主要内容

getrelatives

类:geneont

找到与特定基因本体论(GO)术语相关的术语

语法

RelativeIDs= getrelatives (GeneontObj，ID）
［RelativeIDs，计数) = getrelatives (GeneontObj，ID）
．.．= getrelatives(…“高度”,HeightValue,……)
．.．= getrelatives(…“深度”,DepthValue,……)
．.．= getrelatives(…“水平”,LevelsValue,……)
．.．= getrelatives(…“Relationtype”,RelationtypeValue,……)
．.．= getrelatives(…“排除”,ExcludeValue,……)

描述

RelativeIDs= getrelatives (GeneontObj，ID）搜索GeneontObj，一个geneont对象，用于指定的GO术语的亲属ID，它是一个GO术语标识符或标识符向量。它返回RelativeIDs，包含GO术语标识符的向量ID．ID非负整数或包含非负整数的向量。

［RelativeIDs，计数) = getrelatives (GeneontObj，ID）也返回找到每个相对的次数。计数列向量的元素数是否与项的元素数相同GeneontObj．

提示

的计数当你在基因富集研究中计数时，返回值是有用的。有关详细信息，请参见基因本体论在微阵列数据中的丰富．

．.．= getrelatives(…”,PropertyName”,PropertyValue,……)调用getrelatives使用使用属性名/属性值对的可选属性。您可以按任意顺序指定一个或多个属性。每一个PropertyName必须用单引号括起来，不区分大小写。这些属性名/属性值对如下:

．.．= getrelatives(…“高度”,HeightValue,……)搜索指定数量的楼层，HeightValue在基因本体论中。HeightValue是正整数。默认是1．

．.．= getrelatives(…“深度”,DepthValue,……)向下搜索一定数量的楼层，DepthValue在基因本体论中。DepthValue是正整数。默认是1．

．.．= getrelatives(…“水平”,LevelsValue,……)在指定数量的楼层上下搜索，LevelsValue在基因本体论中。LevelsValue是正整数。当指定时，它将被覆盖HeightValue和DepthValue．

．.．= getrelatives(…“Relationtype”,RelationtypeValue,……)搜索指定的关系类型，RelationtypeValue在基因本体论中。RelationtypeValue是一个字符向量。的选择是“is_a”，“part_of”,或“两个”(默认)。

．.．= getrelatives(…“排除”,ExcludeValue,……)控制不包括ID，从输出中查询到的原始项(s)RelativeIDs，除非在搜索基因本体论时发现了一个术语。的选择是真正的或假(默认)。

输入参数

GeneontObj 属性创建的geneont对象geneont构造函数。
ID GO术语标识符或标识符向量。
HeightValue 正整数，指定在基因本体论中向上搜索的层次数。
DepthValue 正整数，指定在基因本体论中向下搜索的层数。
LevelsValue 正整数，指定在基因本体论中向上和向下搜索的层次数。当指定时，它将被覆盖HeightValue和DepthValue．
RelationtypeValue

指定在基因本体论中要搜索的关系类型的特征向量。的选择是:

  • “is_a”

  • “part_of”

  • “两个”(默认)
ExcludeValue 控制不包括ID，从输出中查询到的原始项(s)RelativeIDs，除非这个词是在搜索基因本体论时找到的。的选择是真正的或假(默认)。

输出参数

RelativeIDs GO术语标识符的向量包括ID．
计数 与项的元素数相同的列向量GeneontObj，表示找到每个相对对象的次数。

例子

  1. 从Web上下载当前版本的Gene Ontology数据库到MATLAB中的geneont对象®软件

    GO = geneont('LIVE'， true)

    MATLAB软件创建了一个geneont对象，并在数据库中显示术语的数量。

    基因本体对象有27769个术语。

  2. 检索线粒体膜氧化石墨烯术语的近亲属，其氧化石墨烯标识符为31966．

    1 . getrelative (GO,31966，'level '，1

  3. 创建一个从属的基因本体论。

    子本体= GO(亲属)具有5个术语的基因本体对象。

  4. 创建下级基因本体论术语的报告，其中包括GO标识符和名称。

    RPT = [5741] [1x28 char] [5743] [1x28 char] [31090] 'organelle membrane' [31966] [1x22 char][44429] '线粒体部分'

  5. 利用基因本体论方法查看从属基因本体论的关系getmatrix方法创建传递给的连接矩阵生物运动描记器将线粒体膜染成红色。

    [cm acc rels] = getmatrix(subontology);BG = biograph(cm, get(subontology。, '名称'));BG.nodes (acc = = 31966)。Color = [10 0 0];视图(BG)

  6. 检索标记为的线粒体外膜GO项的所有亲属5741．

    亲戚= getrelatives(“水平”,5741年,正);

  7. 创建一个从属的基因本体论。

    子本体= GO(亲属)13个术语的基因本体对象。

  8. 利用基因本体论方法查看从属基因本体论的关系getmatrix方法创建传递给的连接矩阵生物运动描记器功能和方法，并将线粒体外膜染成GO术语红色。

    [cm acc rels] = getmatrix(subontology);BG = biograph(cm, get(subontology。, '名称'));BG.nodes (acc = = 5741)。Color = [10 0 0];视图(BG)

另请参阅

||

生物信息学工具文档

金宝app

尝试MATLAB、Sim金宝appulink和其他产品下载188bet金宝搏

得到审判现在