使用序列查看器应用程序探索核苷酸序列
序列查看器概述
的顺序查看器在生物信息学工具箱™工具箱中集成了许多序列函数。而不是在MATLAB中输入命令®命令窗口，您可以选择和输入选项使用应用程序。
将序列导入序列查看器
分析核苷酸或氨基酸序列的第一步是将序列信息导入到MATLAB环境中。的顺序查看器可以连接NCBI和EMBL等Web数据库，并将信息读取到MATLAB环境中。
下面介绍如何通过Web从NCBI数据库中检索序列信息。本例使用GenBank®加入数量NM_000520这是一种与泰-萨克斯病有关的人类基因HEXA。
请注意
公共资料库中的数据经常得到整理和更新;因此，当您使用最新序列时，此示例的结果可能略有不同。
在MATLAB命令窗口中，输入
seqviewer
或者,单击顺序查看器在应用程序选项卡。
的顺序查看器打开时没有加载序列。请注意，右边和底部的窗格是空白的。
要从NCBI数据库检索序列，请选择文件>从> NCBI下载序列．
打开“NCBI的下载顺序”对话框。
在输入序列框中，键入NCBI数据库条目的登录号，例如，NM_000520．单击核苷酸选择按钮，然后单击好吧．
MATLAB软件在Web上访问NCBI数据库，为您输入的登录号加载核苷酸序列信息，并计算一些基本的统计数据。
查看核苷酸序列信息
将序列导入顺序查看器应用程序，你可以读取与序列存储的信息，或者你可以查看orf和cds的图形表示。
在左侧窗格树中，单击评论．右侧窗格显示有关序列的一般信息。
现在点击特性．右边窗格显示NCBI特征信息，包括一个基因的索引号和任何CDS序列。
点击羊痘疮在六个阅读框中显示对orf的搜索结果。
点击带注释的cd显示核苷酸序列的蛋白质编码部分。
搜索词
您还可以使用正则表达式搜索特征词或序列模式。您可以输入IUB/IUPAC的核苷酸和氨基酸符号，这些符号会自动转换为相应的核苷酸和氨基酸。有关符号解释的详细信息，请参见核苷酸转化和氨基酸转换表的seq2regexp．例如，如果你搜索这个词“焦油”与正则表达式复选框选中后，应用程序会突出显示所有出现的TAA的和“标签”按照下面的顺序R = [AG]．
选择查找单词．
在“查找单词”对话框中，键入序列单词或模式，例如:atg，然后单击找到．
的顺序查看器搜索并显示所选单词的位置。
通过单击“清除文字选择”按钮清除显示
在工具栏上。
探索开放式阅读框架
下面的步骤说明了如何识别核苷酸序列的蛋白质编码部分，并将其复制到一个新的视图中。识别核苷酸序列的编码部分是一项常见的生物信息学任务。在确定序列的编码部分之后，可以将其复制到一个新的视图中，将其翻译为氨基酸序列，然后继续分析。
在左侧窗格中，单击羊痘疮．
的顺序查看器在右下窗格中显示六个读取帧的orf。将光标悬停在一个帧上以显示关于该帧的信息。
点击读帧2上最长的ORF。
ORF被突出显示，以表示所选序列的一部分。
右键单击选定的ORF，然后选择出口到工作区．在“导出到MATLAB工作区”对话框中，输入一个变量名，例如:NM_000520_ORF_2,然后单击出口．
的NM_000520_ORF_2变量被添加到MATLAB工作区中。
选择文件>从工作区导入．使用导出的ORF输入变量名，例如:NM_000520_ORF_2，然后单击进口．
的顺序查看器在新序列的底部添加一个标签，同时保留原来的序列打开。
在左侧窗格中，单击完整的翻译．选择显示>氨基酸残基显示>单字母编码．
的顺序查看器显示核苷酸序列下面的氨基酸序列。
关闭序列查看器
关闭顺序查看器从MATLAB命令行使用以下语法:
seqviewer(“关闭”)
你也可以从以下列表中选择一个网站:
