，通过Skeleton3D代码运行它似乎并没有从基质分离任何东西。对什么有什么想法回事？
玛丽亚姆（查看资料）
斯文（查看资料）
差不多5颗星。非常有用的工具，但是帮助有点稀疏（有一条H1线会很有用，这样我们就知道参数和输出是什么了），而且看起来函数曾经有全局变量，现在（谢天谢地）被替换了，但是它们的全局名称仍然保留。
由于这是从其他代码端口我敢打赌，它可以在速度场所矢量化，但我发现它有用到目前为止 - 谢谢。
ZQ（查看资料）