主要内容

帕姆

返回点接受突变(PAM)评分矩阵

语法

ScoringMatrix= pam (N)
(ScoringMatrix,MatrixInfo)= pam (N)
…= pam (N……“扩展”,ExtendedValue,……)
…= pam (N……“秩序”,OrderValue,……)

参数

N

返回整数指定PAM评分矩阵。的选择是10:10:500。

提示

进入一个更大的值N允许序列比对与更大的进化距离。
ExtendedValue

控制的回归模糊字符(B,Z,X),停止字符(*),除了20.标准氨基酸字符。的选择是真正的或假(默认)。
OrderValue

特征向量或字符串控制订单的氨基酸评分矩阵。选择与至少一个特征向量或字符串20.标准氨基酸。默认的顺序输出Q R N D C E G H I L K M F P S T W X * Y V B Z。如果OrderValue不包含字符B,Z,X,*不返回,那么这些字符。

描述

ScoringMatrix= pam (N)返回帕姆N得分矩阵氨基酸序列。

(ScoringMatrix,MatrixInfo)= pam (N)返回一个结构与PAM矩阵的信息。结构中的字段的名字,规模,熵,预期,订单。

…= pam (N,……”PropertyName”,PropertyValue,……)调用帕姆与使用属性名可选属性/属性值对。您可以指定一个或多个属性在任何顺序。每一个PropertyName必须包含在单引号,不分大小写。这些属性名称/属性值对如下:

…= pam (N……“扩展”,ExtendedValue,……)控制的回归模糊字符(B,Z,X),停止字符(*),除了20.标准氨基酸字符。的选择是真正的或假(默认)。

…= pam (N……“秩序”,OrderValue,……)控制氨基酸的顺序返回的评分矩阵。选择与至少一个特征向量或字符串20.标准氨基酸。的默认排序输出Q R N D C E G H I L K M F P S T W X * Y V B Z。如果OrderValue不包含扩展字符B,Z,X,*不返回,那么这些字符。

PAM50置换矩阵1/2有些单位,预计分数=-3.70熵=2.00位,最低分数=-13年最高得分=13。

PAM250置换矩阵1/3有些单位,预计分数=-0.844熵=0.354位,最低分数=8最高得分=17。

例子

返回PAM50矩阵。

PAM50 = pam (50)

返回PAM250矩阵和矩阵指定氨基酸的顺序。

PAM250 = pam (250“秩序”,“CSTPAGNDEQHRKMILVFYW”)

版本历史

之前介绍过的R2006a

另请参阅

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