构建模型
代表机械系统的动力学，生物模型，或PKPD系统
功能
simbiology |
打开SimBiologyapp构建PK/PD和机械系统生物学模型 |
sbiomodel |
构造模型对象 |
sbioroot |
返回SimBiology根对象 |
sbioreset |
删除所有模型对象 |
sbioselect |
搜索与指定的约束对象 |
sbiolastwarning |
SimBiology最后警告消息 |
sbiolasterror |
SimBiology最后一次错误信息 |
验证 |
验证和核实SimBiology模型 |
addcompartment |
创建隔间对象 |
addobservable |
添加可观察对象到SimBiology模型 |
addspecies |
创建物种对象并添加到模型对象中的隔间对象 |
addparameter |
创建参数对象并添加到模型或动力学定律对象 |
addreaction |
创建反应对象并添加到模型对象 |
addrule |
创建规则对象并添加到模型对象 |
addevent |
将事件对象添加到模型对象 |
findUnusedComponents |
查找模型中未使用的种类、参数和间隔 |
findUsages（种类，参数，隔室） |
了解在模型中如何使用物种、参数或间隔 |
findUsages |
了解可观察对象在模拟生物学模型中的应用 |
unitprefix findUsages(单位) |
了解如何使用单元或单元前缀 |
findUsages (AbstractKineticLaw) |
了解如何使用AbstractKineticLaw对象 |
updateInitialAssignments |
更新初始分配规则以删除订单依赖项 |
类
模型对象 |
模型和组件信息 |
可观测的 |
对于后仿真计算含有表达目的 |
舱对象 |
含隔间信息对象 |
种对象 |
包含物种信息的对象 |
参数对象 |
参数和范围信息 |
反应对象 |
对象包含模型反应信息 |
KineticLaw对象 |
反应的动力学定律信息 |
规则对象 |
保持物种和参数的规则 |
活动对象 |
存储事件信息 |
根对象 |
保持模型，单元库和抽象动力法库 |
PKModelDesign对象 |
辅助对象构建药动学模型 |
PKCompartment对象 |
所使用的PKModelDesign去创造SimBiology模型 |
PKModelMap对象 |
定义SimBiology模型组件的角色 |
构造 |
从构建模型SimBiologyPKModelDesign对象 |
addCompartment |
加入隔间PKModelDesign对象 |
示例以及如何
程序化的工作流程
这个例子展示了如何以编程方式构造一个简单的模型。
这个例子展示了如何构建一个简单的基因调控模型并对其进行模拟。
这个示例展示了如何创建自定义函数并将其合并到模型模拟中。
概念
一个SimBiology®模型是由一组数量和数学表达式描述的动态系统。
当您使用反应、规则、事件、变量和剂量构建模型时，您可以查看SimBiology创建的方程组。
一个种对象代表一个物种，这是一种化学或实体的该参与了反应的量。
规则是允许您定义或修改模型数量的数学表达式，即隔间容量、物种数量或参数值。
反应是一种数学表达式，描述了转换，传输，或改变一个或多个物种的结合过程。
利用质量作用动力学定义零级、一阶、二阶和可逆反应。
使用微分方程，质量作用动力学，或迈克尔-门恩动力学来定义酶反应。
在SimBiology，事件是在模型中的量或表达的值的离散过渡。
使用剂量，以不同给药方案建模。
SimBiology允许您创建一个、两个或多个室的药动学模型，用于模型模拟和参数估计。
SimBiology允许您查找模型中没有使用的物种、参数、间隔和可观察值，并了解它们是如何使用的。
评估表达式名称时SimBiology如下一些优先级规则。
