微阵列分析

微阵列数据的基因表达和基因变异分析

微阵列包含寡核苷酸或cDNA探针测量基因在基因组范围内的表达水平。生物信息工具箱™允许您使用各种规范化预处理表达式从微阵列数据和过滤的方法。使用归一化数据识别差异表达基因和使用基因本体执行浓缩表达分析结果。你也可以检测拷贝数变异等遗传变异(CNVs)和单核苷酸多态性(snp)从比较基因组杂交(CGH)数据。可视化基因和蛋白质相互作用网络使用图论算法。

突出主题

在对象管理基因表达数据

代表在DataMatrix表达数据值对象

数据导入和管理
从Affymetrix进口数据和注释^®GeneChip^®,Illumina公司^®,安捷伦^®、基因表达综合(GEO) ImaGene^®现货,GenePix^®探地雷达和加;管理实验数据和样本每MIAME元数据标准
预处理
准备原始微阵列数据分析使用背景调整,正常化,和表达式过滤;广泛的Affymetrix预处理和Illumina公司数据。从库文件检索调查注释
表达分析
识别、可视化和分类和表达谱的差异表达基因
基因变异分析
发现、分析和可视化等遗传变异拷贝数变化(CNVs)和单核苷酸多态性(snp)
基因本体论
实时基因本体论(去)信息;浓缩使用基因本体网络分析微阵列表达的结果
网络分析和可视化
基本的图论算法应用于蛋白质-蛋白质之间的关系(PPI)和其他基因网络;使用交互式地图视图的网络关系,层次结构情节、通路