getBaseCoverage

返回作为定位参考序列的报道BioMap对象

语法

浸= getBaseCoverage (BioObj,StartPos,EndPos) 浸= getBaseCoverage (BioObj,StartPos,EndPos,R) 浸= getBaseCoverage (…名称,值) (浸,BinStart]= getBaseCoverage (…)

描述

浸= getBaseCoverage (BioObj,StartPos,EndPos)返回浸行向量的非负整数。这个向量表示作为调整覆盖范围或设置范围的参考序列BioObj,一个BioMap对象。范围定义的范围或设置StartPos和EndPos。StartPos和EndPos可以两个非负整数,这样吗StartPos小于EndPos,两个整数小于参考序列的长度。StartPos和EndPos也可以两个列向量代表一组范围(重叠或分段)。当StartPos和EndPos指定一个分段范围,浸包含南值基础段之间的位置。

浸= getBaseCoverage (BioObj,StartPos,EndPos,R)选择的参考getBaseCoverage计算覆盖率。

浸= getBaseCoverage (…名称,值)返回与指定附加选项对齐覆盖率信息由一个或多个名称,值对参数。

(浸,BinStart]= getBaseCoverage (…)返回BinStart行向量的正整数指定每一本的起始位置(在装箱时)。

输入参数

`BioObj`	对象的`BioMap`类。
`StartPos`	下面的: 非负整数,它定义了一系列参考序列的开始。`StartPos`必须小于`EndPos`的总长度小于参考序列。列向量的非负整数,每个定义一系列参考序列的开始。
`EndPos`	下面的: 非负整数,它定义了一系列参考序列的结束。`EndPos`必须大于`StartPos`的总长度小于参考序列。列向量的非负整数,每个定义的参考序列的范围。
`R`	正整数索引的`SequenceDictionary`的属性`BioObj`,或者一个特征向量或字符串指定的实际名称引用。

名称-值参数

指定可选的逗号分隔条名称,值参数。的名字参数名称和吗价值相应的价值。的名字必须出现在引号。您可以指定几个名称和值对参数在任何顺序Name1, Value1,…,的家。

`binWidth`	正整数指定宽度,碱基对(bp)的数量。箱子都集中在`分钟(StartPos)`和`max (EndPos)`。因此,第一个和最后一个箱子跨度大约同样从外`分钟(StartPos)`来`max (EndPos)`。请注意你不能指定`binWidth`和`numberOfBins`。
`numberOfBins`	正整数指定数量的equal-width垃圾箱用于跨请求的区域。箱子都集中在`分钟(StartPos)`和`max (EndPos)`。因此,第一个和最后一个箱子跨度大约同样从外`分钟(StartPos)`来`max (EndPos)`。请注意你不能指定`binWidth`和`numberOfBins`。
`binType`	特征向量或字符串指定装箱算法。的选择是: `“马克斯”`——从垃圾桶,`getBaseCoverage`选择最多的基地位置读取对齐,然后使用其对齐为本报道价值。 `“最小值”`——从垃圾桶,`getBaseCoverage`选择最低的基地位置读取对齐,然后使用其对齐为本报道价值。 `“的意思是”`——使用平均对齐覆盖率,计算各基地在本职位。默认值:`“马克斯”`
`complementRanges`	指定是否返回基地的定位覆盖率段之间的位置,而不是在段。如果`真正的`的长度,`浸`是`元素个数(min (StartPos):马克斯(EndPos))`,`浸`包含`南`值基础段内的位置。默认值:`假`
`拼接`	逻辑指定短读是否拼接在映射(如mRNA-to-genome映射)。N的符号`签名`对象的属性不计算在内。默认值:`假`

输出参数

浸

行向量的非负整数。这个向量指定读取序列的数量,结合每个基地位置或本所请求的地区。一组范围可以重叠或分割。一系列的长度浸是元素个数(StartPos:EndPos)。分段区间的长度浸是元素个数(min (StartPos):马克斯(EndPos))。浸包含南值基础段之间的位置。在装箱时,元素的数量浸=垃圾箱的数量。

BinStart

行向量的正整数指定每本的起始位置。BinStart是一样的长度浸。如果没有装箱时,BinStart=分钟(StartPos):马克斯(EndPos)。

例子

构造一个BioMap对象,然后返回第一个12的对齐的报道每一个基地位置的参考序列:

从山姆文件%构造BioMap对象BMObj1 = BioMap (“ex1.sam”);%返回读取的数量调整到每个%第一12个基地位置的参考序列x = getBaseCoverage (BMObj1 1 12)

x = 1 1 2 2 3 4 4 4 5 5 5 5

构造一个BioMap对象,然后返回对齐的报道介于1和1000之间,在bin-by-bin的基础上,用垃圾桶100个基点的宽度:

从山姆文件%构造BioMap对象BMObj1 = BioMap (“ex1.sam”);%返回读取的数量调整到每个100 - bp本% 1:1000范围的参考序列。还返回每一本的%起始位置[x, bin_starts] = getBaseCoverage (BMObj1, 1000,“binWidth”, 100年)

x = 17 20 41 44 45 48 48 45 46 42 bin_starts = 1 101 201 301 401 501 601 701 801 901

另请参阅

主题

管理对象的序列读取数据

外部网站

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