对模型进行量纲分析
的DimensionalAnalysis
属性指定是否在模拟之前对模型执行维度分析。它是一个属性CompileOptions
对象。CompileOptions
属性的对象属性,包含模型的编译时选项configset
对象。当DimensionalAnalysis
被设置为真正的
, SimBiology®软件检查涉及反应和规则的单位的物理量是否匹配和适用。
例如,考虑一个反应A + b - >c
.用质量作用动力学定义反应速率为a * b * k
,在那里k
是反应的速率常数。如果你指定初始数量一个
和b
分别为0.01M和0.005M,则k
是1 / (M *秒)
.如果您指定k
另一个等价的单位定义,例如,1 /((摩尔/升)*秒)
,DimensionalAnalysis
检查物理数量是否匹配。如果物理量不匹配,就会看到一个错误,模型就不会被模拟。
单位转换需要量纲分析。如果DimensionalAnalysis
是关闭的,然后你转身UnitConversion
上之后,DimensionalAnalysis
是自动开启的。如果UnitConversion
是开着的,你是关着的DimensionalAnalysis
,然后UnitConversion
自动关闭。
如果你有MATLAB®模型中的函数调用,维度分析忽略任何包含函数调用的表达式并生成警告。
反应速率的有效物理量是量/时间、质量/时间或浓度/时间。
适用于 | 对象:CompileOptions (在configset 对象) |
数据类型 | 布尔 |
数据值 |
|
访问 | 读/写 |
SimBiology允许将任何无因次量取幂到任何无因次幂。例如,如果两者都有,您可以编写以下表达式x
和一个
是无量纲的:(x + 3)^(a + 0.5)
SimBiology使用的单位包括空单位DimensionalAnalysis
和UnitConversion
特性。
当DimensionalAnalysis
和UnitConversion
都是假
,单位未使用。然而,SimBiology仍然执行最低水平的维度分析,以确定反应速率是量/时间还是浓度/时间维度。
当DimensionalAnalysis
是真正的
和UnitConversion
是假
,单位(如果不是空的)必须具有一致的维度,以便SimBiology能够执行维度分析。但是,这些单位不会被转换。
当UnitConversion
被设置为真正的
(需要DimensionalAnalysis
是真正的
), SimBiology执行维度分析并将所有内容转换为一致的单位。因此,您必须指定一致的单元,并且任何单元都不能为空。如果你有一个无量纲参数,你仍然必须将其单位设置为无量纲的
.
如果你有一个自定义函数和UnitConversion
,请遵循以下建议。
如果传递给函数的参数不是无量纲的,则将其无量纲化。
假设您有一个定义为y = f (t)
在哪里t
时间是以小时和小时为单位吗y
是一种物质的浓度,单位是摩尔/升。例如,当你在模型中使用这个函数来定义一个重复赋值规则时,将它定义为:s1 = f(时间/ t0) * s0
,在那里时间
为模拟时间,t0
是一个定义为1.0小时的参数,s0
参数是否定义为1.0摩尔/升s1
是一种物质的浓度,单位是摩尔/升。请注意,时间
和s1
不一定要在同一个单位t0
和s0
,但它们必须在维度上保持一致。例如,时间
和s1
单位可分别设置为分钟和皮摩尔/升。
这个例子展示了如何检索和设置DimensionalAnalysis
从默认真正的
来假
在模型对象的默认配置集中。
导入模型。
modelObj = sbmlimport (“振荡器”)
SimBiology模型-振荡器模型组件:模型:0参数:0反应:42规则:0物种:23
检索configset
模型对象的。
configsetObj = getconfigset(modelObj)配置设置- default (active) SolverType: ode15s StopTime: 10.000000 SolverOptions: absoltetolerance: 1.000000e-006 RelativeTolerance: 1.000000e-003 RuntimeOptions: StatesToLog: all CompileOptions: UnitConversion: true dimension analysis: true
检索CompileOptions
对象。
optionsObj =得到(configsetObj,“CompileOptions”编译设置:UnitConversion: true dimension analysis: true
给…赋值假
来DimensionalAnalysis
.
集(optionsObj,“DimensionalAnalysis”假)