从GenBank®中提取一些序列，找到开放阅读框架(open reading frames, ORFs)，然后使用全局和局部对齐算法对序列进行对齐。

HMM图谱是如何用来描述蛋白质家族的。摘要剖面分析是生物信息学的重要工具。常用的两两比较方法在分析远缘序列时往往不够敏感和特异。相比之下，隐马尔可夫模型(HMM)配置文件提供了一种更好的选择，可以将查询序列与序列族的统计描述联系起来。HMM配置文件使用特定位置的评分系统来捕获关于这些序列的多个对齐中不同位置的守恒程度的信息。HMM谱分析可以用于序列比对、数据库搜索、序列组成分析和模式分割、蛋白质结构预测和基因定位。

使用基本的序列操作技术和计算一些有用的序列统计。它还说明了如何寻找编码区域(如蛋白质)并进一步分析它们。

一种可以用来研究序列对齐意义的方法。在一个队列中身份或正面的数量并不是一个重要的队列的明确指标。当序列与原始序列对齐时，序列的排列将具有相似的正数和恒等式百分比。从一个对齐的分数是一个更好的指示对齐的重要性。这个例子使用了相同的泰-萨氏病相关基因和蛋白质在比对序列对分析。