请随时查看NIfTI_tools.pdf的详细描述和最新更新。
如果您对ANALYZE图像的左/右感到困惑,请阅读UseANALYZE.pdf。
你也可以通过FAQ.pdf找到实际的解决方案和实例。金宝搏官方网站
基本程序:
1.load_untouch_header_only。m:只加载NIfTI或ANALYZE文件的头部分。输入文件将被自动检测。对于NIfTI文件将返回NIfTI结构,对于ANALYZE文件将返回ANALYZE结构。
2.load_nii。m:加载N维NIfTI文件(其中N可以从3到7)或ANALYZE文件(其中N可以从3到4),并应用头部信息(如仿射几何变换,体素强度缩放等)到数据。如果您的文件超过3维(例如时间序列等),您也可以指定一个范围,只提取1或几个卷。
3.save_nii。m:保存由“load_nii. m”加载的N维NIfTI结构(N可以从3到7)。或由make_nii制造。m”,进入NIfTI文件。
4.make_nii。m:基于N维矩阵和其他可选参数(如voxel_size, origin等),制作N维NIfTI结构(其中N可以是3到7)。使用“save_nii”命令,可以将由“make_nii”生成的NIfTI结构保存到NIfTI文件中。
5.make_ana.m:基于3D矩阵和其他可选参数(例如体素大小、原点等)生成3D分析结构。使用“save_untouch_nii”命令,可以将“make_ana”生成的分析结构保存到分析文件中,以便与某些仅分析程序兼容。
6.reslice_nii。m:重新采样3D(或4D) NIfTI文件,或。mat文件中带有仿射矩阵m的ANALYZE文件,并将重新采样的数据保存到新的NIfTI文件中。该程序将基于仿射矩阵,这是特别有用的斜图像与非正交旋转或剪切,不能加载“load_nii.m”。你也可以指定voxel_size等。只要你记得在使用"reslice_nii.m"后不要做切片时间校正,就不会产生负面影响。
7.pad_nii.m:从六个面中的任意一个面填充NIfTI结构中的体积,同时保持原始体、体素大小、数据类型和描述不变。使用reslice_nii后,该程序特别有用,因为新卷很可能具有不同的维度。
8.clip_nii。m:在NIfTI结构中,从6个侧面中的任何一个截取体积,同时保持发起者、体素大小、数据类型和描述不变。在您使用reslice_nii之后,这个程序特别有用,因为新卷很可能有不同的维数。
9view_nii.m:查看和编辑3D(或4D)NIfTI或分析由“load_nii.m”加载或由“make_nii.m”制作的结构。激活图、ROI等可以覆盖在背景图像上(参见上图)。打印视图可以嵌入到现有地物窗口中。如果将其用作单个程序,它还可以编辑图像的方向和体素值,查看体积直方图,并保存修改后的图像。
10load_untouch_nii.m:加载N维NIfTI文件(其中N可以是3到7)或分析文件(其中N可以是3到4),但不应用头中指示的任何更改。警告:请勿使用“view_nii.m”查看由“load_untouch_nii.m”加载的结构。
11.save_untouch_nii。m:保存由“load_untouch_nii. m”加载的N维NIfTI结构(N可以从3到7)或ANALYZE结构(N可以从3到4)。或由make_ana制作。m”转换成一个新的NIfTI或ANALYZE文件。如果不修改加载的数据集,则新保存文件中的头和数据应与原始文件中的头和数据相同。
其他计划:
1.collapse\u nii\u scan.m:将多个单扫描NIfTI或分析文件集成到多扫描NIfTI文件中。
2.expand_nii_scan。m:将一个多次扫描的NIfTI文件分解为多个单次扫描的NIfTI文件。
3.save_untouch_slice。m:保存回原始图像,其中包含由load_untouch_nii加载的部分切片。您可以以任何方式处理这些切片矩阵,只要它们的维数没有改变。
4.get_nii_frame。m:返回NIfTI文件的时间帧数。
5.flip_lr.m:沿发起人所在平面左右翻转NIfTI或分析文件,并将L-R翻转的数据保存到NIfTI文件中。警告:请小心使用此程序,尽管您可以随时将其翻转回来。
6.load_nii_ext.m:从NIfTI文件加载头扩展名。
7.mat_into_hdr.m:将旧SPM.mat文件中的仿射矩阵集成到其.hdr头文件中。因此,分析文件被转换为具有更新的.hdr头文件的NIfTI文件。
引用作为
吉米沈(2021)。NIfTI和分析图像的工具(//www.tatmou.com/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image), MATLAB中央文件交换。检索.
MATLAB版本兼容性
平台兼容性
窗户 macOS Linux类别
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确认
灵感来自:核磁共振分析工具
启发:PCG_unwrap_2D(ph_nii, ph_file, mask_nii, max_iter, epsi_con, N),MRIqual,BioImage套件网站,ExportPngInkscape(文件名、dpi、句柄),MRI数据的参数映射脚本,fMRIData工具,NIfTI工作室,多模态体积分割的可视化,西门子DICOM分拣和转换为NIfTI,双相情感Colormap,生成合成的fMRI数据,快速成像:扩散成像的常规保障管道,三维NIfTI数据查看器,从秒到小时,分钟,秒,合成图像,创建mosaic.m,字段映射工具箱,查看MRI切片的功能,加载和查看。nii文件的GUI。,DICOM到NIfTI转换器,使用逐步聚类方法在脑功能磁共振成像数据中发现功能网络,脑尺