使用卷裂殖体创建二进制掩模

打开生活的脚本

这个例子展示了如何段的体积裂殖体体积应用程序。裂殖体体积应用程序提供了许多方法来探索一个卷卷和段对象。例如,您可以查看卷挤牙膏式或作为一个3 d表示。段一个对象,你可以画一个感兴趣的区域(ROI)使用ROI绘图工具或画笔工具。这个示例创建一个二进制的面具,大脑的隔离区域。

体积数据装载到工作区

一个卷加载到工作区。这个例子使用一堆核磁共振脑图像,存储在MAT-filevol_001.mat。核磁共振数据的修改子集小鬼数据集(1]。

负载(fullfile (toolboxdir (“图片”),“imdata”,…“BrainMRILabeled”,“图片”,“vol_001.mat”));

这个命令加载240 - 240 - 155卷命名卷进入工作区。

谁卷

名字大小字节240 x240x155 17856000 uint16卷类属性

打开卷裂殖体

打开裂殖体体积应用。单击应用程序在MATLAB®将来发布选项卡。在图像处理和计算机视觉部分中,点击裂殖体体积。

加载卷到卷裂殖体

加载的体积裂殖体体积应用程序,点击打开卷在应用程序将来发布。对于这个示例,选择开放的工作空间。进口量的对话框中,选择您加载到工作空间的体积,卷,然后单击好吧。(你也可以指定一个卷当你打开应用程序使用volumeSegmenter命令:volumeSegmenter(卷)。)

的裂殖体体积应用程序显示一个体积的三维表示三维显示面板和显示单个片的数据集片窗格。

默认情况下,片窗格显示第一块数据。应用程序显示片的数量显示在图像的顶部,例如,1/155。在这个数据集,最初的几片不含大脑的图像。

这个应用程序也会自动地创建一个标签的分割标签窗格中,使用默认的名称Label1。您可以定义多个标签标签窗格。然而,创建一个二进制掩码,您必须使用只有一个标签。

改变标签的名称,双击标签的名字。改变相关的颜色标签,双击颜色显示在广场标签窗格。您可以选择一组现有的标签加载到应用程序使用开放标签按钮。

探索的体积

确定你想要什么,探索卷使用三维显示面板和片窗格。

在三维显示窗格中,您可以旋转音量从每一个角度检查数据,使用鼠标。你也可以定制显示的体积三维显示选项卡中应用将来发布。例如,如果你有元数据描述体素的相对大小,您可以指定它空间参考的一部分三维显示选项卡中应用将来发布。来提高你的数据视图,您可以更改背景颜色中使用3 d显示,修改显示的阈值和不透明性,并包括取向轴显示,如下图所示。与大脑核磁共振数据,你可以看到在颞叶肿瘤,你想。

您还可以查看每个块的体积片窗格。使用滑块底部的面板从切片。你可以看到肿瘤35片88片。默认情况下,片窗格显示体积的沿着x - y轴,但您可以使用按钮改变这种取向部分将来发布的裂殖体选项卡。的片窗格也使用绘图工具来定义面具。

使用绘图工具来定义的面具

一旦你已经确定了你想要的对象部分,您可以使用的工具画选项卡中应用该地区将来发布定义。选择您想要使用的绘图工具的ROI工具:徒手画的,协助徒手画的,多边形和一个油漆刷工具。

在片窗格中,导航到对象首次出现的切片,切片,和周围画一个轮廓对象。对于这个示例,使用多边形绘图工具。单击创建一个顶点,然后再移动光标,然后单击创建第二个顶点用直线连接。继续这个过程,创建一个连接的线。添加额外的顶点绘制完成后,双击ROI边缘。

利用插值速度创造对象的ROI

你可以穿过体积,挤牙膏式,每个片上画一个ROI的对象出现。然而,裂殖体体积应用程序提供了一些自动化与分段插值工具可以帮助一个对象在片。

使用插值,您必须先手动定义该地区两片。你已经定义了地区第一片对象出现,35片。使用相同的过程来定义该地区最后一块看来,88片。应用的地方两条上的滑块,使用相关的颜色标签,表明roi的片。

与对象定义在两片,点击自动插入。应用自动定义ROI其间的幻灯片。应用程序使用蓝色酒吧来显示所有的片roi,目前表现为固体酒吧从35片88片。

另外,在两片上定义一个ROI之后,可以点击手动插入。使用该选项时,该应用程序打开手动插入对话框。你选择你想要插入的两个区域,区域1和区域2。选择第一个区域,使用滑块对话框底部的导航到第一片ROI, 35片,然后单击ROI内显示。选择第二个区域,点击区域两个,导航到幻灯片88,然后单击ROI内显示。选择这两个地区之后,点击运行在所有干预片插入ROI。

改进插值roi

使用插值后,检查各片是否插值创造满意的roi。注意,ROI 71片不填满整个对象,你想。您可以手动调整ROI使用油漆刷工具。或者,您可以使用的工具之一自动化选项卡。例如,您可以使用活跃的轮廓成长片上的roi,它没有填完整的肿瘤的大小。您还可以使用添加算法指定自己的算法来对roi进行操作。

执行自定义处理

您可以添加您自己的算法来对roi进行操作。在自动化选项卡上,单击添加算法。选择您想要处理操作每个二维片(Slice-based)或对整个三维体积(基于卷)。

对于这个示例,在Slice-Based,选择新选项,然后单击函数模板创建一个新的函数作用于每一个二维切片。在MATLAB应用程序打开模板编辑器。在模板的示例代码替换为您想要使用的代码。你的函数必须接受两个参数:每个片作为一个单独的图像和一个面具。你的函数必须返回一个面具的形象。

当你完成编辑模板,保存文件。的裂殖体体积程序会自动创建一个按钮自动化选项卡将来发布的功能。在一片测试功能,点击运行。默认情况下,应用该函数适用于只有当前切片。

测试你的函数在一个片之后,您可以运行在所有的切片或切片的一个子集。您可以运行它从当前块结束(最高编号的片)或从当前片回到一开始(片1)。您还可以指定一系列片通过指定起始和结束部分。

当你选择一个定向选择,应用程序更新显示的片数。您可以使用此显示查看处理的进展。

创建二进制掩模体积

创建二进制掩模体积,点击保存标签在裂殖体选项卡。你可以节省面具MAT-file或一个工作空间变量。对于这个示例,点击另存为工作空间变量。在保存工作区对话框中,指定是否要保存分割为逻辑或分类的面具。选择逻辑(默认时只有一个标签),给变量起一个名字,my_mask_volume,然后单击好吧。类的应用程序创建一个3 d体积逻辑相同的尺寸与原始体积。

把面具,使用volshow功能:volshow (my_mask_volume);。