主要内容

getblast

从NCBI网站检索报告爆炸

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语法

blastdata = getblast(去掉)
blastdata = getblast(消除、名称、值)

描述

例子

blastdata= getblast (掉)检索掉NCBI BLAST报告,请求ID,并返回的报告数据blastdata,一个MATLAB®结构。请求ID,掉后,必须最近因为NCBI清洗报告36小时。

blastdata= getblast (掉,名称,值)使用附加选项指定一个或多个参数名称-值对。

例子

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打开脚本

执行一个搜索蛋白质序列和将结果保存到一个XML文件。

得到一个序列的蛋白质数据银行和创建一个MATLAB结构。

S = getpdb (“1文明”);

使用爆炸的结构作为输入搜索阈值的意义1平台以及。第一个输出是请求ID,第二个输出是估计时间(分钟),直到搜索完成。

[RID1,死记硬背]= blastncbi(年代,“blastp”,“期望”1平台以及);

从这份报告得到搜索结果。你可以将xml格式的报告保存到一个文件中为离线访问。使用机械的等待时间来检索结果。

report1 = getblast (RID1,“WaitTime”死记硬背,“去整理”,“1 civ_report.xml”)
爆炸的结果尚未公布。请稍等…report1 =结构体字段:掉:“R49TJMCF014”算法:‘BLASTP 2.6.1 +数据库:nr的QueryID:“Query_224139”QueryDefinition:匿名的蛋白质产品的点击率:[1×100结构参数:[1×1 struct]统计:[1×1 struct]

使用blastread阅读爆炸的数据格式的报告文件。

blastdata = blastread (“1 civ_report.xml”)
blastdata =结构体字段:掉:“算法:‘BLASTP 2.6.1 +数据库:nr的QueryID:“Query_224139”QueryDefinition:匿名的蛋白质产品的点击率:[1×100结构参数:[1×1 struct]统计:[1×1 struct]

另外,运行爆炸搜索与NCBI加入数量。

RID2 = blastncbi (“AAA59174”,“blastp”,“期望”1、平台以及)
RID2 = ' R49WAPMH014 '

从这份报告得到搜索结果。

report2 = getblast (RID2)
爆炸的结果尚未公布。请稍等…report2 =结构体字段:掉:“R49WAPMH014”算法:‘BLASTP 2.6.1 +数据库:nr的QueryID:“AAA59174.1”QueryDefinition:胰岛素受体前体(智人)的冲击:[1×100结构参数:[1×1 struct]统计:[1×1 struct]

输入参数

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请求ID检索结果从特定NCBI BLAST搜索,指定为一个字符或字符串向量。

例子:“GTF033EZ015”

名称-值参数

指定可选的双参数作为Name1 = Value1,…,以=家,在那里的名字参数名称和吗价值相应的价值。名称-值参数必须出现在其他参数,但对的顺序无关紧要。

R2021a之前,用逗号来分隔每一个名称和值,并附上的名字在报价。

例子:“去整理”、“report.xml”结果保存到一个文件命名report.xml。

文件名保存报告数据,指定为逗号分隔组成的“去整理”和一个字符或字符串向量。默认文件是xml格式的。

例子:“去整理”、“Report.xml”

时间(分钟)等从NCBI准备报告,指定为逗号分隔组成的“WaitTime”和一个非负整数。如果报告还没有准备好指定的时间后,会生成一个错误。

默认值是0,也就是说,没有延迟检索报告。

提示

使用RTOE请求执行时间,返回的blastncbi作为这里的等待时间。

例子:“WaitTime”, 2

连接超时(秒)为每个请求,指定为一个积极的标量。有关详细信息,请参见在这里。

例子:“超时”,10

输出参数

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报告数据,返回为一个结构,包含以下字段:

场 描述
掉 请求ID检索结果从特定NCBI BLAST搜索
算法 爆炸NCBI算法用于执行搜索
数据库 所有数据库搜索
QueryID 标识符的查询序列
QueryDefinition 查询序列的定义
支安打 包含信息的结构序列,如id,加入数字,长度和热休克(高段对)
参数 结构包含的信息输入参数用来执行搜索
统计数据 汇总统计的详细信息进行搜索,如λ,卡帕,熵值

更多关于

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支安打

这个表每个字段的列表blastdata.Hits。

场 描述
ID 主题的ID序列匹配的查询序列
定义 主题序列的描述
加入 加入的顺序
长度 长度的序列
热休克 包含信息的结构高段双(休克)

Hits.Hsps

这个表总结了领域Hits.Hsps。

场 描述
分数 之间的两两比对得分高段对查询序列和一个序列。
BitScore 位分高段。
预计 预期值高段。
身份 高段的相同或相似的残留物对查询序列和一个主题之间的序列。
阳性 高分的相同或相似的残留物数量之间的序列对查询序列和氨基酸序列。这一领域仅适用于翻译核苷酸或氨基酸序列和数据库查询。
差距 一双高段不结盟残留。
AlignmentLength 对齐的一双高段长度。
QueryIndices 指数查询序列的残渣一双高段的位置。
SubjectIndices 指数高段残主题序列位置的一对。
框架 阅读框翻译的一双高段的核苷酸序列。
对齐 3 * -N字符数组显示之间的对齐高分单词序列对查询序列和一个序列。第一行是查询序列,第二行是对齐,第三行是序列。

版本历史

之前介绍过的R2006a

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另请参阅

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