主要内容

数据导入和导出

从公共存储库和本地文件系统导入序列数据,包括Fasta,Genbank,Genpept,Embl,Blast,PDB,PFAM,Clustalw,GCG,Phylip,Newick和Fastq;写入各种格式,包括Fasta,PDB和Newick

功能

Fastainfo. 返回有关Fasta文件的信息
Fastaread. 从FASTA文件读取数据
fastawrite. 使用Fasta格式写入文件
GenBankread. 读取数据格纳银行文件
getgenbank. 从中检索序列信息格纳银行数据库
GenPeptread. 从Genpept文件中读取数据
getgenpept 从Genpept数据库中检索序列信息
Emblread. 从embl文件读取数据
getembl. 从embl数据库中检索序列信息
Pdbread. 从蛋白质数据库(PDB)文件中读取数据
pdbwrite. 使用蛋白质数据库(PDB)格式写入文件
getPB. 从蛋白质数据库(PDB)数据库中检索蛋白质结构数据
FASTQINFO. 返回有关FASTQ文件的信息
Fastqread. 从FASTQ文件读取数据
FastQwrite. 使用FASTQ格式写入文件
宝石 从NCBI BLAST报告文件中读取数据
getblast. 从NCBI网站检索BLAST报告
Multialignread. 读取多个序列对齐文件
multialignwrite. 写多个对齐文件
pfamhmmread. 从PFAM HMM格式文件中读取数据
gethmmprof. 从PFAM数据库中检索隐藏的Markov模型(HMM)配置文件
Gethmmtree. 从PFAM数据库中检索系统发育树数据
gethmalign. 从PFAM数据库检索与隐马尔可夫模型(HMM)配置文件相关联的多个序列对齐
幽灵 读到系统发育树文件
Phytreewrite. 将系统发育树对象写入Newick格式的文件

主题

使用命令行探索核苷酸序列

从DNA序列开始,计算核苷酸含量的统计。

使用序列查看器应用探索核苷酸序列

使用图形界面进行序列函数。

数据格式和数据库

使用各种MATLAB访问在线数据库和存储库®函数并将数据导入工作区以进行进一步分析。

特色例子