DimensionalAnalysis

对模型进行量纲分析

描述

DimensionalAnalysis属性指定是否在模拟之前对模型执行维度分析。它是一个属性CompileOptions对象。CompileOptions属性的对象属性,包含模型的编译时选项configset对象。当DimensionalAnalysis被设置为真正的, SimBiology®软件检查涉及反应和规则的单位的物理量是否匹配和适用。

例如,考虑一个反应A + b - >c.用质量作用动力学定义反应速率为a * b * k,在那里k是反应的速率常数。如果你指定初始数量一个b分别为0.01M和0.005M,则k1 / (M *秒).如果您指定k另一个等价的单位定义,例如,1 /((摩尔/升)*秒)DimensionalAnalysis检查物理数量是否匹配。如果物理量不匹配,就会看到一个错误,模型就不会被模拟。

单位转换需要量纲分析。如果DimensionalAnalysis是关闭的,然后你转身UnitConversion上之后,DimensionalAnalysis是自动开启的。如果UnitConversion是开着的,你是关着的DimensionalAnalysis,然后UnitConversion自动关闭。

如果你有MATLAB®模型中的函数调用,维度分析忽略任何包含函数调用的表达式并生成警告。

反应速率的有效物理量是量/时间、质量/时间或浓度/时间。

特征

适用于 对象:CompileOptions(在configset对象)
数据类型 布尔
数据值

真正的.默认值是真正的

访问 读/写

请注意

SimBiology允许将任何无因次量取幂到任何无因次幂。例如,如果两者都有,您可以编写以下表达式x一个是无量纲的:(x + 3)^(a + 0.5)

请注意

SimBiology使用的单位包括空单位DimensionalAnalysisUnitConversion特性。

  • DimensionalAnalysisUnitConversion都是,单位未使用。然而,SimBiology仍然执行最低水平的维度分析,以确定反应速率是量/时间还是浓度/时间维度。

  • DimensionalAnalysis真正的UnitConversion,单位(如果不是空的)必须具有一致的维度,以便SimBiology能够执行维度分析。但是,这些单位不会被转换。

  • UnitConversion被设置为真正的(需要DimensionalAnalysis真正的), SimBiology执行维度分析并将所有内容转换为一致的单位。因此,您必须指定一致的单元,并且任何单元都不能为空。如果你有一个无量纲参数,你仍然必须将其单位设置为无量纲的

提示

如果你有一个自定义函数和UnitConversion,请遵循以下建议。

  • 如果传递给函数的参数不是无量纲的,则将其无量纲化。

    假设您有一个定义为y = f (t)在哪里t时间是以小时和小时为单位吗y是一种物质的浓度,单位是摩尔/升。例如,当你在模型中使用这个函数来定义一个重复赋值规则时,将它定义为:s1 = f(时间/ t0) * s0,在那里时间为模拟时间,t0是一个定义为1.0小时的参数,s0参数是否定义为1.0摩尔/升s1是一种物质的浓度,单位是摩尔/升。请注意,时间s1不一定要在同一个单位t0s0,但它们必须在维度上保持一致。例如,时间s1单位可分别设置为分钟和皮摩尔/升。

例子

这个例子展示了如何检索和设置DimensionalAnalysis从默认真正的在模型对象的默认配置集中。

  1. 导入模型。

    modelObj = sbmlimport (“振荡器”

    SimBiology模型-振荡器模型组件:模型:0参数:0反应:42规则:0物种:23
  2. 检索configset模型对象的。

    configsetObj = getconfigset(modelObj)配置设置- default (active) SolverType: ode15s StopTime: 10.000000 SolverOptions: absoltetolerance: 1.000000e-006 RelativeTolerance: 1.000000e-003 RuntimeOptions: StatesToLog: all CompileOptions: UnitConversion: true dimension analysis: true
  3. 检索CompileOptions对象。

    optionsObj =得到(configsetObj,“CompileOptions”编译设置:UnitConversion: true dimension analysis: true
  4. 给…赋值DimensionalAnalysis

    集(optionsObj,“DimensionalAnalysis”假)

另请参阅

得到getconfigsetsbiosimulate