blastread

从NCBI BLAST报告文件中读取数据

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语法

blastdata = blastread (blastreport)

描述

例子

blastdata= blastread (blastreport）从xml格式的文件中读取NCBI BLAST报告数据，blastreport和回报blastdata，一个包含相应BLAST数据的结构。

例子

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执行爆炸搜索

打开脚本

对蛋白质序列执行BLAST搜索，并将结果保存到XML文件中。

从蛋白质数据库获取序列并创建MATLAB结构。

s = getPDB（“1文明”);

使用该结构作为BLAST搜索的输入，具有重要性阈值1平台以及．第一个输出是请求ID，第二个输出是搜索完成之前的估计时间(以分钟为单位)。

[rid1，死记硬背] = blastncbi（s，“blastp”，'预计'1平台以及);

从报告中获取搜索结果。您可以将xml格式的报告保存到文件中，以便进行脱机访问。使用ROTE作为检索结果的等待时间。

report1 = getblast (RID1,'等待时间'死记硬背,“去整理”，“1 civ_report.xml”）

爆炸结果还没有出来。请稍等…report1 = struct with fields: RID: 'R49TJMCF014' Algorithm: 'BLASTP 2.6.1+' Database: 'nr' QueryID: 'Query_224139' QueryDefinition: '未命名蛋白产品' Hits: [1×100 struct] Parameters: [1×1 struct] Statistics: [1×1 struct]

采用blastread从xml格式的BLAST报告文件中读取BLAST数据。

BlastData = Blastread（“1 civ_report.xml”）

BlastData = struct with字段：RID：'算法：'BLASTP 2.6.1+'数据库：'NR'QueryID：'Query_224139'QueryDefinition：'未命名蛋白质产品'命中：[1×100结构]参数：[1×1结构]统计：[1×1结构]

或者，使用NCBI登录号运行BLAST搜索。

RID2 = blastncbi (“AAA59174”，“blastp”，'预计'1、平台以及)

RID2 = ' R49WAPMH014 '

从报告中获取搜索结果。

Report2 = GetBlast（RID2）

爆炸结果还没有出来。请稍候... export2 =带字段的struct[1×100结构]参数：[1×1结构]统计：[1×1结构]

输入参数

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`blastreport`- - - - - -BLAST报告文件的名称
特征向量|字符串

xml格式的BLAST报告文件的名称，指定为字符向量或字符串。

例子：'blastreport.xml'

输出参数

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`blastdata`- BLAST报告数据
结构体

BLAST报告数据，作为包含以下字段的结构返回:

场	描述
`掉`	用于检索特定NCBI BLAST搜索结果的请求ID
`算法`	NCBI算法用于执行BLAST搜索
`数据库`	搜索所有数据库
`queryid.`	查询序列的标识符
`QueryDefinition`	查询序列的定义
`支安打`	包含命中序列信息的结构，如id、登录号、长度和HSPs(高分段对)
`参数`	包含有关用于执行搜索的输入参数的信息的结构
`统计数据`	关于所执行搜索的统计细节的总结，例如lambda、kappa和熵值

更多关于

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支安打

的每个字段blastdata。支安打．

场	描述
`ID`	匹配查询序列的主题序列的ID
`定义`	主题序列的描述
`加入`	加入主题序列
`长度`	主题序列的长度
`热休克`	包含高分段对(HSPs)信息的结构

hits.hsps.

的字段hits.hsps.．

场	描述
`分数`	查询序列和主题序列之间的高分段对的成对对齐得分。
`BitScore`	高分段对的位得分。
`预计`	高分段对的期望值。
`身份`	查询序列和主题序列之间的高分段对的相同或类似留数。
`阳性`	在查询序列和对象氨基酸序列之间的高分序列对的相同或相似残留物的数量。该领域仅适用于翻译的核苷酸或氨基酸查询序列和数据库。
`差距`	高分段对的非对齐留数。
`AlignmentLength`	高分段对对齐的长度。
`QueryIndices`	高分段对的查询序列剩余位置的索引。
`SubjectIndices`	高分段对的主题序列剩余位置的指数。
`框架`	高分段对的翻译核苷酸序列的读取框架。
`对齐`	3 * -N字符数组，显示查询序列和主题序列之间的高分序列对的对齐方式。第一行是查询序列，第二行是对齐，第三行是主题序列。